到数千人，不到三个月，便攻入伊宁，宣布成立临时政府。到1945年1月，伊宁一地的国民党势力被彻底肃清。
此时，盛世才已被蒋介石调离新疆，任命为没有太多实权的农林部长去了。接替盛世才的是吴忠信。吴受蒋介石委派，有些受宠若惊的意思，一上台便大砍“三板斧”。所谓“清理监狱、宣抚地方、敦睦邦交”，很像是从大乱走向大治。没想到一个“三区革命”把他“革”了个垂头丧气。
这是个非常复杂的局面。“临时政府”成立不久，宣布与国民党决裂的同时，居然又自称为“东土耳其斯坦人民共和国临时政府”。这名字很自然地让人联想起前些年英国人在南疆帕米尔高原搞的那个把戏。那么，此次的国外势力又是谁呢？苏联脱不了干系。
诚然，这次哈萨克、维吾尔等族人民举行的大规模起义，之所以能获得成功，苏联政府和军队的有力支援，是不可否认的。但是，这个“临时政府”是不是一定要以“独立”出中华民族大家庭的姿态，称什么“共和国”，斯大林需要三思。
“东土耳其斯坦”的叫法由来已久。早在19世纪世界列强云集中亚地区搞殖民主义侵略活动时，这个强盗似的口风就已盛行。他们企图以泽拉夫善河为分界，称“东、西土耳其斯坦”，眼下“临时政府”又弹起这么一个调子，赤裸裸地暴露了少数领导人的野心，不能不让许多有识之士感到担忧。
这种担忧很快消失了。其原因从内部来说，不久后“临时政府”的领导人作了改组，以阿合买提江、阿巴索夫和赛福鼎为代表的一批有革命意识和初步接受了共产主义思想的年轻人，进入领导核心；从外部来说，斯大林有了明确的态度。
据包尔汉回忆，有一次苏联驻乌鲁木齐副总领事叶甫塞也夫，把他请到办公室，里面坐着一个神秘而陌生的苏联大胡子。叶甫塞也夫指着包尔汉向他介绍说：“这是乌鲁木齐专员公署的包尔汉专员，有什么话你尽管问吧！”
“好，”大胡子礼貌地点头会意，接着问包尔汉，“伊犁革命成立了东土耳其斯坦共和国，你对这个问题是怎样看的？”
包尔汉对此沉思已久，于是毫不犹豫地回答：“我是坚决支持伊犁革命的，但是他们脱离中国，成立独立的国家，我不同意。”
大胡子不置可否，只是微微颔首。
事后，叶甫塞也夫副领事对包尔汉说：“你回答得很好，你的观点是正确的。”
1945年2月，美国、苏联和英国等，在雅尔塔半岛召开了一个秘密会议，主要是为了达成全世界势力范围的划定协议。在这个会上，美国承认了外蒙古脱离中国，苏联代表作出确切的表示：苏方对中国新疆没有领土要求。
关键时刻苏联持这一态度，无疑与中共的存在有密切关系。毛泽东在1945年4月召开的中共“七大”政治报告中，对新疆问题表示了极大的关注。只是那时国共力量悬殊，彼此和战不定，胜负难分，毛泽东也只能在书面上对国民党“从一九四四年直至现在对于新疆少数民族的武力镇压事件”予以严厉的谴责。
与此同时，伊犁临时政府开始了他们惊心动魄的武装力量建设，将分散在各地的一万多名游击队员集中起来，整编出一支正规的军队。这就是后来的中国人民解放军第一野战军第五军。那时，人们按照这支军队丰富而鲜明的民族特征，称之为“民族军”。
“民族军”的气魄是了不起的，当即制定了三路进军计划，从1945年5月誓师出发，向驻疆的国民党军展开声势浩大的军事进攻。
这支队伍一出手就显示了强劲的势头。老百姓的人心向背不言而喻，没有人帮国民党军。许多群众拿起武器跟“民族军”部队一块儿四面合击，打着打着就跟着部队走了，因而各路人马都像滚雪球一样，一天一个数字。
北路席卷而上，6月份就打下了额敏，7月份又直捣塔城，到9月份，就把阿尔泰也拿下来了，伊宁、塔城、阿尔泰三区便连成一片。
中路军干得更漂亮。9月份，他们攻到乌苏、精河，又有飞机又有大炮，还有大批的燃烧弹，部队越战越勇，最后连晚上都不宿营，昼夜进攻，马不停蹄。
国民党军给打惨了！几乎到了望风披靡的地步，成团成营地散伙，四散奔逃，一败涂地。“民族军”乘胜前进，一鼓作气往下追，直追到玛纳斯河西岸，看见乌鲁木齐的红山顶时，才停下来喘口气。
吴忠信在乌鲁木齐慌了神，急令守城部队把玛纳斯河大桥炸掉。这也不能踏实，党部和政府的官员们，还像捣翻了巢的鸟一样，个个都抱着脑袋逃命。
不知出于什么考虑，“民族军”的中路军屯兵玛纳斯河畔，没有再向乌鲁木齐进军。
另一路南下的“民族军”队伍一口气冲进天山的崇山峻岭。他们越过达坂，两次包围阿克苏，又两度占拜城和温宿，把天山南麓的水搅和了！
“民族军”如此这般几个回合一打，全疆激起千重巨浪，到处是干柴烈火，熊熊燃烧。其中甘新公路的新疆境内沿线一