，听说张主任来了，伤病员们的情绪立即振奋起来。有一次，张琴秋来到一个重伤号面前。这天天气很热，她看到这个重伤员满头满脸的汗珠，便坐在他的身边，掏出自己使用的毛巾，给他揩汗，问他的名字、籍贯、在哪里受的伤、疼不疼，又问他有什么要求。没想到，这个伤员说，我最大的要求是想听张主任唱歌。他的话一出，周围的伤病员纷纷鼓掌。张琴秋大大方方地说：“好，大家喜欢听我唱歌，那我就给大家唱一首。”张琴秋有一副天生好嗓音，她一开口，甜美的声音如同清风吹拂，伤病员们立刻就忘记了暑热，沐浴在她美妙的歌声中。一曲终了，病房里掌声一片，张琴秋又给大家演唱了一首。张琴秋离去的时候，那个重病号的眼里饱含泪水。离开病房，张琴秋立即找来剧团负责人，要求他们尽快编排一些反映战士们战斗生活的小歌舞，要经常去给伤病员们演出。演出多半是在病房外的场地，对一些不能动的重伤号，剧团就到病房里，到他们的床边去演出。每次剧团来演出的时间，就是伤病员们最快乐的时光，比较著名的节目有歌舞《八月桂花遍地开》，话剧《刘湘投江》等。
保卫科也称交通科，主要担负医院保卫工作。保卫科配有一个营的兵力，下设四个步兵连和一个骑兵排。
医务部主要负责军队的医疗业务工作，普及医药卫生知识，培养医护人员，指导下辖医院的业务工作，医务部下设中医部、西医部、护士学校、看护营、院部医务所等机构。
由于总医院的伤员多为刀枪创伤，所以西医部是医院里的重要部门，为伤病员动手术的手术室就在西医部。手术室恐怕是总医院里最阔气的地方了。手术室原是一地主的大庄园，和一般农村常见的砖瓦房不一样，这个庄园的房屋高大宽敞，墙壁全部刷有白石灰，最为显眼的是宽敞明亮的窗户，宽大的窗户装有农村极为罕见的玻璃，阳光射到屋里，亮堂堂的，这种房屋在当地极为少见，被称为“洋房子”。洋房子共有三大间，一件储存手术器械和药物，一间是医生手术前的消毒准备间，一间是手术间。两张方桌并排，上面铺一床白单子，就是手术台。距王坪二十余里的桑丝坪设有西医分部，相当于一个分院，最多时共收治伤病员两千多人。护士学校又叫卫生学校，专门为总医院和各分医院培养医务人员。校长苏井观，学员有两百多人，全是十六七岁的青年男女。
中医部设在距离总医院约两里左右的廖坪。中医部实际上就是一所中医院。
总医院的病人几乎全是战斗中负伤的官兵，人数多达好几千。为了看护他们，总医院将五百多名十二三岁的小红军组织成一个看护大队，负责伤病员们的吃、喝、拉、撒、睡。这些小红军们每天在各个病房之间往返穿梭，为伤病员打水送饭，洗衣擦澡，采药制药，运柴运粮。这些小红军用自己稚嫩的双手，为红军的医疗卫生事业做出自己的贡献。
总务处是医院的第三大部门，负责总医院的一切后勤工作以及各分医院，军、师医院的医药器械保障。
总务处下设供给处，主管全院数千人的衣、食、住、行、采买、仓储、食堂以及为死难伤病员制作棺材的铁木工厂。为解决伤病员床铺所需的垫被、盖被、衣服、鞋子等需求，总务处还设有纺织连、缝衣连、做鞋队、弹花班、洗衣队、担架营。纺织连有纺车一百五十多架，纺出的棉线送到苦草坝的织布厂。缝衣连共三个排，九十余人，做鞋队五十余人，弹花班有工匠十余人，专门给总医院弹棉花，做棉絮棉被。洗衣队一百五十多人全是年轻的女红军，一年四季，春夏秋冬，她们天天在沙溪河畔为伤病员们洗衣晾衣，在严酷的战争环境里，洗衣队姑娘们的青春气息，成为沙溪河畔一道亮丽的风景线。
总医院的三大部及下设的若干科、股、室、校、队等部门组成大型野战医院完备的建制，为源源不断送来的伤病员救治提供了有力保障，也成为新中国卫生医疗体系创建的重要参考。
除三大部外，总医院还设有若干分医院。随着川陕革命根据地的不断扩大，敌人的围攻与红军的反围攻激烈进行，战斗越来越频繁，伤病员也越来越多。为适应需要，总医院设置了几个分医院，主要有设在瓦室铺的刘二沟分医院，设在新坝场的新坝场分医院，设在沙溪乡的蔡家沟分医院和设在麻石乡的张村坝分医院。分医院的设置基本仿照总医院，行政上接受总医院领导。
第一大难题是住宿和医疗机构用房严重不足。
红军入川后，天天战斗不断，近三年的时间里，大小战斗多达一千七百多次，残酷激烈的战斗给红四方面军带来极大的伤亡。仅万源保卫战，就有三四千伤病员转过来，最高峰时，曾经一天就送来一千多伤员，“每天做手术后扔掉的血棉花，都要捡一大麻袋。”全院共收治了六千多伤病员。为了便于管理和分级治疗，总医院将伤病员编为十四个连，分别为：干部连、重伤连、轻伤连、病员连、休养连等。
干部连收治的全是连长以上的干部。重伤连全是生命垂危的重伤号，重伤连流动性较大，伤势好转后便转入轻伤连。轻伤连的人数最多，共