高岗在搞兵运和交通工作期间，凭他的机警、胆略、沉着、洞察和能言善辩的特点，奔走陕甘边，出入敌人营垒，策动兵变；争取哥老会，瓦解民团，深入农村组织发动群众；传递情报，在敌人严密监视下，经过一道道关卡，避开多处暗礁，在“来无形，去无踪”的战线上，没出任何差错，保证了省委和下边这条“血脉通道”的联系，同时，使自己在对敌斗争中受到锻炼。
杜斌丞被国民党杀害后，1948年10月，陕甘宁边区各界举行杜斌丞先生追悼会，高岗从东北发来吊唁挽词：
“悼斌丞先生：杜斌丞先生，是我党的忠实朋友，为人民民主事业坚贞奋斗，贡献颇多，因此赢得西北人民的同情和爱戴，但也因而遭遇到蒋胡匪帮姤忌以至最后杀害。杜先生为真理正义奋斗的意志，实是全国一切民主人士的榜样。杜斌丞的死是今天中国新民主主义事业的损失。我们将继续努力，争取全国的胜利，惩办凶手，告慰英灵。”
三、成立工农红军陕甘游击队
中共陕西省委决定在陕甘边依托桥山山脉建立工农武装，发展游击战争。同时决定原来埋伏在陕甘军阀队伍中的共产党员，都准备哗变，拖出几个旅的部队到桥山建立根据地。高岗在42年高干会上总结农运和兵运经验教训时说，虽然取得一些暂时胜利，取得一些经验，锻炼了一批干部，最终多数失败。当时省委的兵变计划受左倾路线的影响，带有很大的盲目性，多数是单打一，从单纯农运转入单纯军事的倾向，农民没有充分发动起来，兵变和农民运动结合不起来，又没有游击队援应，打游击战争的经验不足，“只会击，不会游”，没有很好地依靠农村。
当时，对枪杆子与农民结合的重要性认识不足，措施不得法，成立什么“行动委员会”，要在陕北、关中、甘肃建立三个军的兵力，片面强调赤色恐怖对抗白色恐怖，“反对书生姑娘习气，提倡暴徒泼妇精神”。没有发动农民土地斗争等，使旬邑、横山、绥德和礼泉、扶风、两当、靖远等地的农民、士兵暴动，没有很好结合起来。
高岗按省委的兵变计划在陇东地区白军中发动兵变，虽然作了极大努力，费尽心血，起义都没有成功。期间，刘志丹从彬县到平凉陈圭璋师后，挂一个十一旅的番号，自任旅长，驻扎宁县早胜镇，高岗、刘景范去协助刘志丹招人买马，队伍迅速扩大。从井岳秀部哗变出来的高广仁部投靠陈圭璋，改编十三旅也驻早胜后，又哗变扣留刘志丹，并缴了十一旅的枪，使刘、高拉起来的一支部队，在军阀火并中丧失。后被陈部蒋云台旅打垮高广仁旅，蒋云台以刘志丹失掉早胜为由准备抓捕刘志丹，旧友刘保堂告诉刘志丹，刘趁雨夜逃离，进入南梁地区林锦庙(现华池县林镇乡)一带活动，高岗协助收留了被打散的人员，在南梁附近收编了一些饥民、小商贩、手工业工人和起义过来的官兵、土匪，还收编了胡立亭、赵连壁、杨培胜、贾生财等小股武装，重新组织了一支南梁游击队300多人。他在多次失败中，摸索到开展游击战争的经验和正确的方向。
1931年秋冬，闫红彦、杨重远等带领晋西游击队从山西过河后，收编师储杰等带领的保商队武装，经安定县辗转到合水县，在林锦庙和志丹的武装会合。省委对这两支部队很关注，希望能根据急剧变化的革命形势改变以往“借水养鱼”、“借鸡下蛋”的兵运方法，公开打出红旗，建立一支正式的红军武装，与农民运动结合起来，开展农村游击战争，打富济贫，“养鸡下蛋”，“畜水养鱼”，扩充武装，建立根据地。
10月，谢子长、高岗根据省委指示：要负责把刘志丹、杨重远、刘保堂的三支部队组织起来，开展游击运动。子长和高岗在平凉了解陈圭璋部的兵运情况，相机发动兵变。他们在东关旅社住了半个多月，进行社会调查。一位国民党要员在平凉召开民众大会训话，子长、高岗以商人打扮，大模大样在会场转游，一边听“训话”，一边观察会场对“训话”的反响。之后，他和子长一起到南梁召开党团员会议，成立了游击队委员会。在刘、谢、高的共同努力工作下，刘、谢、高和刘保堂、杨重远等18人结拜，刘志丹写了《金兰谱》，以拈香结拜的方法，将三股武装合编一起，找主求生，暂归编陈圭璋部，为领取过冬衣食供给。但在打什么旗？驻什么地方的问题上发生了争议，一时无法定下来，于是队委会决定派高岗回西安向省委汇报请示；刘保堂向平凉陈圭璋请示。为了等待省委指示，部队暂住庆阳县新堡。刘保堂当时意味深长地说：“和你们交往值得，这些人将来是西北的要人。”刘保堂的预料还是有远见的。
高岗回到西安后，陈圭璋去兰州时被孙尉如部下杨子恒部暗杀了，对刘保堂震动很大，在打什么旗、驻什么地方的问题上，他对刘谢高说：全由你们决定吧。“9·18”事变后，西北阶级关系起了很大变化，统治阶级内部发生了抗日倾向，中下层要求抗日，这一变化最显著的标志是许多军队的中上层分子也找中共的组织进行合作抗日谈判，还有许多地方著名人士要求抗日，接近共产党人。高岗看到西安、汉