调任四办主任，直接参加了对这两项改造的领导工作。
贾拓夫认为，为适应和促进社会主义生产力的发展，对生产关系进行重大改造是必然的，完全必要的。但是，生产关系的这种重大变革，牵涉到社会生产力的配置和社会经济关系的调整，则应当采取适合我国国情的方针、政策，采取既积极又慎重的态度，有区别地、分期分批地进行。至于改造的步骤、方法和它们的组织形式、管理制度，也必须与当时当地的生产水平相适应。1955年到1956年，他先后四次到各地考察，调查研究，总结成功的经验，发现问题，指导工作。
他发现，对于手工业的社会主义改造出现了一股很猛的浪头。许多人急于过渡到全民所有制，一些地方过早地把手工业合并，分散的点都集中起来，实行统一核算，共计盈亏。在上海，甚至开始把手工业生产合作社改变为地方国营。而组织起来合作化后，外部的体制和内部管理、供应和销售、产品的品种和质量这三大问题未得到解决。生产不仅没有发展，产品数量、质量反而比自营时下降，品种减少，生产倒退。一些传统的生产取消了，北京“东来顺”涮羊肉也没有了。而且，由于条件不具备，产生了一系列问题。江苏群众反映有“五死”：生产时挤死、夏天晒死、冬天冻死、送饭苦死、上下班跑死。这些都不利于当时的生产和群众生活。
贾拓夫及时地向各地领导和手工业管理部门明确指出：实现社会主义合作化的目的，是为了发展生产力，不能搞形式主义的走过场，不是为合作化而合作化。要有步骤有计划地变革，不能操之过急，急于求成。“实现工业化和进行社会主义改造是必须的，但也只能是逐步的。这么大的运动，领导一定要冷静，帮助解决具体问题，任何急躁冒进都是错误的。”他要求地方当局按照以下原则认真复查一下，对的肯定，错的纠正。这几项原则是：（1）手工业制造性和服务性行业中，一部分可以合并，大部分不应该合并；（2）由于手工业的分散性和地方性色彩很浓，在供销业务上应以基层社自购自销为主；（3）小商小贩具有悠久传统的各自经营办法，应予长期保存。他特别指出：“服务性行业应该是流动的、分散的，这类社会需要的不应该集中。不适当地集中，会妨碍积极性，束缚生产力。用一种关系联系起来就行了，不必组织成大社。”
他不仅对所到之处进行具体指导，还把这些问题拿到全局上加以纠正。他领导的国务院“四办”曾就这类问题向中央作过认真汇报，反映了许多具体情况。中央关于改造的许多文件，有不少是“四办”提供材料或起草的，一些重要会议是“四办”组织的。毛泽东主席关于手工业社会主义改造的文章，就是根据他代表“四办”的汇报写成的。他还责成“四办”的同志根据他的具体意见写了许多文章，发表在当时经济方面的主要报纸《大公报》上，以对全局进行引导。他们及时地提出：“要把发展与巩固结合起来，要发展一批，巩固一批，巩固一批，发展一批，分期分批，整顿巩固。”所有这些，对于当时积极进行社会主义改造，又稳定局势，防止偏差，起了重要作用。重视集体经济、甚至部分个体经营在国民经济中的地位和作用，在今天仍然有着重要意义。
这里还要提到一件有典型意义的事例。1955年，他到安徽芜湖考察，发现传统的铁画工艺品不见了，当地唯一的老艺人宋师傅遭到冷遇，面临失业的困境。他立即告诉当地的负责人：我们祖先留下来的这些特种工艺品，都是民族的宝贵财富，不能让它们在我们手中失传，要扶植，还要发展。他具体建议要对老艺人热情关心，解决他们的生活困难，给他们安排青年学徒，把传统的“特艺”都接过来，传下去。他还特地去看望了老宋师傅。后来，芜湖的铁画工艺不仅保存下来，有了发展，而且还成为出口创汇的传统工艺品。这件事引起贾拓夫对我国传统手工艺品的重视。他还与手工业管理部门的负责人白如冰等专门组织召开了全国的特艺工作座谈会，请了大批老艺人参加，以推动我国特种工艺的发展。当然，我们不能说传统手工艺品的保持和发扬，都是贾拓夫的作用，但是，作为轻工业部长的他，也确实是有功劳的。
在对私营工业进行社会主义改造中，贾拓夫用了很大精力，协助陈云研究和处理了从公私合营的经营管理到生产、流通方面的各种新问题，新动向。他曾明确地说：“公私合营的工作成绩很大，主要表现在所有制改变了，破了资本主义，立了社会主义，改变了企业的面貌，生产劳动管理有了进步；生产发展了，效率提高了30%；工人群众的觉悟和生活福利得到提高；私方人士大多得到了安排；干部取得了经验，等等。公私合营表现出了许多优越性。但是，也存在一系列问题。比如，管理的问题暴露得比较突出；产供销脱节，影响了发展；行业的改造与改组还非常复杂，任务很艰巨；群众工作做得不够好，党、工会、团的工作还相当薄弱；与私方人员共事的问题存在许多缺点。这些都必须有计划、有步骤地抓好，否则，我们的改造工作是搞不好的。这就是说：从总的方面，我们对公私合营的工作