但沉重的关门声却从真实演出厅的不同方向传来，台下也有人本能地看向出口。
魅影的声音不断改变位置，把追捕者引得来回奔跑；一声误放的枪响以後，他反而命令众人放观众入场，让自己的歌剧开始。
巨大的厅堂出现在舞台上，厚重拱门、帷幕、卧床和为两人准备的餐桌构成了《唐璜的胜利》终场。
皮安吉饰演的唐璜安排仆人冒充自己，以便躲在暗处诱骗前来赴宴的阿明塔；他则换上仆人的斗篷走进帷幕後面。
但再次出现的「唐璜」，已经成了真正的魅影！
克里斯汀起初只听见熟悉的声音，魅影借唐璜的身份唱出压抑已久的欲望，她则借阿明塔的唱词回应。
两个人明明处在警察和观众的包围中，旋律却把整座厅堂化为只属於他们的空间。
【我们已经越过不归点，不要再回头张望。/我们从前玩过的游戏，已经全部结束。】
这一段比地下湖上的二重唱更加炽热，但危险、诱惑、毁灭的气息却扑面而来。
观众明明知道克里斯汀正在诱捕魅影，却很难相信她声音中的感情完全是表演出来的。
拉乌尔就在不远处，却看到魅影的手已经落在未婚妻身上。
魅影和克里斯汀的这份亲近令人不安，但他们对唱的优美旋律又让全场舍不得移开注意。
魅影取出戒指，唱起拉乌尔曾在屋顶唱过的求婚旋律；克里斯汀接过戒指戴在手上，平静地掀开兜帽，当众摘下他的面具。
那张怪异、丑陋、恐怖的脸庞，瞬间吓了现场所有人一跳！
在警察逼近前，魅影用斗篷裹住克里斯汀，从拱门後的暗道和下降活门中消失。
紧接着，帷幕被拉开，大家发现真正的皮安吉已经被套索勒死在床边。
惊叫与愤怒同时席卷座席。卡洛塔扑向屍体时，先前还嫌她傲慢的人也无法再笑出来。
魅影这一次杀人不是出於自卫，也不是惩罚嘲弄自己的人，只是为了登台歌唱，畸形的占有欲酿成了这个罪行。
整座厅堂随即翻转，舞台正面变成了後台；警察、演员和舞台工从四面涌入，拉乌尔则跟随吉里夫人进入地下。
迷宫的斜坡与铁闸在混乱後方展开，魅影带着克里斯汀乘船疾行，追捕者的火把沿高处通道不断逼近。
拉乌尔按照吉里夫人的警告把手举到眼睛的高度，穿过鼠群，最後脱下外套跳进地下湖。
观众明知舞台上的湖不可能真有那样深，看到拉乌尔跃入黑暗水面时仍发出一阵惊呼。
随即，所有人注意力都落在湖对岸那座重新出现的地下宫殿上。
婚纱人偶瘫坐在王座上，魅影把真正的克里斯汀拖下小船，又从人偶身上取下头纱，戴到她的头上。
他仍把自己的罪行归咎於命运与那张脸，克里斯汀却已经不再害怕他的外表——
【「这张被幽灵纠缠的脸，现在已经不能让我恐惧。/真正扭曲的东西，藏在你的灵魂里。」】
座席间传出一阵轻微的骚动，观众们纷纷开始赞同克里斯汀。
许多人同情魅影遭受过的一切，却也早已受够他把每一次伤害都推给自己的面孔。
拉乌尔从铁闸後爬出水面，魅影故意放他进入宫殿，随即抛出旁遮普套索，绳圈套住拉乌尔的脖颈，把他悬在半空。
魅影逼克里斯汀作出选择：留下来接受他，拉乌尔就能活；拒绝他，拉乌尔便会死。
座席间再没有人为这场三角恋感到兴奋，池座与楼座的人都急得向前探身，还有不少人已经不忍心看克里斯汀如何回答。
拉乌尔宁愿她拒绝，魅影却不断收紧选择的范围；两个男人都说爱她，最後真正能够决定一切的人反而只剩下她自己。
克里斯汀沉默片刻，望着面前这个可怕、孤独而且已经被仇恨吞没的人，慢慢走向他。
【可怜的黑暗生灵，你究竟过着怎样的生活？/愿上帝赐给我勇气，让我向你证明，你并不孤独。】
然後，她长久地吻住魅影，演出厅里先是传出无法抑制的惊呼，随後彻底安静下来。
所有人都明白，这个吻不是出於爱情，也不是向威胁屈服，而是她在魅影最疯狂的时候，仍然给了他从未得到过的怜悯。
泪水出现在许多人的脸上，即使仍不能原谅他的罪行，也很难再把他只看成一头怪物。
魅影终於被感化了，让拉乌尔带克里斯汀离开；这时追捕者已经接近宫殿，他独自听着猴子八音盒的旋律。
克里斯汀又一次返回，把魅影交给她的戒指放回他手中。
魅影只来得及告诉她，他爱她，克里斯汀便转身登上小船。
他把戒指戴到自己手上，望着两人的身影逐渐远去。
魅影望着湖上的雾气，听着她与拉乌尔逐渐远去的声音，唱完了自己的最後一段告白。
【只有你，能让我的歌展翅飞翔。/一切都结束了，