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舞台上的歌剧院正在举行舞会，真正的歌剧院则坐满了前来观看舞会的人，这种彼此映照的场面让全场很快兴奋起来。
六个月没有信件、命案和幽灵，剧中人以为灾难已经结束了；拉乌尔与克里斯汀也已订婚，戒指穿在金链上，藏在她的颈间。
克里斯汀不肯公开婚约，她在人群中越跳越快，周围的舞伴仿佛一个接一个变成了魅影。
观众刚因她与拉乌尔的重逢感到安心，又从她不时寻找黑色身影的动作里看出，她仍未真正摆脱心中的那个影子。
狂欢达到顶点时，一道血红色的身影出现在楼梯最高处！所有人都停下了舞步。
魅影戴着一副象徵死亡的骷髅面具，一步步走下楼梯，把自己写成的《唐璜的胜利》总谱掷给经理；
紧接着，他又从克里斯汀颈间扯走订婚戒指，命令她为自己歌唱；随後，他又在数十双眼睛注视下突然消失。
舞台上的宾客惊恐退开，台下的观众却连惊叫都忘了发出。
毕竟这个场景灯光明亮，一切都一览无余，魅影为何还能在众目睽睽下消失？这又成了一个谜题。
後台，吉里夫人终於向拉乌尔说出魅影的来历——
许多年前，她曾在巡回市集里见过一个被关在笼中、饱受虐待的畸形人。
那个人精通建筑、音乐和机关，据说曾为波斯国王建造镜子迷宫，後来从市集中逃走，被世人当成了死人。
这段身世终於让观众理解了魅影为什麽能神出鬼没。
原来镜门、暗道、地下宫殿和无处不在的声音，都不是鬼魂的法力，而是一个熟悉歌剧院结构的天才制造的效果。
人们再次开始怜悯魅影，但仍然有人坚持他杀死约瑟夫·布凯的罪过不可饶恕。
哪怕他经历令人同情，但自己受过虐待不能成为杀人的理由。
经理办公室里，《唐璜的胜利》总谱已经摊满桌面。
魅影继续用信件挑剔乐队、合唱队、卡洛塔和皮安吉的毛病，众人在愤怒中仍不敢拒绝演出，只能惟命是从。
拉乌尔提出将克里斯汀作为诱饵：只要她登台，魅影就一定会出现，警察便能锁住所有出口，当场抓住他。
克里斯汀反覆说自己害怕，拉乌尔和经理却把整座歌剧院的希望压在她身上。
一部分观众理解他们是想阻止魅影继续杀人；另一部分人则因为拉乌尔口口声声要保护她，最後仍让她冒险而感到愤怒。
克里斯汀终於承受不住，冲出了办公室。
魅影想占有她，拉乌尔想借她结束威胁，而她必须同时承担两人施加在自己身上的意志，不堪重负。
《唐璜的胜利》排练随即开始，但皮安吉一次又一次唱错魅影写下的乐句，卡洛塔则毫不掩饰地嘲笑这部古怪的新作。
混乱达到顶点时，台上钢琴突然自行演奏起来，琴键在没有人触碰的情况下准确起伏着。
刚才还各唱各的演员陷入恐惧，立刻像被同一根线牵住一样，机械而整齐地完成了合唱。
观众原本还在笑皮安吉，看到这里却只剩下一阵低低的惊叹。
舞台上的演员像是被魅影从看不见的地方接管了，连排练也成了他的作品。
克里斯汀则在琴声中想起父亲关於音乐天使的诺言，跟着远处的钟声离开众人。
排练厅也随之沉入黑暗，长满苔藓的陵墓在钟声中显现；中央十字架下面堆着骷髅，克里斯汀独自来到父亲墓前。
这一次，她的歌声不是献给魅影，也不是献给拉乌尔，只是怀念自己的父亲。
【从前，你是我唯一的伴侣，你就是我全部的世界。/但愿你仍在这里，但愿你仍然离我很近。……】
这段唱词简单、直白，却让演出厅里传出了压抑的抽泣声。
失去过父母的人想起自己的往事，仍有亲人坐在身旁的则悄悄握住了对方的手。
此前那些关於幽灵、情人和机关的争论暂时失去了意义，克里斯汀只是一个不知道该怎样同父亲告别的女儿。
这时，魅影从十字架後出现，用音乐天使的声音回应她，把父亲、老师和爱慕者的身份混在一起，引诱克里斯汀走向自己。
拉乌尔及时赶到，把她从恍惚中唤醒；魅影随即举起长矛，火光接连落在拉乌尔脚前，最後整个墓园陷入燃烧般的强光。
观众对这场争夺的感受已经彻底改变。
魅影的歌声仍然动人，可他利用克里斯汀对父亲的思念控制她，让不少人第一次对他产生了真切的厌恶；
而拉乌尔迎着火光向前、救下爱人，又终於赢回了一部分信任。
至於墓园从阴冷灰暗变成一片火光的速度，则让刚刚流泪的人来不及擦乾眼睛，便再次被舞台的变化震住。
《唐璜的胜利》首演以前，消防员、警察和藏在乐池中的射手已经各就各位，随着一声哨响，剧中歌剧院的门接连关闭。