击余、陆。李富据此在全队中进行了艰苦深入的工作，并向龙云青投递匿名信，揭露余、陆暴行，要求惩办凶手，全部发放规定的安家费，以平民愤，稳定军心。龙云青回队得知打死新兵事件，又收到了匿名信，十分不安，随即追问并申斥了余、陆的行径。余、陆的威风受到了打击。龙云青也不得不全部发放了安家费。特务队党盟员及广大士兵从这一事件中看到了自己团结斗争的力量，受到了锻炼。
随后，李焕文在全营宣布：以后官长不得打骂士兵，不得吃空额，克扣士兵粮饷，实行经济公开，深得士兵拥护。1949年9月，我军以秋风扫落叶之势，追歼南逃之敌，西南的解放指日可待。蒋介石集团不甘心失败，仍作垂死挣扎，梦想凭借云南省横断山脉负隅顽抗。云南地下党组织及“边纵”的武装斗争蓬勃发展，城市的民主运动日益高涨，这对蒋介石妄图在西南建立最后的反共基地是一个最大的障碍。为了防止后院起火，腹背受敌，蒋于8月25日由台湾赶到重庆，电召云南省主席卢汉赴渝面授机宜。
卢汉赴渝之前，布置省政府警卫营在五华山构筑工事；命特务队派出便衣到北教场附近侦察二十六军的动态及监视宪兵的活动；规定官兵一律不得外出，加强戒备，与各保安团保持联系，准备对付中央军对五华山的突然进攻。
9月8日，卢汉由重庆返回昆明。军统特务头子、保密局西南区区长徐远举、副区长周养浩也随即到达昆明，与保密局西南区副区长、滇站站长沈醉等组成“整肃”指挥部。9月10日，卢汉根据国民党中央的“整肃”令下令解散省市参议会，封闭除《中央日报》、《平民日报》以外的所有报刊，并开始逮捕进步人士。9月12日，保密局局长毛人凤亲自来昆坐镇，继续进行疯狂逮捕，企图通过逮捕审讯破坏云南地下党组织，然后，借卢汉之手杀害革命人士并进而迫使卢汉反共到底。
9月10日，李焕文得知卢汉下令进行“整肃”，立即通知吕铿、刘运宗、沈光祖、李长颐等党盟员，在组织内作好准备，应付可能出现的突然事件，并听候行动命令。
一时之间，昆明笼罩在白色恐怖之中，几天之内，被捕的民主党派、进步人士、革命群众就达480多人。
面对这突然变化的风云，省市委对卢汉赴渝回昆后的态度作了种种估计：一是与我翻脸，彻底倒向蒋介石；二是投靠人民举行起义；三是继续两面讨好应付，保存实力与我讨价还价。当时蒋介石重兵镇守云南，解放军离滇尚远，卢汉两面讨好，左右周旋的可能牲较大。但要从最坏的方面作准备，防止卢汉翻脸不认人。为此，对敌工作领导小组根据市委指示，及时向警卫营及特务队作了紧急防范部署：
1 要求党盟支部及全体党盟队员，必须坚守岗位，听从组织号令，沉着应战。
2 一切活动立即转入隐蔽，不到接头时间，不许接头。
3 停办军士集训队，立即撤退全体歌剧队员。
4 在党盟员中进行气节教育。
在工作部署上，谨防卢汉与我翻脸，必要时使用警卫营力量，乘敌在五华山召开军政首脑会议之机，实行“兵谏”，逼迫卢汉宣布起义。若卢汉西迁大理，则在行军途中相机扣留，迫其起义。
对敌工作小组亦根据上级指示调整自身组织，撤退可能暴露的吉星明，其工作由田培宽接替。田培宽所管警卫营的工作全部交王裕昆负责。
10月，局势未进一步恶化而呈现稳定的局面，为争取卢汉继续靠拢人民走起义道路，我党由防卫又转入了进攻。
对敌工作领导小组向敌军政警宪上层投递《中国人民解放军布告》，国民党军政警特人员接到信后，大为恐慌，纷纷托人联系找退路。
对敌工作领导小组在特务队建立“军盟”分支部，李富担任书记。
11月中旬，卢汉最后一批释放了“九·九整肃”中的被捕人员，局势已经明朗。在此前后，对敌工作领导小组部署做好迎接昆明解放的准备工作：
1 警卫营、特务队应做好卢汉的保卫工作，加强驻地及周围的警卫，防止特务下毒手。
2 上下一齐动手，掌握好部队，做好作战准备。
3 汇集部队人员、武器弹药装备，军官简历及思想状况，政治倾向等材料，交组织备用。
4 各连排布置专人监视政治思想反动的军官，防止其捣乱破坏。
5 发动广大士兵保护好物资及文书档案。
截至1949年12月9日，警卫营内共有党员6人，“民青”、“新联”、“军盟”成员157人，“武工队员”145人，全部党盟成员304人，占全营官兵的1／3；其中，正副营长3人中有党盟员2人，正副连长12人中有党盟员9人，正副指导员13人中有党盟员12人，排长18人中有盟员13人，正副班长108人中有盟队员83人，事务长6人中有盟员4人，排服务员18人中有盟员15人，连部上士18人中有盟员10人，士兵732人中有盟队员114人，政工