刘存厚违反民意，是四川自治之一大障碍，应予驱逐，开始与第一、三军联合将驱逐刘存厚，3月下旬刘存厚战败下野。6月6日，四川混成旅旅长以上各将领在善后会议上推举刘湘为四川总司令，各军联合办事处撤消，24日又被推为四川省长，熊克武在幕后表示支持。7月2日，刘湘正式就任川军总司令兼四川省长，所部八万余人，成为四川军阀速成系的首脑人物。
1921年7月21日，湘军大举入鄂驱逐王占元，正在湖南的熊克武联络川军援湘，刘湘正欲向外发展，乃组织援鄂军。8月9日，四川援鄂军占领建利县，12日吴佩孚到达汉口掌握了湖北，赵恒惕向川军求援，17日刘湘任援鄂军总司令，但自己并未出川，但懋辛为副司令兼第二路总指挥，唐式遵为第一路总指挥，潘正道为鄂西总司令，令川军沿长江进攻湖北，19日占领巴东。9月3日，川军占领宜昌对岸之葛道山，川、鄂军在宜昌激战，11日鄂、直军击败围攻宜昌之川军。12日川军第二次进攻宜昌，再败鄂军，但未克，吴佩孚向川军商和被拒，13日亲率援军到宜昌督战，22日解宜昌之围。9月25日，援鄂川军退驻南沱溪，10月11日，退出湖北巴东，13日鄂军夺回利川，11月16日，川军退出湖北建始，24日退出施南。11月下旬，刘湘又调集大军三路攻鄂，吴佩孚恐奉军南下和南军北进，遂与刘湘议和。12月21日，长江上游总司令孙传芳与刘湘代表议定了川鄂媾和约十七条。1922年1月刘湘与孙传芳结为兄弟，定下相互援助的密约，川军退回四川，3月7日川鄂和约正式签订，刘湘不再外图。
退居山野
1922年2月，孙中山令两广北伐，3月16日，刘湘通电不附西南，熊克武仍控制第一军，一直企图东山再起，煽动川军各部联合与刘湘为敌。5月14日，由于被但懋辛揭露欲消灭第一军的阴谋，但懋辛、刘成勋、邓锡侯、田颂尧、赖心辉等拟组联合办事处，刘湘被迫辞职退居幕后，第二军交杨森，暗中调兵遣将，准备与第一军作战，还电令汉口的乔毅夫速往宜昌与孙传芳密谈，请孙传芳即时派兵入川支援。6月8日，刘湘通电赞成恢复旧国会，19日赞成裁兵废督。7月1日，杨森在未告知刘湘情况下突然进攻但懋辛第一军，11日刘成勋、陈国栋、赖心辉、田颂尧等联合反对杨森。8月2日，杨森等推刘湘为靖卫军总司令，欲由刘湘率领抵抗联军进攻，刘湘避居重庆王家沱义新纱厂，通过大邑同乡刘成勋及第九师师长刘文辉等出面疏解，但以“杨森跋扈，不听命令”未就总司令，刘文辉派兵护送刘湘回到大邑县安仁镇老家，“樵山渔水，息影乡园”，置身事外以待东山再起，杨森逃奔吴佩孚。
1923年1月，四川战事又起，2月杨森乘机打回四川，5月刘湘旧部联合谋倒熊克武，6月杨森等战事不利，与袁祖铭共同推刘湘出山，刘湘借助乱世重整旗鼓。7月28日，北京政府任命刘湘为四川清乡督办，30日被川军将领推为四川善后督办，拟利用刘湘收拾川局。9月14日，熊克武、赖心辉军自内江大举南进进攻杨森，23日进迫重庆，刘湘以调和不成，即助杨森、袁祖铭军，25日刘湘自叙州至重庆，熊克武军猛攻。10月16日，熊克武、赖心辉、石青阳攻占重庆，刘湘、杨森退垫江万县。10月23日，特任“嘉威将军”，刘成勋、赖心辉也倒向刘湘。11月27日被孙中山下令褫职通缉。12月14日，刘湘、杨森、袁祖铭、邓锡侯及北军再占重庆，熊克武、赖心辉、石青阳部退往永川乐昌。
1924年1月31日，刘湘、杨森、袁祖铭等占领成都，2月19日，刘湘、袁祖铭自成都赴东路督师，防熊克武及滇军攻重庆，3月4日熊克武袭攻重庆失败，退綦江。4月7日熊克武合滇军胡若愚、周西成再袭重庆，为袁祖铭所败，熊克武以所部叛离，遂走贵州遵义、铜仁，入湘西，败走广东向孙中山辞职，从此出川。4月22日，驻扎内江之边防军总司令赖心辉投附刘湘。5月27日，刘湘被北洋政府任命为川滇边务督办，改封“甫威将军”，5月29日，授为陆军上将，兼筹川边边防事宜。
1925年2月7日，段祺瑞令改川边道为西康特别行政区域，以刘湘为川康边务督办，节制该省区军队，杨森实力强大，不愿居刘湘之下，刘湘暗中联络刘成勋、刘文辉、赖心辉等，形成“三刘一赖”的反杨联盟。3月，刘湘等又联名致电段祺瑞政府，要求调杨森赴京任职。4月9日杨森在成都召开军事会议，决以武力打破防区，发起四川“统一之战”，进攻赖心辉、刘文辉。4月17日，段祺瑞命刘湘制止四川杨森与赖心辉、刘文辉之战，杨森则以黄毓成为总司令，王缵绪、王正钧、蓝文彬分任北、东、南三路总指挥，自遂宁、内江、泸州攻重庆。4月28日，刘湘、袁祖铭等任赖心辉为前敌总司令，刘文辉、邓锡侯为副司令，准备对杨森作战。5月16日被北京政府任命为四川军务督办。7月14日，杨森与刘湘、赖心辉、邓锡侯等之和议决裂，刘、赖、邓等组织联军，推袁祖铭为总司令（刘湘、刘文辉任中路，邓锡侯任右路，赖