前，并没有典型意义上的商帮出现，而因“开中制”而发达的山西商人则清晰地呈现出上述的三个特征。首先，他们主要来自晋北和晋南地区，其次，他们因盐引政策的特殊性，而形成了垄断的势力，当时由政府划定的产盐地区主要有五个——当时称为纲，分别是蒲州之纲、宣大之纲、泽潞之纲、平阳之纲和浙直之纲，前四纲均地处山西而被当地商人控制。第三，晋商在文化上形成了一种认同性，他们奉三国时期蜀国大将、山西运城人关羽为神，讲求“义、信、利”，以仁义和诚信为经商之准则，明清两代，关帝庙遍布天下，与晋商的崛起和不遗余力的推广大有干系。
晋商独享盐业之利长达120年之久，成为明代中叶之前实力最强的商人集团，到了1492年（弘治五年），他们终于遭遇到一支新兴的南方商人集团的严重挑战。
这一年，淮安籍的户部尚书叶淇实行盐政变法，他提出新的“折色制”，从而一改“开中制”所形成的利益格局。按照新的制度，商人不用再到北部边疆纳粮以换取盐引，而是可以在内地就到盐运司纳粮换取盐引，这就是所谓的以“纳银运司”代替“中盐纳粟供边”。
“折色制”与“开中制”相比，不同之处貌似仅在于纳粮的地点不同，然而，正因为这一点却造成了利益上的重新分配――自洪武之后，南方的淮河、浙江地区的盐场产量日渐增加，淮盐每年的盐引总量达到57万道（每引400斤），占全国发行总盐引数量的二分之一，在“开中制”时期，晋商从北方的边关得到大量仓钞票，然后南下换为淮浙盐引，从而控制了盐业销售。改行“折色制”后，盐商不再需要向北方运粮，晋商的地理优势便全然丧失。
也就是说，在叶淇和“折色制”的背后，站着一群虎视眈眈的南方商人，他们主要来自徽州地区。
徽州——又称新安，地处现今安徽省的南部，北依黄山，南靠天目山，这里地狭田少，民众自古就有离乡背井的经商之风，《徽州府志》记载曰，“徽地瘠人稠，往往远贾以逐利，侨居各大都邑。”在明代中前期，徽商主要经营徽墨、生漆、林木和茶叶生意等四个产业，棉纺织业兴起后，徽商在这一产业中也非常活跃，据考证，在盛产棉布的嘉定县南翔镇和罗店镇，来往最多的商人就是徽州人。“徽商”一词，最早出现在明代的成化年间，记载的就是在松江一带从事布业的徽州商人。不过，这些生意都无法与暴利的盐业相比，“叶淇变法”事实上正是南方商人对北方晋商的一次致命的挑战。
“折色制”推行之后，天下盐商便自动地分成了“边商”和“内商”两类，后者渐渐控制了主动权。从此，太原、大同黯然失色，邻近两淮盐场的一些市镇起而代之，首当其冲的正是叶淇的家乡淮安，《淮安府志》载：“淮安城北为淮北纲盐屯集地，任盐商者皆徽州、扬州高资巨户，役使千夫，商贩辐凑。”而地理条件更为卓越的扬州更是一飞升天，成为新的交易中心和名符其实的“盐商之都”，大批晋商不得不举家南迁，落户于扬州，其中著名的有太原贾家、代州杨家、临汾亢家、大同薛家等等。与此同时，徽商则轰然崛起，从此与晋商并肩，雄飞于中国商界。
晋、徽争雄，势必造成惨烈的博弈，为了划分彼此的利益，并防止新的竞争者进入，政府又“适时”地推出了“纲盐政策”，即把盐商分为十个纲，按纲编造纲册，登记商人姓名，并发给各个盐商作为“窝本”，册上无名没有“窝本”者，不得从事盐业贸易。
“折色”加上“纲盐”，就构成了官商一体的、结合了特许与准入特征的承包经营制度，这是明人一大发明，它对后世的影响非常深远，到了清代，在外贸领域发展出了“行商模式”，而一直到1970年代之后的中国，仍在被广泛采用。在企业史的意义上，承包制是一种最显著的“中国特色”，它是国营经济体制的一个衍生型制度，它力图在不改变国家控制重要资源的前提下，激发民间的生产积极性，从实施的效果看，它确乎部分地达到了这一初衷，而最终，它彻底败坏了市场的公平性和法治化，并为官商经济提供了肥沃的土壤和无穷的寻租空间，这一制度的刚性化实际上成为阻碍一国经济走向真正意义上的市场经济的最后障碍。
叶淇的“折色制”让晋商颇不情愿地切出了“半壁江山”，不过他们很快又在另外一个领域中形成了垄断的优势。
1570年（隆庆四年），与明朝长期对峙的蒙古政权发生了内讧，蒙古俺答汗的孙子把那汉吉率部弃蒙投明，边关之患为之一松。当时，在北京的朝堂发生了一场激烈的政策争论，大多数朝臣主张杀死把那汉吉，利用蒙古内部的矛盾发动决定性的攻击，从此征服蒙古。而少数官员则建议用和平的办法解决，晋商集团的实际领袖、当时正担任宣大总督一职的王崇古向朝廷提出了“封俺答、定朝贡、通互市”的“朝贡八议”，建议开放边关贸易。他的动议受到了首辅张居正、他的外甥、时任内阁大臣张四维等人的极力鼎助。
这是明朝国际政策的一个重大转折点，同时又是山西商人基于新的政治局势