团下面又有许多子公司与转投资公司，每间子公司下又有相应的子子公司，甚至连施振荣也曾言自己都搞不清楚宏碁集团下到底有多少子公司。而“大家都想21in21，可是这些‘小宏碁’的业务范围是否重叠，能否永远独立经营，领导人能否掌控都是问题，结果是很不幸的”。布局看起来很美，但各自为政，执行不力，这更显露出代工与品牌纠葛不清及集团资源无法整合的弱点。有宏碁高层以宏电的策略为例，认为策略订得虽好。但“宏电在信息家电中最早布局、也有大厂的客户，什么都有。可是这么漂亮的布局，要去执行才有用呀”。这种状况让施振荣意识到，“当某些人没有担当，组织又不能处理时，让大家以为这样也可以发展下去，最后当然会有问题”。
除了宏碁因自有品牌和代工并存的原因，造成在It产业出现大规模生产、外包盛行后，代工企业崛起，竞争力超越宏基，以及五个次集团过度扩张导致重复投资，从而使宏碁产品的售价和利润进一步下滑外，那一时期，网络公司盛行，宏碁也相应的加入了互联网产业，但随着网络泡沫的破灭，宏碁也受到了不小的冲击。
庞大的宏碁停滞不前，施振荣当时对其中几位次集团领导人的表现并不满意，曾说出“换脑不行就换人”的重话。但他也很清楚，“任何事业的成长都会有一定的极限，很难突破。若要突破成长的极限，就必须做两件事，一个是长期投资，一个是变革管理。”宏碁到了不得不变革的时候。基于第一次的再造成功，施振荣决定对宏碁进行真正意义上的第二次再造。针对性宏碁面临的各个方面的问题，施振荣展开了一系列的再造措施：
第一，对内部资源进行整合。施振荣将宏碁所有兵力和资源尽量调用起来，一致对外作战。如果兵力不够，则在市场实力较弱的国家严守阵地；在东南亚市场优势明显的宏碁主力充当作战先锋；减少在美国的公司兵力，留出“子弹钱粮”用于投资于中国大陆，以提升资源，训练人才。并采用与各地公司，50%股份由宏碁总部掌控，另外50%股份与各地公司业绩进行挂钩的策略，这种情况下，子公司就必须既做好自已所属的业务，又要配合集团进行整体作战。
第二，将自有品牌与代工业务进行分割。自有品牌与代工业务并存，在宏碁已存在10年之久，它们之间的冲突带来的不良后果已经相当严重，在这次变革中，施振荣首先给它动了大手术，动作利落。2000年年底，宏碁将集团分割为设计代工与自有品牌两个独立部分。施振荣坐镇其后，以董事长身分，全盘掌控宏碁的运营。同时取消宏碁下属的所有次集团，以此简化流程、消除重复投资、降低非核心事业的投入。宏碁组织模式最终划分为研制服务事业（DMS）和品牌营运事业（ABO）。“切割后的设计代工事业将独立运作，不仅可以避免与宏碁自有品牌事业的冲突，更可专注于本身的领域，短期内有利于扩大规模，改善成本与速度。长期看则可有机会扩张到PC以外的产品线，创造更大的成长空间。”施振荣充满信心。
第三，对非核心事业资产进行剥离。对于宏电80亿新台币的获利中，只有13亿来自本业的状况，施振荣决心痛改，宏碁从过往的非核心事业投资中慢慢退出，以便换取资金集中发展宏电本业，其他次集团也基本如此，大幅脱手非核心事业资产，以发展相应的主业。
第四，布局新宏电。施振荣将宏碁电脑由制造业带入营销服务业，并将营运方向分为三个方面：资讯产品的营销、电子商务、高科技投资。其中，扩展电子商务、在中国大陆积极扩张，是施振荣的核心主业，他曾言，“中国大陆的市场比起台湾地区至少大过数十倍，这不像是以前制造业把生产力提升两三倍那样简单。宏碁将面临源自市场的挑战，但更大的挑战来自电子商务，我要做的是全世界都还没有的电子商务。”对于高科技投资，则按照风险投资的原则独立运作：由宏碁持有50%以上股权，如果是宏碁业务所必需的，未来会被宏碁整体买入；而未被整体买入的，则考虑独立上市融资。
经过二次再造，宏碁得以集中优势兵力，轻装上阵，2002年宏碁总营收高达4443亿元新台币，2003年达到总营收5411亿元新台币。2004年，宏碁电脑整体销售位居全球第五；笔记本电脑第二季度出货量跃居西欧第一，取代新惠普称王。2004年12月，施振荣退休，顺利交棒。
回顾起这次变革，施振荣如此告诫：“变革管理和危机管理有一点不同，变革管理是处理内部的经营危机，是外部的变化影响到内部，凸显出内部的问题；意外发生的情况则是危机，是突发事件。两者都要面对现实，变革管理是处理长期的危机，危机管理是属于短期的。要面对现实很快地处理，短期危机没有马上处理也会演变成影响非常大的冲击，甚至使企业慢慢致命。”很显然，处理内部的经营危机，比外界的突发因素导致的危机，更重要。