。尽管中国的部分新兴产业规模已跻身世界前列，但是长期产业技术基础薄弱、研发投入不足等问题仍然是制约产业竞争力提升的瓶颈。以新能源汽车为例，虽然政策已经给予特别重视，但是两个“五年计划”中国家财政在研发上的投入仍不足20亿元人民币，不及美国一次性在动力电池上投入的24亿美元的1/10。企业方面，中国汽车行业企业年研发投入约为400亿元人民币，仅相当于通用、丰田等单个跨国企业一年的研发投入总和。新材料产业方面，也同样存在投入不足的问题。目前，中国从事复合新材料科研生产的单位有1000家，但其中90%以上为研发能力薄弱的中小企业。
投入不足导致中国的产业基础、制造技术长期滞后。“十一五”规划确定的16项重大技术装备中，仍有许多产品的关键技术依赖引进或模仿；有些装备虽已实现国内制造，但缺乏自主设计能力，并未掌握核心技术，如高端轴承、特种材料、机床数控系统、铸锻重大工艺等基础装备技术，长期依赖进口。
创新能力弱导致中国工业总体水平仍处于国际产业链的中低端。中国炼钢企业多达500多家，重点大中型企业只有73家，其余大部分是年产钢几万吨和几十万吨的小企业；31个省市中仅有5个未建炼油厂，但炼油企业平均规模仅为世界平均水平的一半左右。
因此，“十二五”期间将着力加快改变核心技术对外依存度高和处于全球产业链中低端的状况，将通过国产化和自主化的“复合式发展”提升产业关键技术水平。要实现这一目标，稳定持续的技术创新投入是重要保障。据国家发改委产业研究所关于战略性新兴产业的一项调研显示，其涉及的大多数地区都表示“十二五”期间将加大对本地区重点新兴工业领域的创新投入力度，同时也呼吁希望获得国家层面的专项资金扶持。