追随者意识到，为了保持一致，进化理论应该象解释生命的发展一样，从自然原因的角度解释生命的起源。海克尔假定存在一种生命的原始形式，“原核生物”，它是没有结构的原生质，但是已经具备了生命的基本特性。这就形成了非生命物质与含细胞的更高级生物之间的关键联系。1868年，赫胥黎在从海底挖掘出的泥土表面发现一层胶状物。他认为这是进化第一阶段的活例证，并将其称之为海克尔原肠虫(Bathybius haeckelii)（Rehbock，1975）。有人认为海底仍然覆盖着原始泥状物(Urschleim)，生命的高级形式正是由它演变而来。然而很快就发现，当把酒精作为防腐剂加到海水中后，便沉淀形成这种胶状物。因此赫胥黎被迫放弃今天仍然可以观察到生命起源第一阶段的论断。
因为原肠虫没有细胞结构，所以它极大地支持了下述看法，即物质一经达到适当的化学组织水平，就会出现生命的特性。这使得化学合成作用——在今天的世界仍然可以重复这种作用——是生命起源根由的观点更加说的过去。19世纪80年代，一时兴起的对自然发生的热情很快就退去了，因为大多数科学家都相信路易斯·巴斯德详细证实的不存在从非生物到生物的证据。细胞理论和种质概念的发展也有助于人们相信新的生命结构只能来源于原先存在的生命。核物质从一个细胞到另一个细胞的连续性，被看作是生殖必不可缺的基础，意味着生命的特性是由于细胞的组织化。因为仅仅是纯化学活动不可能产生一个细胞的复杂结构，所以，在任何自然条件下生命都不可能自然发生。为了避开地球上的生命最初是如何出现的这个问题，有人甚至认为最初的生命是来自太空的孢子(其来源也不清楚)“播种”到地球上的（Arrhenius，1908）。
在20世纪早期，许多生物学家开始对胶状的悬浮液感兴趣，而且一些生物学家认为这些悬浮粒子的特性多少预示了生命自身的活动。奥巴林首先把生命的起源看作是一个独特的事件，认为当第一个细胞从胶状的悬浮液中沉淀下来时，便发生了生命的起源。这仍然强调的是经过一个阶段的自然发生，这样便跨越了生命与非生命之间的界线；关键的进展来自于偶然的化学合成。J·B·S·霍尔丹1923年发表了一篇论文，他在这篇论文中提出，通过有机化学的自然作用，形成了类似病毒样结构的原始形态。奥巴林后来工作的创新是放弃了建立在偶然合成基础上的单阶段生命形成的思想。相反，他提出了更加成熟的图景，其中生命的出现过程中不存在明确的界线。化学进化的过程逐渐提高组织化的水平，导致从非有机物到第一个活细胞之间的完整连续性。
法利(Farley，1977）认为，奥巴林观点的改变是受了辨证唯物主义的影响，而且法利指出，奥巴林著作的成功加重了李森科主义的灾难。如果说李森科是个机会主义者，其他人则发现，比起一些老式的唯物论，辩证唯物主义具有明显的优点。奥巴林支持李森科，他自己也遭到一些遗传学家的批评，他们宣称他的理论也想要破坏基因作为生命组织化基本源的地位。然而，在奥巴林的案例中，唯物主义逻辑在生物学上的应用所带来的并非科学上的滑稽，而是真正的进步。辩证唯物主义既不是机械论哲学，也不是还原论哲学，因为辩证唯物主义认为，当组织化达到一个新的水平，便出现全新的自然规律。在较低水平上量变造成质变的辩证规律，促使奥巴林提出生命的出现是物理复杂性程度逐渐提高的结果。另外，辩证法认为，新特性的出现否定了前一状态的特性。于是奥巴林认为，生命一旦在地球上出现，这一过程将绝不会再次重复。生命有机体在其自身的形成过程中便将更早的状态破坏。因此正如巴斯德所表明的那样，现在不可能创造出生命。