分成一些“姊妹”种的。而且达尔文的笔记表明，达尔文只是经过了艰难的思想探索后，才得出这种思想的。一旦他开始确信新的物种一定是通过自然的方式来源于原先的物种，他就开始尝试各种假说，以说明这个过程是如何进行的，检查他自己的经验和通过广泛的阅读科学文献获得的信息。同时，他认识到，任何进化学说最终都要用来说明人类，因而他开始广泛研究心理学和社会理论，以努力确保他的观点可以得到广泛的应用。他把阅读政治经济学，包括阅读马尔萨斯的书籍，作为他精心考虑的研究纲领的一部分。为了描述达尔文得出自然选择学说所经历的道路，一项主要的工作就是要确定科学因素和非科学因素对他思想的相对影响。然而，我们首先必须确定达尔文研究这些问题时的心态，特别是他在探讨进化的自然机制时，对于其中的哲学和宗教含义的态度。
由于达尔文原来相信佩利关于设计的论点，所以他一定曾经相信是造物主的作用导致新物种的产生。他随贝格尔号考察的经历使他不再相信奇迹的发生；加拉帕格斯群岛的发现提供了对于简单特创论的一种归谬法。这时他已经相信，是由于自然法则创造和设计了适应新环境的新物种。但是这并非一定意味着他变成了无神论者，或者他一定反对任何设计的概念。许多博物学家依然相信，自然法则本身是设计出来的，从而使上帝的计划可以在物质宇宙中实现。达尔文开始时大概也信奉这个观念；他在最早的一个进化机制假说中设想，变异的产生是对环境要求的直接反映。生物以适应的、进步的方式自动地发生改变，这种观点当然符合变异的法则是由一个仁慈的造物主设计的观点。但是当达尔文相信不存在这种对环境的直接反映，以及生物与它们生居的环境之间一定存在比较粗糙的关系时，他的信念发生了什么变化？
多数研究达尔文笔记的史学家得出结论，达尔文很快认识到，他现在发展的系统将很难（也许不可能）转变法则与由一个仁慈的上帝设计的信念协调起来（Limoges，1970；Gru ber，1974；Schweber，1977；Manier，1978；Brooke，1985）。当他认识到在贝格尔号航行期间获得的生态学见解的充分含义时，沿着这个方向的第一步便迈出了。如果不存在自然的平衡，只是竞争物种之间为了占据同一区域而展开的残酷竞争，那么对于不成功者来说，灭绝就是不可避免的。当达尔文也开始认识到，实质上努力适应环境的随机变种之间的差异生存必然会产生转变，他又一次不得不怀疑一个仁慈的上帝怎么会依赖于这样一个粗糙不协调的过程。个体之间的竞争并不使整个群体受益，因为只有那些有足够运气的生存者，才喜欢进步的结果。无情的选择给出了一种新的、与设计并不协调的决定论，根据这一点，有可能会认为达尔文即使不是一个赤裸裸的、也是一个不可知论的无神论者。顶多他是不断地触及到符合人愿的思想，他曾经表达过一种含糊的希望，认为通过个体之间的斗争，也许会产生出最终的善。
无论是不是无神论者，达尔文从一开始就清楚地认识到，这种新的唯物论具有令人震惊的关于人类地位的含义（Gruber，1974；，1974，1977）。他开始收集有关心理学和社会问题的信息，目的是要理解如何认为通过自然进化可以产生人类的独特性。最后，他的立场是，人类的本性并非固定不变的，而是通过动物已经拥有的那种自然力的扩展产生的。因此，他阅读政治经济学的文献，并非像他在自传中所说是出于偶然，而是他希望获得有关人类社会进化见解的有意行为。