对这个地区的平衡力量造成长期的影响，甚至会使不利的物种灭绝（Kinch，1980）。
当时并非很容易发现在某一地点一个物种被另一个物种所取代的情况，像达尔文所发现的美洲鸵那样的情况。根据推测，环境条件中的某些逐渐变化会对某个物种有利，对别的物种不利。但是相信为了尽可能占据更多的地区的竞争，却决定了达尔文后来的态度。他之所以得出这种观点，或许是受所见到的急欲占据土地的欧洲人是如何消灭南美印地安人的触动。这种当时社会情况的影响，可能清楚地表明了这种新的斗争概念的最重要方面。自然界中最激烈的竞争并不是物种与食物供给之间的竞争，或物种与捕食者之间的竞争。最激烈的竞争发生在物种与其生态关系最近的竞争者之间，即与那些具有类似生命类型的邻近（或迁入的）类型之间，这些类型如果因为环境条件的变化而获得了某些优势的话，会治竞争物种于死地。
人们通常认为，19世纪时欧洲人对竞争的思想很着迷（Gale，1972）。如果我们要想理解各种斗争概念在达尔文理论中的作用，我们就必须区分开这些概念。当阿尔弗莱德·丁尼生勋爵在《纪念》中写道“自然，染红了牙齿和爪子”时，他当然是在向传统的自然神学的观点挑战。他的话的含义是，要承认斗争是自然中不可分割的组成部分，而不是要理性地理解一些事，以保持认为存在着一个仁慈的上帝。这种观点代表了思想氛围中的一个重要的变化，这种变化可能有助于博物学家沿着新的思想去猜想，但是之于达尔文主义的起源，这只是一个间接的线索，因为这种思想只侧重于捕食者与被捕食者之间的关系。一头狮子杀死一只斑马是“染红了牙齿和爪子”，但是斑马吃草也是捕食，虽然没有人担忧对草的残忍。更重要的是，丁尼生的话并没有反映出达尔文从赖尔和他在南美的经验中所吸收的生态竞争。竞争者之间的竞争是真正冷酷的，失败者要遭受灭绝的惩罚，然而这种竞争的发生也可以在不流血的情况下发生。认识到自然和社会可能建立在斗争而不是和睦基础之上，成了博物学变化的重要基础。但是像赖尔和达尔文这样的博物学家不得不改变这种氛围，他们采取了一种建设性方式，以解决一些问题，如生物的地理分布问题。他们不可能简单地借用诗句的比喻，并将其直接用到对自然的解释中。
建立在斗争基础上的生态学，大概成了达尔文态度中的重要组成部分，但是这种生态学并没有提供直接的转变证据，它并没有提供达尔文将来用作自然选择驱动力的确切的斗争概念。赖尔尽管认识到自然平衡的打破，但是他依然相信物种是固定不变的，因此，在环境变化的影响下物种注定要灭绝。赖尔并没有意识到康多尔所说的“自然中的战争”可以用于每一物种之内，通过斗争而在个体之间进行挑选，只有最有能力者才能适应变化。
最终，达尔文通过研究诸如海洋等物理障碍是如何影响物种的地理分布，确信了进化的发生。有些事实令他苦恼，例如，虽然美洲鸵和非洲鸵鸟都适应类似的开阔草原生活，但是二者却有明显的不同。为什么像南美和非洲大陆具有各具特色的种群？如果适应只是上帝所为，人们会期待他在同样环境条件的所有地区创造出同样的物种。赖尔提出海洋是障碍，限制了物种的迁徙，因此每一个大陆生居着自己“创造中心”形成的特色类型；但是达尔文需要找到为什么在最初的地区种群不同的自然解释。最终，他认识到，根据进化会真正解释这种现象。一旦大陆与世界其他地区隔离，那么没有什么力量可以促使这个大陆上的生物沿着与其他地区的生物一样的路线进化。它们肯定以其独特的方式适应变化的环境，从而最终获得与其他地区生物不同的独特的特征。
正是对隔离海岛的研究，是上帝通过不同的奇迹使这些岛屿上具备了特有的动植物？还是岛屿上的动植物是从邻近的大陆跨海迁移过来的？岛屿上的动植物种群与最近的大陆上的种群相似这个事实表明是后一种可能。达尔文为了证实这一点，后来用了很长时间研究动植物的扩散机制，表明物种有时可以跨越宽阔的海洋。鸟类可以顺着暴风飞翔，其他动物可以乘着像筏一样的植物在海上漂流，而且通过这样的偶然事件，最终在遥远的岛屿上会有动植物种群。但是当认识到岛屿上隔离的物种与最近大陆上的物种不同、仅仅是相关时，真正的问题便显现出来。隔离的物种一旦与原先的类型分开后，要经过某种类型的转变式变化。
有人证实达尔文在加拉帕格斯群岛上的经历是至关重要的。这群火山岛离南美的太平洋海岸数百里，跨越赤道。贝格尔号多次到达这里，因而达尔文可以从不同的岛屿上收集标本，但是达尔文直到离开时才认识到真正的难题：他得知当地人可以根据海龟的壳识别出海龟所属的岛屿。在航向回家的路上，他一直在琢磨这个奇妙的事实，考虑是否其中含有普遍的意义。自从戴维·拉克（Lack，1947）研究“达尔文的莺鸟”以来，就有人提出，特别是这些鸟是关键的启发，使他相信在地理隔离条件下的趋异进化。按照这种看法，达尔文认识到，当