世纪后期的博物学家依然期望科学研究能和基督教协调起来。他们坚持物种固定不变的概念，坚持认为每一个物种产生出与自己的类型相同的后代，他们希望通过对自然类型变异的详细了解，会有助于加强物种是神的智慧产物的信念。这种体系中的三种成份需要详细描述，因为它们对于后来进化论的历史产生了重要的影响：a)利用设计的论点来解释每个物种的结构，通常是从生物对特定生活方式适应的角度。b)相信物种之间相互关系的整个图景符合某些可以轻易识别的结构，如存在的巨大链条。c)扩展了亚里士多德的物种固定不变、自然地下分为相关形式的类群的观点，以解决欧洲人在从事世界范围的探索时由于发现了大量新的物种而产生的实际分类问题。
有一种设计的论点，它的基础是每一个生命结构都有其适应目的，这是一个自然神学学派的核心观点，这个学派的最昌盛期是在1700年左右，而且一直延续到19世纪。约翰·雷的那本经常再版的《上帝在创世中的智慧》（Ray，1691）是这种观点最为人知的代表作（R aven，1942；Gillespie，1987）。威廉·德汉姆的《物理神学》（Derham，1717）是另一本流行的著作，而在欧洲大陆，拉贝·普鲁克的《关于自然的猜想》则利用多卷的论述发展了这个主题。尽管有启蒙运动的挑战，在威廉·佩利的《自然神学》（Paley，1802）中仍然存在着类似的看法，而且通过佩利影响到年轻的查尔斯·达尔文。
设计的论点认为，世界的规则和复杂性，特别是在生物结构中体现出来的规则和复杂性，不能通过自然本身建立，必定是由一个智慧的设计者创造出来的。人们经常以钟表和钟表匠之间的关系作类比。没有人相信组成可以工作的钟表的金属零件能〖S S〗组成复杂的形状，因此我们知道一定有一个钟表匠设计和制造了钟表。因为在自然界没有力量能够建造新的动植物物种的结构，因此可以用同样的论据说明造物主的存在。但是，生物的结构不仅说明造物主的智慧和力量，还能证明造物主的仁慈。赋予每一个器官的形态适应于动物生命式样中表现出来的功能，这说明造物主关心他的造物的幸福。我们可以将这称作设计的“功利”论点，因为它假设每一个性状都具备有用的目的。人当然是设计的首选例子，手和眼睛的完美结构似乎最明确地说明我们的身体为了我们的需要是如何创造出来的。首先，存在围绕人建立论据的诱因，那就是提出其他物种的设计是为了人的缘故。例如，马的构造便于人骑，这并不是巧合。那时，这种人类中心说的观点很容易发挥到荒谬的地步，比如，普鲁克就宣称海洋的潮汐是为了帮助船进出码头而设计的。
有些也提出过设计论点的严肃博物学家就认识到，不可能将所有造物都看作为了人的实用而形成的。博物学家在研究过程中发现，许多物种对人来说没有什么价值，然而这些物种也以某些方式表示出它们是造物主智慧的产物。每一个物种都在完美地适应着它们自己的生活方式，从而证实神的仁慈赐予各种造物的观点。例如，注意一下捕食者的具有尖牙利齿，很适合抓捕被捕食者。提出仁慈的上帝创造出的动物只是为了杀死其他动物，难道这不矛盾吗？自然神学能够合理地解释这一点，他们认为从长远的角度看，食肉动物的存在可以减小这个世界痛苦的程度，因为它们清除的是年迈和有病的被捕食者物种成员，并使之尽快死掉。此外，“自然平衡”的观点作为现代生态学的先驱出现了（Egarton，1973）。所有人都认为物种之间的相互作用是一种和谐的设计，以确保整个自然系统的稳定性。假如某些偶然的原因致使某一物种的数量非自然的增加，捕食它的动物本身也会增加数量，不久又恢复了平衡。这样一来，自然神学中就包含了捕食者和被捕食者关系的认识，但是并没有认识到生存斗争的意义。
自然神学成熟地足以面对许多乍一看似乎与仁慈的上帝观点相矛盾的现象，但是一些新的发现带来了问题。为什么会有寄生现象，如肠道蠕虫？它们如何与设计的论点相吻合（Farley，1977）？这属于极少的领域，一些学者认为，自然中有些部分的存在就是要惩罚罪孽的人类。与我们的主题更直接相关的是化石问题，特别是那些今天不再存在的物种遗迹。作为自然神学的首席发言人，雷发现很难接受灭绝的概念。假如上帝的一些造物会死光，我们怎么能继续相信上帝的劳作是完美的呢？为了不摧毁造物是完美过程的观点，雷选择了另一个立场，他否认化石来源于生物。然而随着更多的化石被发现，这种立场显然站不住脚了，而且稳态的创世观也不得不放弃。
设计的功利论点除了提到生态关系外，还将每一个物种视为一种特定的适应例证。然而没人相信理性的上帝会以一块又一块的拼接方式设计他的造物。一定存在某些完整的图景将不同的物种形态连接成为一个和谐的特创方案。相信这样一种方案是生物表面上多样性基础的信念很古老，至少可以追溯到古希腊。按照最简单的形式看，有人认为这种图景是一个存在的巨