必难兼顾。盖非常之时，必以非常之事应之。今共产党之在晋北者，其意不过欲北据河套，与苏俄通声气耳。此辈虽多狡诈，然其对于日军，必不肯俯首驯服，明甚!若能顺其所欲，驱使出塞，即以绥远一区处之，其能受我委任则上也；不能，亦姑以民军视之。如此，察省介在日、共之间，渐可成为缓卫之势，较今之左支右绌者，其得失必相悬矣。盖闻两害相权，则取其轻，与其使察、绥二省同为日有，不如以一省付之共党之为害轻也。以上就形势立说，或不致有大差池。若夫开诚布公，以悬群众，使将相之视枢府，犹手足之头目，转移之妙，自在庙堂，此非草野所能与，而固不能不殷殷期望者也。匆遽阵辞，当不以临渴掘井为诮。六月四日。 (《章太炎政论选集》下册，页八七三至八七四)
自北伐以后，章太炎反对一党专政，不承认南京政府，自称中华民国遗民，遭到国民党党部的通缉，只好销声匿迹。九一八事变后不久，他在给孙思昉的信中说：“东事之起，仆无一言，以为有此总司令、此副司令，欲奉、吉之不失，不能也。”总司令就是当时的全国陆海空军总司令蒋介石，副司令就是张学良。后来，他亲自北上面见张学良，始知乃是奉命不抵抗，益鄙视蒋氏的南京政府，攻击不遗余力。一九三二年三月，南京当局有鉴于抗日的呼声，宣布召开“国难会议”，但议程限于御侮、剿匪、救灾三项，基本上并无意改变“攘外必先安内”的既定政策。章太炎亦在邀请出席之列，但他断然拒绝，声称：“军事贵速，能断则一言而可，不断则众议而无成，纷纷召集，将以奚用？”要抵抗，马上决定抵抗，用不着召开什么国难会议。他怀疑“当事者志在屈服，而以联盟会议为分谤之机关”，所以雅不愿参加，以“为党国诸贤任过”。章太炎继续谴责日本侵略，更直指蒋介石“勇于私斗，怯于公战”，置国土沦丧而不顾。乃要求以国民名义，“将此次军事负责者，不论在南在北，一切以军法判处，庶几乎平亿兆之愤心，为后来之惩戒。”章太炎在这最后的一封信里，重申九一八以后一贯的主张，要求结束内战，一致抗日。他直言共党与日本应两害取其轻，应该联共御日，不能再丧失领土于外人。当时蒋介石仍然坚决贯彻内战，执行攘外必先安内的政策，章太炎这种“国共合作”的建议，当然是完全听不进去的。无论国学大师章太炎或无数年轻学生，都手无寸铁，奈何不了蒋介石。但是，一九三六年的十二月，西安事变爆发，张、杨终以武力逼迫蒋介石走上国共合作的抗日之路。(有关章太炎参阅 ong，Searcionalism ch．8)