国很可能被打败，但他认为一个主权国家不能站起来为维护主权而战，根本不能算是一个国家。他虽失望于蒋介石的南京政府，却受到东北义勇军以及十九路军抗日的鼓舞，乃不顾衰病之躯，决心到北方一行，当时陆路已经阻塞，遂改由海道经天津到北平。他最要见的是张学良，他与学良有旧，想借其个人的影响力促使学良抗日。据汤国梨的回忆，学良在太炎相逼之下，道出奉蒋介石之命不抵抗的隐情。至此他更深一层理解到，南京政府之坚不抵抗，对蒋介石亦益为鄙视，故尚在平、津一带访问时，即已严厉批评政府，同时趁讲学之便宣扬爱国精神，鼓励抗日。
一九三二年五月，章太炎到苏州讲学，特别表扬“儒行”，标出“行己有耻”之旨，显然是有现实的政治目的的。他要告诉国人、提醒政府，不抵抗外国的侵略，是极为可耻的。之后，他决心长住苏州讲学。这不是退隐，而是要继承顾炎武讲学以救时的传统。同年年底，日军炮击山海关，并声称热河为满洲之一部，以便侵占。章太炎愤怒之余，于一九三三年二月与马良发表“二老宣言”，指出所谓满洲在汉代已为中国之郡，称为辽东或玄菟，明代更立建州，自为中国的领土，而热河从来不是满洲之一部，更是中国的领土。此一宣言曾寄达日内瓦的国联，在国内亦传诵一时，代表当时爱国知识分子的心声。
承德之失，益增章太炎的怒火，他更严厉指责蒋介石之无能，以致继续丧失国土。他也更了解南京政府继续“安内”、不愿“攘外”的用心，于此力主停止内战、国共合作、一致抗日。他不依赖外援，而把抗日的担子由全国的老百姓负起。他在与马良、沈恩孚共同发表的“三老宣言”中，对这一点说得非常清楚。中国老百姓已别无选择，只有勇敢地站起来抗日。冯玉祥是南京政府官方人士中，第一个表态抗日者。他于一九三三年的五月，成立了“民众抗日同盟军”，誓死保卫察哈尔，并收复失地，冯氏此举，使章太炎尽释前嫌，两人成为好友。从最近发现的《章太炎给冯玉祥的五封信》看来，章对冯的抗日决心，推誉有加，把领导抗日的责任冀望于冯将军。但是蒋介石不想抗日，冯玉祥抗得起来吗？他的单独行动使蒋介石大为光火，乃于八月间将“同盟军”给解决了，章太炎立即痛责蒋氏的阻碍抗日。那时蒋介石仍在江西“剿共”，章太炎认为国难当头，仍然勇于内战，已危及民族的生存，这样的政府早已有负国民所托。但从蒋介石的眼光看来，章太炎这一批主张抗日者，不仅破坏对日和谈，而且为“匪”宣传，帮共产党的忙。但章太炎毫不减弱抨击政府不抗日的声音。于是蒋介石托张继警告太炎不要再谈时事，要他“安心讲学，勿议时事”。张继曾与章太炎有金兰之谊，奉命传言，结果被老哥训斥了一顿，指这位老弟要他不说话，“得无效厉王之监谤乎？”他告诉张继，他的持论已算是厚道的了，“虽明知当局之有阴私，犹不欲讼言斥之。”他又反问张继：“谁使吾辈为小朝廷之民者？谁使同盟会之清名而被人揶揄嘲弄者？”张继讨了没趣之后，蒋介石又派丁惟汾到苏州送上现款一万元作为“疗疾费”。太炎宣布此款作为公用后，继续逼蒋抗日，蒋介石送钱给他，当然是有塞他嘴巴的意思，但他的嘴巴是塞不住的，他继续不断地批评蒋氏的不抵抗政策，同时呼吁全国团结一致，准备抗日。一二九学运发生后，章太炎全力支援学生，亲自打电报给北平的宋哲元，要求立即释放学生，宋回电给他，保证“和平解决”。终于在章太炎逝世前一月，蒋介石写了一封信给章太炎，保证相互信赖，庶几团结一致共渡难关。章太炎于逝世前十日，回了蒋介石一信，提醒他相互信赖必须基于爱国主义，并指出为了抗日必须容共。章氏虽未及亲见国共因抗日而再度合作，他毕竟预见此一不可避免的发展趋势。这封信的全文如下：
前被手书，属以其信济艰之义，劝诱国人，抑言之非难，欲其心悦诚服则难，迩来所以语河北者，独云保爱令名，勿入陷阱而已。苟其人自惜羽毛，又知东人非始终可保，必不轻于依附。至于小小委蛇，如晋张轨之在凉州，非不与刘、石酬酢也，而领土必不肯弃，名号必不肯更，则所以自守者固在。一闻劝励，当必有努力增倍者矣。若欲其杀敌致果，为国牺牲，此在枢府应之以实，固非可以口舌致也。顷者，东方于津、沽等处，又增兵矣。观其用意，亦只以武力胁迫，欲为城下之盟而已，用兵则犹未也。然势之所激，往往有出虑外者，枢府虽以剿匪诸师进驻晋南，阴为犄角，一旦有急，则未知河北之意，果愿其入境否也？鄙意应之以实，本无他虑，彼在危急之中，而部下之不肯屈辱者，尚居大半，果以精械厚糈相助，唯有感激向前耳，安有据之以兴背证者耶？此事即行，又厚遇山东，以坚其意，彼知政府之不我遗弃也，能以一部应战固善，不能独战，则必有济师之请，而晋南诸师，可与并力矣。为今日保全华北计，唯有如此。若以河北难守，而但南抗黄河，河流既长，处处可以窃渡，幸遇水潦涨盛，容可暂安，水涸则必无以阻敌矣。抑鄙意以为今之国计，固不宜恣言远略，惟领土未亡者，则不可不加意顾全。北平既急，纵令勉力支持，察省