迹中，刘涌预感到吴静明可能“出大事了”。刘涌当机立断打电话通知程健等人立刻远走高飞，自己也准备先逃到国外观察观察动静再说。
2000年7月3日，沈阳市公安局通过新闻媒体通缉嘉阳集团董事长刘涌以及张建奇、张凡、程健、高伟等5名犯罪嫌疑人，并对提供刘涌线索的给予5万元悬赏金。
2000年7月10日，一条重要线索汇总到沈阳警方刘涌专案组。原来一直跟随刘涌一起出逃的得力马仔徐井岩的手机信号在黑河方向频繁出现。专案组分析判断：刘涌等人极有可能准备从黑河外逃出国。沈阳警方随即向黑河警方发出了协查通报。
7月11日下午两点左右，黑河市海关边检站有二男二女来通关，其中一个男的体貌特征明显地和刘涌相似，海关边检人员的心情十分紧张。一名海关人员顺手拿过该人出示的身份证、护照进行检验比对，输入相关资料的微机立刻连续响起了刺耳的警报声，此人正是警方通缉的刘涌。刘涌和高伟见警报响起迅速溜走，两人跑到海关大厅外打了一辆红色夏利车拼命逃窜。20分钟后，夏利车来到黑河西岗子检查站，刘涌抬头看见全副武装的公安干警和武警战士已经彻底包围了边检站，看来逃出去的可能性已经没有了，刘涌立刻拿出早就准备好的四瓶安定片，闪电般地吞吃了200片安定，想一了百了。公安干警和武警立刻冲上来抓捕，由于药量太大、药性太猛烈，刘涌已经昏死了过去。黑河警方立刻把刘涌送到最近的医院进行紧急抢救，经过几个小时的抢救，刘涌总算是保住了一条命。
刘涌、高伟、刘涌的妻子刘晓君等人落网的消息传来，沈阳刘涌专案组全体干警激动得欢呼跳跃，沈阳市公安局副局长于凌舜和刑警支队支队长李凡率干警乘三辆警车连夜奔赴黑河市押解刘涌等人。沈阳市公安局特意拿出20万元重奖黑河市参与抓捕刘涌的全体公安干警。
然而，就在7月14日，当刘涌从黑龙江省黑河市被押回沈阳后，时任沈阳市市长的慕绥新立刻给沈阳市公安局局长杨加林打了一个十分耐人寻味的电话：“刘涌的案子能立住吗？社会上都在传说你们对刘涌严刑拷打逼供，给他毒品，还让他坐老虎凳。”在沈阳警方开始抓捕刘涌的第二天，刘涌的“干爹”——原沈阳市检察院检察长刘实，就打电话给杨加林，要约杨见面聊聊，其“探风”的意图已很明确。被杨加林拒绝后，刘就开始利用职权，对公安方面做手脚，以干扰警方办理刘涌一案。
由于考虑到刘涌及其幕后背景和沈阳公检法司系统有着错综复杂的关系，专案组上报有关领导研究决定，对刘涌实施隔离式异地保密封锁羁押，从源头上首先掐断刘涌和外界关系网的联系，也让刘涌彻底放弃对关系网的精神寄托。
从2001年8月8日到2003年8月21日，刘涌在辽宁省铁岭市看守所整整被羁押了743天，长达两年左右。在刘涌被羁押期间，为了能够确保刘涌积极配合审讯工作，时任铁岭市公安局局长王立军要求挑选素质高、经验丰富的干警专门负责监管刘涌。刘涌在二审结束后，写了一封标题为《新世纪新风尚“三个代表”精神指导下，羁押在铁岭看守所两年时间的亲身感受》的感谢信，这是刘涌发自内心地感谢铁岭市公安局看守所负责监管他的干警对他人性化的管理教育。一个拥有初中文化水平的黑帮“教父”，洋洋洒洒地写了一封长达3000多字的感谢信，刘涌在信中是这样写的：“回想过去曾是那样的辉煌，那样的风光，呼风唤雨，而现在从天堂走到地狱。此时我又想了很多方法，以便早日解脱。在这种情况下，两位管教在支队领导下没有放弃我，反而在工作范围内从生活上一如既往地关怀……今年的高温期，我的病情加重，孙支队亲自找大夫研究治病方案，并从伙食入手进行调配，还邀请教授为我治病，为我开了中药。为更好发挥药效，管教干部不论早晚都将热水凉温后让我服用。”刘涌还写道：“有时我在问自己，我是一个罪人，铁岭看守所为什么没打死我或让我这么个极其危险的罪犯病死？……我从严肃中感到人权，体会到作为一个罪犯在铁窗中能够学习到好的思想，好的作风。”
2003年8月15日，二审法院以不能排除刑讯逼供为由将刘涌从死刑改判为死缓，刘涌从铁岭市看守所被转送到锦州监狱服刑。
最高人民法院做出再审的决定后，刘涌须再次从锦州监狱转到锦州看守所羁押。面对来提押他的40多名锦州市公安局防暴警察、刑事警察和管教干部，刘涌苦笑一声，仰天长叹：“前功尽弃，一切都完了！”
为了防止刘涌对抗最高人民法院的再审，经过特批，刘涌每天享受和管教干警一样标准的伙食。刘涌家属在看守所为刘涌存了一些用于购买日常用品的钱，每次购物由看守所一名副所长专职负责，收据还必须经刘涌本人签字后才能核销。刘涌也被特别批准在监室内吸烟，吸的是软包“黄山”，规定每天不超过8支，干警们还用窝窝头为刘涌设计了一个“工艺”烟灰缸。由于刘涌的特殊性，监管人员特地买来一个塑料大浴盆，烧好水后，让刘涌在自己