到总医院做大夫，引起了一些非议。张琴秋力排众议，坚持让杨成元给红军战士治病。为感红军不杀之恩，到总医院后，杨成元第一天就给九十多名伤病员看病，表现出了精湛的医技，赢得众人信服。在以后的工作中，杨成元勤勤恳恳，抢救了很多重伤员，得到医院的信任。总医院中有专长的中西医生，均称为医官，相当于军队的连级干部。由于苏区财政经济困难，军队指战员、地方干部实行供给制，一律不发薪金，但对技术人才则特别照顾。经红四方面军总部同意，对杨正元等一批当地聘请的医官给予薪金，医官杨贯英每月工资一百六十元，医官杨成元每月工资一百二十元，医官陈殿之每月工资一百元，医官李邦锐每月工资四十元。医院为医生专门开小灶伙食，“无荤不摆饭”；对有烟癖的医生，特批供给鸦片；老中医行军、出诊可以骑骡子。外出就诊配以坐骑，这就如同今天给专家配专车一样。张琴秋更是决定任命杨成元为中医院负责人。1935年，红四方面军撤离川陕根据地，杨成元不顾古稀之年，毅然决定跟随红军长征。此时张琴秋已经离开总医院，得到这一消息后，她立即将自己的坐骑送给杨成元。长征路上，杨成元继续给红军战士治病，部队到川西理番时，杨成元不幸病逝。辞世前留下遗言：“我老年遇知音，幸得参加革命，我死值得，死而无怨。”
除了留用和聘请，周光坦和张琴秋的第三个办法是自己培养。举办“红色医官”和“红色看护”培训班，成立卫生学校，培养卫生人才。这项工作的最大功臣是苏井观。
苏井观，河南省潢川人，名苏炳达，字静观。1927年毕业于天津海军军医学校，1928年加入中国共产党。1930年初离开潢川进入鄂豫皖苏区并参加红军。先任红二十八团军医，后调任红军第一师（后改为第十师）医院外科主任、院长。红军入川在泥溪开办总医院，苏井观为第一任红四方面军总医院院长，参与创建和领导川陕革命根据地的卫生事业。1935年7月至1936年3月任红四方面军总卫生部医政局局长。1936年后先后任中共中央西北局卫生部部长、红军西路军卫生部部长、延安边区医院院长、八路军医院院长、中共中央军委卫生部部长、中共中央军委总卫生部部长。解放后任卫生部副部长。
为了解决医护人员紧缺的问题，红军入川后，苏井观就开办了红四方面军历史上第一所“红色卫校”，招收“粗知文字，有学习精神”的雇工、贫农、中农及社会关系清白、无反动嫌疑的男女青少年，毕业后即分配到各红军和工农医院服务。苏井观一边创建总医院，同时自任校长，他自编教材，亲自讲课，手把手带学生实习。苏井观、周吉安、林春芳、李炳伍、黄兴蓉、潘文森、俞明成等医生讲授病理学、解剖学、药物学、脉络学等课程，为红四方面军培养了一大批卫生工作骨干。总医院定址王坪村后，苏井观除了担任外科主任外，把主要精力用在了开办卫生学校、培养医护人才的工作上。在苏井观的努力下，“红色卫生学校”开办得有声有色，学员们在较短的时间里学到了很多急需的实用知识，这些人毕业后立即进入总医院和部队各级医院，有力地提高了红四方面军的医护水平。学校共为根据地培养了四百多名医护人才。
第三大难题是药品和医疗器械空前的紧张。
红军入川后战事频繁，总医院伤员日收治量在三千人左右，万源保卫战最艰苦的时候，日收治量曾高达六千余人。这么多伤病员，药品和医疗器械的需求巨大。由于敌人的封锁，治疗所需的药品和医疗器械极为缺乏。红军当时医药和医疗器械的来源主要有如下途径：
缴获。这是战争年代红军医药和医疗器械的主要来源。每逢战斗结束，部队打扫战场，都要注意清点缴获的药品及医疗器械，然后集中送到总医院。总政治部和总经理部专门通知各部队，提出收缴药品及医疗器械的要求。但数量较少，也不够系统。
购买。这是红军总医院系统获得医药及医疗器械的重要途径。当时红军通过地下交通线到敌占区采购物资的顺序是：指挥战斗所需的地图、电台、弹药，再就是医疗用品了。红四方面军总经理部和红四方面军总医院派人装扮成商人到敌占区的大城市购买，然后想方设法偷运回来。红四方面军与孙蔚如部达成互不侵犯协定后，武志平通过地下党建立的地下交通站成为重要采购运输通道。但由于敌人封锁严密，交通阻塞，数量有限。
自制。总医院医务人员自力更生，自己动手试制急需的药品和医疗器械，这是最主要的也是最重要的途径。
大巴山山高林密，中草药资源极为丰富，总经理部通过在川陕苏区广泛建立的经济公社和贫农合作社大量收购中草药原料回来自己加工。总医院也专门组织挖药队进山采集，同时自己种植桔梗、川芎、红花等常用中草药，医院医务科大量利用这些中草药疗伤治病。如用生半夏、生川芎、生草乌汁做麻醉药，用大小血藤、见肿消及嫩桐树枝捣碎敷创伤口。若遇沙子和碎骨取不出来时，就用蓖麻仁、倒提龙捣成糊状敷在伤口上，让沙子和碎骨自动流出来。