但要区别社会科学和自然科学的不同情况，更加细致，区别对待。特别是对于那些有重大成就的自然科学家和技术工作人员，除个别情节严重非划不可者外，应一律采取坚决保护过关的方针。
在反右派斗争中，对挂帅点火的，进行深入的揭露批判，对有较高科学成就的，不可轻易划为右派，必须划的，也应“斗而不狠”：对有的人，“谈而不斗”。
对于老右派，主要应该拿过社会主义这一关的政治标准来衡量，而不可简单地拿他们在民主革命阶段是否是右派来衡量；
对在日内瓦会议后争取回国的欧美留学生，一般要“不批不斗”。
显然，曾昭抡、钱伟长属于“个别情节特别严重非划不可者”，所以还是划为“右派”。
不过，由于中共中央有这一《指示》，所以相对来说，自然科学家中的“右派”少一些；即使划成“右派”，处分也轻一些。
后来，即便到了“文革”，毛泽东在制定中共中央《关于无产阶级文化大革命的决定》（即《十六条》），也专门规定了一条：
“对于有贡献的科学家和科学技术人员，应该加以保护。”
曾昭抡在被戴上“右派分子”的帽子之后，曾希望回到北京大学化学系，未能如愿。他到了武汉大学化学系工作。
他在“文革”中备受折磨，并没有因为他是科学家而得到保护。一九六七年十二月八日，他在极度困苦中离世，终年六十八岁。