应当恢复的应即采取适当步骤予以恢复，应当重视的就应重视起来。
《意见》还对“政府部门的负责人”提起“意见”来了：
在社会科学方面的另一偏向是往往把政策措施或政府法令当成客观规律。例如，有些财经上的重要政策问题，如果政府部门的负责人作过报告，学者们也就只能作些宣传解释工作，这样是不够妥当的。开国以来，在政法、财经等方面所采取的方针政策，基本上是正确的，但也不能说每一措施、每一阶段或每一环节都是毫无缺点的。我们认为应该鼓励社会科学研究工作者重视调查研究工作，根据实事求是的精神，对政府政策法令提供意见，政府部门应主动将有关资料尽量供给有关的社会科学研究工作者，并帮助他们制造研究工作的条件。只有这样，社会科学研究工作才能与实际相联系，才能克服目前理论落后于实际需要的状态。
这份由曾昭抡主持起草的《意见》，却在“反右派运动”中被打成“大毒草”！那罪名十分吓人，日“反社会主义的科学纲领”。
再加上那“六六六”事件，曾昭抡也就被打入另册了……
一九五七年七月十四日，中国科学院召开批判《意见》的大会，会议分别由院长郭沫若和副院长吴有训主持。一百多位科学家出席了会议。挨批的主角，乃是曾昭抡。
原本参加起草《意见》的千家驹先生，迫于形势，来了个“反戈一击”。他质问曾昭抡：
“搞科学体制问题是否有不可告人的动机？”
翌日的《人民日报》这样报导千家驹的发言：
“民盟‘科学规划问题’临时研究组是章罗联盟阴谋的一部分。但是怎么成立这小组的，他和童第周、华罗庚是不清楚的。曾昭抡平时对民盟的工作管得并不多，但是对这件事却非常热心。”
《人民日报》也报导了华罗庚的发言。华罗庚检讨说：
“我嗅觉十分不灵，犯了错误，对不起人民，要作为教训，今后下功夫学习马克思列宁主义，站稳立场，明辨是非。”
华罗庚还说：
“右派分子竟提出要‘保护科学家’的口号，是一种血口喷人的诬蔑。”
此外，千家驹、华罗庚、童第周还联名在《人民日报》上发表文章，题为《我们也被右派分子利用了一次》：
今年五月中旬，章伯钧、罗隆基没有经过民盟中常会讨论通过，就由少数人决定成立“高等学校党委制”、“科学规划”、“有职有权”、“长期共存，互相监督”四个工作组，其中科学规划小组指定由曾昭抡、千家驹、华罗庚、童第周、钱伟长五人负责。他们说，当时他们的政治警惕性不高，未怀疑其中有任何阴谋活动，就答应了。以后这个小组开过几次会，起草了一个《有关我国科学体制问题的几点意见》，而他们因事因病没有完全参加会议，特别是最后由费孝通（他不在五人小组之内）修改过的文件没有征求大家的意见就送走了。直到《光明日报》把这个文件发表以后，他们才知道其中有些问题的提法犯了原则性的错误。主要的错误有：要“恢复”和“重视”的话在原稿上是没有的，是有人最后加进去的；强调“人民内部在培养机会上应一视同仁，对于有培养前途的青年都应当平等地看待”，这好像说国家过去对培养新生力量不是一视同仁，或者不是平等地看待似的，这不符合事实；“保护科学家”的提法也不妥当，意思好像是说党和政府不保护科学家，这也不符合事实。
在那些日子里，曾昭抡过着“挨批——交代——再挨批——再交代”的苦难生活。
那位曾以《中国西北角》闻名的老记者、新华社总编辑范长江，用风趣的“公式”概括曾昭抡的“交代”：
头上一顶大帽子（反党反社会主义，犯罪），
脚下一双大鞋（从新做人，彻底改造），
拖一个小尾巴（还要继续交代），
肚子却很空虚。
曾昭抡在高压之下，不得不违心承认：他“实际上是章罗联盟中的一员大将，是他们的帮凶。”
曾昭抡被划为“极右分子”，他也就被撤消教育部副部长的职务。
一九五八年一月二十六日，中国民主同盟中央第十七次扩大会议决定撤消曾昭抡中央常委职务。
一九五八年一月三十一日，全国人民代表大会一届五次全会决定撤消曾昭抡的人大代表资格。
虽然曾昭抡要求“保护科学家”而受到批判，毛泽东对于曾昭抡的这一条意见倒是听进去了！
在毛泽东看来，搞建设，没有自然科学家不行。所以，对自然科学确实应该加以保护。
正因为这样，毛泽东在一九五七年九月八日，让中共中央发出《关于自然科学方面反右派斗争的指示》。
《指示》说：
科学界的高级知识分子，是资产阶级右派和我们夺取领导权的一个重要方面。因此，在科学界高级知识分子中间，必须认真严肃地开展反右派斗争，决不能有温情主义。