安司令部和留守部队召开政治工作会议，高岗在会上作政治报告，毛泽东到会作指示，要求在反摩擦斗争中，要坚持政治原则，实行灵活的政策和策略。11月，国民党的五中全会，进一步确定以“军事限共为主，政治限共为辅”的方针，企图进攻延安。国民党派中央军封锁边区。过去的一些摩擦规模小，有的通过协商谈判解决。在1939年冬至40年春，国民党九十七师在陇东对驻防的八路军形成包围势态，一六五师侵入八路军驻防庆阳之白马铺、赤城镇一带，实行军事压迫，支持旧政权和伪保安队有计划的在共产党、八路军驻防地区的活动，接着发动军事进攻。1939年12月，该师五七八团配合庆阳保安队突然袭击八路军驻宁县的二营，合水县县长率县保安队袭击八路军三五八旅直属队，配合进攻宁县，九十七师步兵炮兵千余人配合几县的保安队，围攻八路军驻镇原县城内的三营，进占县城，并公开宣布要进攻边区，消灭八路军。在环县等地，抢劫烧杀，增兵彬县、旬邑等县。随后又占了正宁、淳化县城，先后袭击占领了陕甘宁边区八路军驻防的五座县城。
边区军民在区党委领导和保安司令部、留守兵团的指挥下，对进犯的国民党军进行了还击。同时，为避免两军内耗，团结抗战，朱德、高岗等联名通电全国，抗议顽固派进攻陕甘宁边区，要求全国军政领袖主持公道，惩办肇事魁首，取缔反共邪说，制止反共军事行动，并且在边区四周布防了自卫军事力量，防御国民党军队大规模的进攻，命王震率三五九旅进驻绥德，赶走了反共“专家”何绍南。
国民党绥德行政督察专员兼绥德县长何绍南是一个制造反共摩擦的专家，反共的老手。纠集13个县保安中队企图袭击当地八路军，并肆意诬蔑三五九旅是同日军打仗败下阵的“溃军”。强令限制群众不给八路军三五九旅卖菜卖粮，不准给借房子住，妄图撵走三五九旅。王震旅长根据高岗的指示，深入发动群众，揭露何绍南在绥德编保甲，制造摩擦，欺压群众，私自倒贩大烟、白银、贪污公款数十万元的罪行。高岗、林伯渠、肖劲光致电国民党当局，控诉何绍南破坏统一战线，侵吞公、民粮款，在河防吃紧时擅离职守等罪行。要求惩办何绍南，并委任王震为专员，收回绥德、佳县、吴堡、米脂、清涧等五县行政隶属边区，以利保卫河防，何绍南感到无法立足，1940年春，带保安队狼狈溜走。
接着留守兵团和保安司令部致电西安驻天水行营主任程潜，要求令国民党陕西省政府立即撤销淳化、旬邑、延安、甘泉、延长、延川、清涧、吴堡、绥德、米脂、佳县、靖边、安定等13县的县长，如不撤退，边区将有权护送出境。随后，边区党委对“统战区”的旧政权人员根据不同情况，分别进行处理，对于多次制造摩擦的反共分子逮捕；对于一般的予以“放行”出境；对于主张抗日，维护统一战线的个别人热情接待或留用。从而，使边区结束了双重政权的局面，委任了自己的县长，建立了抗日民主政府，统一行政领导，进一步推进了抗日民主运动蓬勃发展，巩固了边区。国民党发动的第一次反共高潮被击破。
国民党政府把陕甘宁边区当作眼中钉肉中刺，作为它贯彻“必先安内”政策的重点，无时不在企图消灭、取消它。从第一次反共高潮开始，就到处修堡驻军，制造摩擦，军事进攻，阴谋破产后，仍不甘心失败，于1940年冬季至41年春发动了第二次反共高潮。胡宗南在西北配合南方国民党制造“皖南事变”，积极策动西北地区的反共活动，摩擦事件有增无减。在陕甘宁边区之西、南、北，三面修筑了长达几百里、内外纵深五道碉堡封锁线，以40万军队层层包围，断绝我边区与外界来往，不断进攻边区抗日根据地，进行武装挑衅，制造摩擦事件，把反共高潮推向了顶点。仅40年7月到10月，对边区发动了武装进攻20多起，抢劫、抓人、暗杀人70来起。边区留守兵团和保安司令部命令各部队进行英勇反击，打退了敌人在陇东、三边的多次进攻，赶跑了阎家寨、望宁堡的敌人，拔掉边区的钉子。1941年7、8月间，国民党认为十一旅反共不力，胡宗南令张廷芝、张廷祥兄弟俩将十一旅吃掉，就地扩入保安十三团和绥蒙游击师，配合陈长捷部何文鼎二十六师进驻三边，打开进攻延安的通道。张家父子兄弟，为消灭十一旅，重演三道川的“美人计”故伎，将张廷芝的养女张小芹(对外讲是亲闺女)，主动提亲许配刘保堂(十一旅长)的少爷，张廷芝约定一天以定亲和庆祝升师长为幌子，把十一旅在安边的各级头头都请到张家赴宴，其中有刘保堂、陈国宾、曹又参等20多人，张廷祥(保安十三团长)趁大家吃菜喝酒热闹非凡之机开枪打死刘保堂。枪响后，张事先部署的兵丁一齐出动，将十一旅的官员悉数绑起来，就地关押，并下令保安部队攻打城内的十一旅驻军，驻军群龙无首，士兵委员会自觉发起抵抗。
十一旅中共地下党员即派人快马加鞭到三边分区报告，分区请示西北局书记高岗即指示：警三旅全力协助十一旅救出曹又参等十一旅领导，趁势铲除张廷芝恶霸团伙。由于十一旅士兵委员会立即行动和三边