最大的困难是没有粮食。到后来，能吃的野菜也很难找到，贺炳炎所部作为后卫部队只得找些不知名的野菜充饥。为了避免中毒，贺炳炎一到宿营地，就和政委廖汉生一起到处找野菜品尝，证明没有毒，才向全师推广。一些野菜又苦又涩，少数战士吃不下去，贺炳炎就把野菜送到他们的嘴边，恳切地说：“我只有一只手，也要吃野菜，活着去见毛主席，到党中央报到。你们有两只手，更要活下去呀！”听了贺师长一席话，战士们流着热泪把野菜吞了下去。
后来，贺炳炎到延安见到了毛泽东。他举起左手向毛泽东行军礼，毛泽东连忙用右手握着他的左手，对他说：“你是独臂将军，免礼！”
1935年11月，红二、六军团开始长征，22岁的余秋里担任了红十八团政委。
1936年3月初，贺龙率领红二、六军团行进到贵州与云南交界的乌蒙山区。从俘虏口中得知国民党第十三师将经过得章坝后，贺龙、任弼时、关向应决定在得章坝截击敌十三师。余秋里接到贺总指挥的命令后，率领红十八团火速赶往得章坝设伏。3月12日，敌十三师大摇大摆地进了红军的埋伏圈，占据制高点的红十八团在余秋里等人的指挥下，发动了猛烈袭击，敌十三师措手不及，死伤累累。敌纵队司令兼十三师师长万耀煌吓得要命，忙乱中换上了士兵的衣服，带着几个士兵落荒而逃。敌人退到了一道山沟里，凭借着有利的地形负隅顽抗。红十八团团长成本兴为了确定进攻路线，直起身来观察敌方情况。在一旁的余秋里突然发现敌人举枪正要朝红军阵地射击，大喊了一声“危险！”便不顾一切地站起来，把成团长猛然推倒在地。成团长安然无事，余秋里的左臂却被射过来的一排子弹击中。余秋里简单地包扎一下，就带着战士们冲向沟底。
下午四五时，红二、六军团指挥部得知敌人援兵就要赶到，命令各部主动撤出战斗，由余秋里率领的红十八团担任掩护主力部队转移的任务。就在余秋里带领部队冲上山顶时，敌人一梭子机枪子弹打了过来，偏偏又打在他已经负伤的左臂上，他的衣衫顿时被鲜血染红。余秋里看了一下自己的伤口，发现打断的骨头白茬已穿出皮肉，有两根筋露在外面，微微颤动。他没有顾及伤口，继续指挥着战斗。机枪连的战士们看见余秋里负了重伤，不管三七二十一，硬是用梯子把余秋里抬了下来。在第二次包扎后，余秋里动动了手指，发现左手只有一根指头能活动，其他的四根指头已经不听使唤了。
余秋里当时不想截肢，他还想着保住左臂。这样的手术比截肢要复杂得多。但那一段时间，红军每天都要打仗和行军，动手术既没时间，又没条件。
有一天，原十八团团长、现五师师长贺炳炎专程来看望余秋里，他劝道：“老余呀，干脆把手锯掉算了，像我一样，当个‘一把手’，多省事。我现在不照样干革命，一点也不比别人差。”余秋里坚决不答应：“不能锯，我还要留着它干革命呢！”
贺龙、任弼时等人非常关心余秋里，给他准备了一副担架，送来了一件皮衣，还在一座天主教堂为他找来了一床鸭绒被。
过金沙江的时候，余秋里还处于昏迷状态，什么时候战友们把他抬上了竹筏他全然不知。渡到江中时，他乘的筏子突然翻了，把他掀到水里，那条盖在身上的鸭绒被在关键时候起了作用，让他浮在水面上，减缓了下沉的速度，战友们得以及时把他救上了岸。
在中甸地区的格罗湾，部队终于得到了休整的机会，贺龙、任弼时特地指示卫生部长：利用这段宝贵时间，好好治一治余秋里的伤。但得到的回答是：“部队过金沙江时，不慎将医疗器械全掉进江里，现在已无法做手术了。”
1936年7月，红二、四方面军在甘孜会师。此时的余秋里，身体已经十分虚弱，满肚子的蛔虫，吃了大量打虫药后，下泻、口吐的都是蛔虫。他的左臂更加疼痛了，红二方面军医生拆掉了臂上的绷带，只见整条臂膀已发黑萎缩，伤口上爬满了白蛆。由于无药，医生只得重新换上新绷带，让他躺在担架上，抬着继续前进。
过草地时，战友们抢着给余秋里抬担架，把好的路留给他。余秋里于心不忍，他知道战友们的身体都很虚弱，为了少给战友们添麻烦，他尽量多走路，少坐担架。可以说，有一半的长征路，余秋里是走过来的。为了应付难耐的疼痛，在没有止痛药的情况下，他专门准备了一个水壶，平时里面装满水，疼痛厉害时，就把水壶里的凉水浇在伤口上，浇在两根突出的断筋上。余秋里觉得这是最好的“止痛药”。钢铁般的意志和特殊的“止痛药”帮助余秋里走出了茫茫草地。
1936年9月，红二方面军到达甘肃南部的徽县，从敌三十七军缴获了一批医疗器械。军医检查了余秋里的伤势，发现他的左手五指已肿胀坏死，如不及时进行截肢就会危及生命。军医立即开始给余秋里做手术。手术器械除止血钳是缴获的外，刀是从老百姓那里借来的剃头刀，锯子是伐木用的普通钢条锯。军医先用缴获的镇痛剂给余秋里注射，由于不知道药的使用剂量，一针打下去，余秋里就进入了