会议讨论发言结束后，周恩来作结论。他综合大家的意见，简明扼要地讲了两点：一、战争性质，现方针当然是进攻的。我们过去在路上讨论过战争性质问题，那时是无后方的运动战，现在不同，是转入反攻，建立根据地，进到大的地区须与敌战斗。二、在甘肃南部更便利消灭敌人。对胡宗南一般求在野战中消灭他，有可能时就在工事中消灭他，也有可能他在堡垒中，我们不易打他，但并不是不消灭他我们就不能前进。当然他会尾追、切断我，我可用隐蔽、高度机动来处理变化的情况。
根据两河口会议精神，中共中央政治局于六月二十八日发出《关于一、四方面军会合后战略方针的决定》。主要内容有五点：“一、在一、四方面军会合后，我们战略方针是集中主力向北进攻，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地，使中国苏维埃运动放在更固巩更广大的基础上，以争取中国西北各省以至全中国的胜利。二、为了实现这一战略，在战役上必须首先集中火力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利的向甘南前进。三、必须派出一个支队，向洮河夏河活动，控制这一地带，使我们能够背靠甘、青、新宁四省的广大地区，有利地向东发展。四、大小金川流域，在军事、政治、经济上均不利于红军的活运与发展，但必须留下小部分力量发展游击战争，使这一地区变为川陕甘苏区之一部。五、为了实现这一战略方针，必须坚决反对避免战争退却逃跑以及保守偷安停止不动倾向，这些右倾机会主义的动摇是目前创造新苏区的斗争中的主要危险。”
为贯彻两河口会议精神和中央政治局的决定，周恩来负责制定的《关于进攻胡（宗南）敌的战役部署》，也于六月二十八日以军委的名义发布。次日，又发布了松潘战役计划，确定红一、四方面军根据两河口会议通过的战略方计，以运动战为消灭敌军的手段，北取甘南为根据地，以达到赤化川陕甘的目的。两个方面军混合编成左、中、右三路军向松潘及其西北地区前进。左路军司令员林彪，副司令员彭德怀，政委聂荣臻，副政委杨尚昆，共十六个团，经卓克基、大藏寺、葛曲河、色既坝，向两河口前进；中路军司令员兼政委徐向前，共十个团，经马塘、壤口、墨洼、洞垭向黄胜关前进。这两路从两河口、黄胜关迂回攻击松潘地区之敌，予以消灭，并先机切断平武、南坪东援之敌的来路，和取得北上甘南的道路。右路军以陈昌浩为司令员，率十二个团经黑水、芦花向松潘前进。王树声率八个团在岷江东岸，何畏率四个团在懋功、两河口、抚边箝制敌人。派一个团到阿坝，侦察并征集粮食。周纯全在卓克基负责后方事务。中央军委随中路军行动。
蒋介石估计红一、四方面军会合后，可能入西康、青海或北上陕甘，同时也防红军向东。因此，他调整战略部署，集结川军主力刘湘、孙震、李家钰等部约九十个团以上，固守江油、汶川地带。以胡宗南所部二十七个团固守甘肃文县和四川松潘、平武、江油地区，伺机向红军进攻。以杨森、邓锡侯所部约五十个团，由宝兴、大川、牛头山地段向红军方向筑垒推进，以刘文辉、李抱冰部约十五个团在康定、丹巴、泸定地域筑垒并扼守大渡河右岸。以薜岳部向绵阳集中；郭勋祺部集结新津，均策应岷江东岸。万跃煌留靖溪、雅州筑垒。同时，于学忠调任川陕甘“剿匪”总司令。蒋介石这一部署，其企图在阻红军入甘南下岷江东岸，并防堵红军复渡大渡河，想利用川北广大草原以封锁和困饿红军。如果发现红军进攻松潘与向甘南发展时，胡宗南部将首先向南坪、松潘集中兵力以扼阻与截击红军。川军和薜岳部将以主力出剑门、昭化、广元，一部出碧口、文县沿陕甘南侧击红军，以配合由潼关、汉中、西安西进各中和甘青五马各部，与红军作战。
为解决统一军事指挥问题，中共中央于两河口会议后的第三天即召开常委会议，讨论调整军委领导成员问题。参加会议的有：洛甫、周恩来、毛泽东、张国焘、博古、王稼祥。会议决定增加张国焘为军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员。这样，扩大了军委领导，解决了一、四方面军会合后的统一军事指挥问题。