问题，使他无法不正视它们。他一方面紧张地组织计委和各部门反复测算，研究措施，布置落实，一方面响应毛主席的读书号召，抓紧时间，学习政治经济学等著作。他想认真清理一下自己的思想，把实际问题、认识问题和理论问题联系起来，使自己减少片面性、盲目性。他认为：“大跃进形势下，出现了许多新问题，要很好地从中总结汲取经验和教训。我们计委是综合机关，有责任也有可能敏感地认识这些经验和教训。”他总觉得综合平衡工作没搞好，指标不落实，计委有责任。为什么会这样？问题在哪里？他想进一步搞清，试图解决这些问题。他一边学习，一边写下一些心得，逐渐积累，整理出大致30多个问题。这些问题都是从当时的实际状况出发，有明确的针对性的。从这些题目里，可以看到他当时思考的深度和广度。这些题目有：
1．主观与客观；
2．虚与实；
3．自由与必然；
4．冷与热；
5．指标与总路线；
6．鼓劲与困难；
7．洋与土；
8．群众路线与集中领导；
9．人与物；
10．高与低，上马与下马；
11．可能与现实；
12.多快与好省；
13．条件与唯条件和无条件；
14．大中小；
15．速度与比例；
16．需要与可能；
17．直线与波浪式；
18.平衡与不平衡；
19．数量与品种（质量）；
20．重点与一般；
21.挖潜与留有余地；
22．政治与经济；
23．保守与过头；
24．总结经验与阴暗面；
25．综合平衡与群众路线；
26.破除迷信，解放思想；
27．积极与可靠；
28．先进与现实；
29．反冒进与积蓄力量；
30．积极性与盲目性。
经过对一系列问题的学习和思考，他觉得心里比较踏实了一些。他认为不仅仅是他需要搞清楚这些问题，更多的人，特别是搞经济工作的人，包括领导者，都应该回答这些问题。而正确解决这些问题，才能更好地贯彻总路线，把我国社会主义建设搞得更好。
学习过程中，虽然对一些基本问题的认识更系统、更深刻了，但实际工作中的具体困难并没有因此而解决。在同各部门反复多次地交换意见、平衡各种条件的基础上，越来越明确地发现1959年搞2000万吨钢仍然是不行的。即使考虑其中有200万吨是土钢，内部搞1800万吨钢的指标，也是行不通的。不仅如此，更重要的是要引起国民经济各部门的更加失调，直接影响财政和人民生活，会出大的问题。1959年4月，中央在上海召开会议。书记处事先交待会上不谈计划，计委也就没有把文件带去。
会上，毛泽东主席讲了一个17条，主要是讲思想认识和工作方法，批评了国家计委、经委的工作。讲到工作要多谋善断，不能武断；偏听则暗，兼听则明（指与多方商量）；四时八节，强迫签字（意指多数意见就做决定），平时不下毛毛雨；搞了多少年工业，还不知要合金钢管（指品种、规格配套）……。
会议期间，研究到经济形势，不能回避的指标问题又出现了。在李富春、薄一波主持、有各工业部门部长参加的会议上，各部基本上都还是站在高指标上要东西，互相将军，谁也不愿把完不成原订指标的责任算到自己账上，谁也不愿当“促退派”，把修改指标的责任揽在自己和自己部门的身上，谁也不愿犯政治错误。于是，问题变得更复杂难办，计划工作被逼到无所措手足的地步。比如，冶金部门说：钢指标我能完得成，要有煤炭和设备的保证；煤炭部门说：煤炭产量我能上去，你得给我足够的电溜子；机械部门则说：设备和电溜子我有能力生产出来，你要及时供应必需的钢材……。在这一环扣一环的链条中，从哪里入手呢？有本事解开吗？谁来统筹兼顾去综合平衡呢？计委要平衡，平衡的结果是指标要下降，那么，计委就是“算账派”，“促退派”，就要承担降低指标的责任。贾拓夫在会上说：“冶金部还应考虑内部的平衡适应不适应，比如矿石的问题怎么解决？”冶金部的负责人立即站起来说：“冶金内部的问题，不用你管。”计委的工作确实难办啊！现在讲起来，似乎觉得不可理解。但是，当年的实际情况就是如此，就是这么一种气氛。我们又能够责备谁呢？
那时，贾拓夫仍然是持谨慎态度，或者说仍然在“牛角尖”里。他认为，即使搞1800万吨（钢）的指标，也是有问题的。他还是让安志文、廖季立等人再研究，综合考虑，到底能搞到多少？他们反复开会研究，拿出一个1650万吨（钢）的方案。毛泽东说：“要研究一下1650万吨。”贾拓夫对1650万吨（钢）还有疑虑