行和北京市国资委，这一转让显然难逃“自买自卖”的嫌疑。债权银行认为华润有转移优良资产的企图，担心华润将华源的优质资产转移，剥离债务包袱，最后宣告华源破产等，这意味着债权银行将承受巨大损失。
自此，华润集团与债权银行的关系明显恶化，“官司”打到银监会。
2007年1月29日，由银监会领导牵头，18家银行负责人齐聚北京，成立了华源集团债权人委员会。其中工行、中行、农行、上海银行、浦发银行等六家为委员会主要委员。会议决定由工商东亚拟定对华源集团近260亿元债务的重组方案。同时规定，华源所有的重组、拍卖涉及的债务问题都要通过全体债委会成员的同意，如果有一家银行不签字，重组就不能进行。
从此，华润事实上退位，华源重组进入了债委会主导的阶段。
上药回家
尽管华源出现危机，华源持有的上药集团股权被冻结，但是上药集团却一直保持强势，在上海国资委的支持下继续完成自身的产业整合。
2005年上药集团开始吞食中西药业（股票代码：600842）。
4月15日，上药集团以现金方式受让谦益投资持有的中西药业法人股2732.5万股，占总股本的12.67%。8月18日，上药集团以现金方式受让汇缘投资持有的中西药业法人股2000万股，占本公司总股本的9.28%。
10月14日，上药集团以现金方式受让天赐福持有的中西药业法人股1256万股，占总股本的5.83%。同日，上药集团与华谊集团签署了《关于划转中西药业26.41%国家股股权的协议》，通过划转方式，华谊集团将中西药业国家股5694万股划转给上药集团。
上述股权转让和划转完成后，上药集团将直接持有中西药业54.19%股份，加上关联子公司，合计55.61%，超过了30%。因此，上药集团需要向中国证监会申请豁免全面要约收购义务。
2006年1月9日，证监会批复，同意豁免上药集团的要约收购义务。上药集团成功收编了一家上市公司。
华润接管华源后，一直垂青上药集团的控股权。
2007年8月初，华润集团董事阎飚曾与上海市国资委进行协商，明确提出进一步增持上药集团，由华润向其派遣董事长和党委书记，但是上海市国资委希望华润先还清此前华源拖欠上海方面的款项再谈增持。
后来，华润与上海方面达成协议，债权银行先行解冻华源持有的上海医疗器械集团的股权，然后华润偿还华源拖欠的8亿元收购款。但华润拿到上海医疗控股权后，并没有如约支付华源的欠款。上海方面非常恼火，在上药集团控股权问题上不愿再与华润谈判。
2008年4月，华润与上药集团矛盾公开化。
上海医药2007年年报多处指出：上海医药2007年净利润下降了3.54%，主要原因是华源长富会计违规，这是央企重组引发的问题，上市公司目前还无法改变这一事实，但是公司会积极采取各种措施来维护上市公司利益。负责审计的立信会计所也对此情况出具保留意见。
华源长富大股东为华源集团，上海医药参股24.13%。华源长富07年未经审计的净利润为-1.77亿元，主要原因是把华源关联方的债权全额计提归零。
华源长富连续两年大幅计提，让人感觉一方面华润有抽逃资金的嫌疑，另一方面也是压低上药集团的价格，便于将来收购。
上海医药不仅把矛盾上报证监会，而且通过上药集团向与上海市国资委书面报告，上海市国资委火了。
2008年7月2日，上海医药、中西医药发布公告：上海市国资委于决定将上海工投集团、上海华谊集团分别持有的上药集团各30%国有股权无偿划转给上海上实集团。
这次股权变动表面上看来，只是上海市国资委把上药集团的股权在旗下的国有独资公司之间“倒了一下手”，但其背后的意图十分明显，即借上实集团的手收回了对上药集团的控制权。
上药回家了，华润丢掉了一个大美人。
北药悬疑
华润入主华源，最看重的就是华源南北两大医药平台。事实上，这两块股权资产也是华源最为优质的资产。
和上药集团一样，北药集团也没有受到华源危机的影响，2006年公司销售收入为174亿元，在中国医药企业中名列第三，2007年销售收入204.5亿元。
华源重组北药时，北京市政府表示，先给华源集团50%的股权，如果华源进来后达到北京市政府的经营目标，再给华源集团20%的股权，从而让其拥有70%的股权，达到绝对控股。
尽管华润通过自买自卖拥有了北药集团50%的股权，但是北药集团的控制权仍在北京市国资委手里。华润一直希望增持20%的股权，可谈判一直没有成功。
北京市国资委原本就有收回北药的想法，北