拜范景云、孙元化、阮大铖、方孔炤、杨畏知五人为上书房大臣，负责参理政务。
而上书房下面对着的院和府并不是六部，其级别相当于一般的参政和知府，四品左右。
目前一共设立了三院三府三局，包括：
枢政院（负责人事、机要），主院参事是方以智；督政院，主院参事是张煌言；文教院，主院参事是陈贞慧；军务府参政陈子龙；刑名府参政宋征舆；工务府参政黄宗羲。军器局总监戴佑宗；驿路局总监逯恒远；辎重局总监顾炎武。
逯恒祥、黄宗羲、顾宗武、宋小齐、宋小安、黄宗炎则分别调任中南、广西、广东、云南、新华、贵州六省布政使。
瞿式耜调任两广巡抚、陈子壮调任云贵巡抚、至于四川总督，由萧严兼任。
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