黄金，导致岩壁中空，在海水潮起潮落冲击下，已经摇摇欲坠。柯南他们的到来，阶梯又崩溃了，这都加速了洞穴山壁的最后坍陷。
当天，从警视厅回去后，千钧照样将金块取出来，分成3份存放，因为鸡蛋最好不要放在一个篮子里。一份放在千钧宅花园的地下空间中，另一份放到秘密基地的森林之下，剩下的那份交给藤野先生作为储备金放入公司的保密金库中，几乎所有的大公司都有储备金，因为日元贬值是很厉害的。正如mks所说，金银天然不是货币，但货币天然是金银。当然，前2个储存地方，只有千钧自己知道，千钧都加了各种自然能量保护，只要有人侵入，下场会非常凄惨的。藤野先生的金库那边，也有非常安全的各种设置，外人几乎不可能侵入，除非是鲁邦三世和怪盗基德这样的超级高手，当然，千钧在里面也做了些手脚，就算他们两个进入公司金库，也够他们喝一壶的。
尾声，木下五郎为了黄金残忍杀害浜田幸二嫁祸给毛利小五郎、杀害上原康夫，意图杀死柯南和三上铃灭口，并挪用敷岛公款，被法庭判处30年徒刑，恐怕要在监狱中度过余生了。浜田幸二杀害昔日船主船员、水军教授等人，罪行重大，但因为人已经死亡，法庭不再追究。千钧抓获木下五郎，查明了案件的真相，警视厅给以a级奖励。毛利小五郎非常恼火，因为风头被千钧给抢走了。
警视厅在公布幽灵船案件的同时，还向媒体公布了7年前幽灵船失踪之谜，5年前水军教授消失之谜，这2案的结果，引起了巨大的轰动。那些遇难的水军教授和学生们的家人，频频向政府抗议，不断举行示威游行。媒体也指责政府在事件发生后，毫无作为，只是将这些人列为失踪人口。政府承受了很大压力，最后不得已赔偿了那些遇难者家属大批的抚恤金，事情才算结束。