南充）、充国（治今四川南部县）、宕渠等11县。
汉和帝时（89――105年），增置宣汉（治今四川达州市），汉昌（治今四川巴中市）等3县。
东汉兴平元年（194年），益州牧刘璋将巴郡一分为三：垫江以北为巴郡，江州至临江（今重庆忠县）为永宁郡、朐忍（治今重庆云阳县）至鱼复（治今重庆奉节县）为固陵郡。
建安六年（201年），永宁郡复称巴郡，郡治江州县。南齐移治今重庆巴南区。
蜀郡
成都附近原为古蜀国所辖。西元前四世纪，古蜀国国王开明五世（另一说法为开明九世）将首都从广都樊乡（今双流县）迁至成都。
秦惠王时，蜀王封于汉中的苴侯与巴国交好，而蜀国又与巴国交恶，此举引起蜀王不悦。《正义华阳国志》记载：“昔蜀王封其弟于汉中，号曰苴侯，因命之邑曰葭萌。苴侯与巴王为好，巴与蜀为仇，故蜀王怒，伐苴。苴奔巴，求救于秦。秦遣张仪从子午道伐蜀。”秦惠王于西元前316年灭蜀。秦惠王也灭了苴与巴。
秦国于西元前316年在成都设成都县。蜀国刚被秦国并吞时并不平静。周赧王元年（西元前314年），秦惠王封子通国为蜀侯，以陈壮（一作陈庄）为相，所治范围在今四川旧成都龙安潼川雅州四府、邛州及保宁府之剑阁以西皆其地，即古蜀国，治今之成都县。周赧王四年（西元前311年）（一作六年（西元前309年）），陈壮反，杀蜀侯，秦又伐蜀。秦又封了两任蜀侯，但都与秦王相处不好。西元前277年，秦国置蜀郡，设郡守，成都为蜀郡治所。