其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。
后来团藏同砂隐村、晓组织、宇智波一族，一起发动了对木叶的政变。事情进行的很顺利，三代目火影猿飞日斩，也是被大蛇丸杀死。
然而，千叶的出现，让他的计划完全落空。木叶的政变也是失败，他也是被杀死。
团藏在死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。”
“伊邪那岐！”
然而，这一切并非无法挽回。
团藏的身体，也是被药师兜改造过。用大蛇丸的实验室中，一些柱间细胞，和白绝的身体，直接改造了团藏的秽土转生之体。
不仅，让他可以使用木遁忍术，甚至可以让他使出伊邪纳岐。
那是，宇智波一族政变后，的实验素材，被大蛇丸和药师兜用来研究的。药师兜也是把三个实验完毕后的写轮眼移植到了团藏的身体上。