还在这次“三省联合大讨伐”期间，在“讨伐”地区加紧进行一系列所谓“治本”和“思想工作”，实施一系列反动政策和措施。主要内容有以下几个方面：
第一，加紧推行所谓“匪民分离”政策。一是进一步强化保甲连坐制度，如发现一人“通匪”，则全家斩首，邻里之人也均要被处以罚金。为了鼓励邻里之间互相监视，又规定如果事先告发与抗日联军有联系的人，则可以减免罚金。二是进一步强化“集团部落”政策，继续在伪通化、吉林、间岛等省增建“集团部落”，加强其防卫设施。此外，日伪还于1939年6月，由伪治安部派出50余名指纹管理技术人员到“讨伐”地区，协助办理发放按有指纹的居民证，以便在“讨伐”中随时检查民众，防止抗日武装人员藏匿在民众之中。
第二，对抗日联军加紧经济封锁，断绝粮道。日伪除在全伪满对粮食供应实行统制，不准交易外，在“讨伐”区内，还对粮食与生活必需品实行专卖配给制，每次配给居民的粮食等物，仅够居民用两三天的，以此来防止抗联人员从民众中得到粮食和生活用品。1939年和1940年两年间，每年从8月中旬至10月初，都强迫“讨伐”区的农民不等庄稼成熟就提前收割，然后把收割完的庄稼，集中运到指定地点由军警看守，以防止粮食流入到抗联人员手中。
第三，加紧整修警备道路、警备通信设施。在一年半大“讨伐”期间，日伪当局在伪通化、吉林、间岛三省新增修警备道路20余条，其中伪吉林省修筑了十余条，新修警备道路70公里，补修警备道路260公里，新架警备电话线100公里，修理电线500公里。伪通化省延长警备道路312公里。
第四，不准民众在铁路、公路两旁种植高粱等作物，不准农民在山坡谷地开荒种地。还砍伐掉铁路、公路两侧50米以内的树木。如在伪吉林省，砍伐道路两侧50米以内的树木即达200公里。同时铁路警护队加紧在铁路沿线和火车上对旅客及行人进行盘查。
第五，烧毁抗联部队栖身的山寨、房屋。据资料记载，自1939年10月至1940年末，日伪军警在“三省联合大讨伐”中，共捣毁山寨2085个。1939年10月至1940年4月，伪吉林省“讨伐”队在敦化、桦甸、蛟河、安图、漾江等5县共烧毁山间房屋230栋。
第六，利用宪兵工作班、警察特搜班等组织，在“讨伐”区域大肆搜集情报，进行诱降活动。其诱降方法除直接对抗联人员进行政治诱降、思想瓦解外，还威胁利诱抗联人员中的变节投降分子，或通过抗联人员的亲属进行劝降活动。对已降敌的人员，则被编成警察队、特设队、特别工作班，利用他们对抗联熟悉的特点，讨伐抗联部队，破坏抗联的密营、山寨，捕杀抗联领导骨干。
第七，进行所谓的“思想讨伐”和“文化讨伐”。从1940年3月开始，野副讨伐司令部每隔半个月，都要在吉林市召开一次会议，有讨伐司令部参谋、宪兵、警察等部部长参加，专门研究从文化思想方面如何镇压东北抗联的措施。还派出大批伪协和会人员和伪行政人员，在“讨伐”地区各地组成“宣抚班”，构成“宣抚网”，对抗日军民大肆进行“宣抚活动”。同时还向“讨伐”区域大量散发反共传单和色情照片、淫秽书刊，以期对抗联人员进行思想腐蚀和精神打击。为了策动抗联内部的分化，捕杀抗联高级将领，1939年4月伪治安部还制定了捕杀抗联及抗日军高中级干部的赏金规定，其中规定杀害抗联军长者赏金1万元，杀害师长赏金5000元，杀害团长、参谋长赏金2000元，其他人赏金1000元或酌情给以奖励。