司令官指挥，其余部队于12月上旬均撤回广东。12月11日，根据大本营的命令，军司令官兼香港总督，军参谋长兼香港总督部参谋长。同日，大本营命令香港防卫队编入第6方面军战斗序列，并配属第23军。
经过上述变动，至1944年12月，第25军辖第22、104师团，独立混成第19、22、23旅团，独立步兵第8、第13旅团，香港防卫队（配属）。
4、第13军。
第13军自编成以来一直在江苏、浙江、安徽等省担负警备任务。为进行打通大陆交通线的作战，大本营于1944年2月将该军所辖的第116师团调归第11军；将第22师团调归第23军。3月31日，大本营又将第64师团调归中国派遣军直辖（第64师团于7月25日正式编入第11军战斗序列）。为了弥补第13军兵力的不足，大本营于1月下旬和2月下旬先后将新编成的独立步兵第6旅团，第4、第11野战补充队编入第13军战斗序列。5月下旬，第11野战补充队派出大部兵力组成岩本支队参加打通湘桂线作战，并归第11军指挥，第11野战补充队仅余1个大队的兵力。到1944年12月止，第13军战斗序列如下：
司令官永津佐比重中将（原司令官下村定于1944年3月调任西部军司令官，11月又任华北方面军司令官），参谋长山本敏少将（1944年11月22日任职）。司令部设上海，下辖第60、61、65、70师团，独立步兵第6旅团，第4、11野战补充队。
5、第5航空军的编成。
1944午3月10日大本营命令将第3飞行师团司令部改编为第5航空军司令部。15日，大本营下达第5航空军司令部战斗序列，并将其编入中国派遣军属下。按照这次编成的命令，第5航空军司令官下山琢磨中将、参谋长桥本秀信少将。下辖第1飞行团团长小林孝知大佐、第2飞行团团长林三郎大佐。为增加中国战场的空军力量，1944年6月26日，大本营又将第8飞行团司令部从新几内亚调入中国。8月17日，又从国内增派飞行第22、60战队，从台湾派飞行第29战队等进驻中国。至1945年3月，第5航空军的战斗序列如下：
第5航空军司令官下山琢磨中将，参谋长中西良介少将（原参谋长桥本秀信少将于1944年10月2日调任南方军第9师团长），司令部设南京。