，两宫太后已经埋下了伏笔，安排下了西太后妹夫醇郡王奕譞这个“自己人”与肃顺等共同扶灵。对于这个安排，八大臣也提不出什么反对意见，因为醇郡王既非明显的奕派，更是咸丰帝的亲弟弟。
在带着小皇帝先期返京的时候，西太后聪明地决定不辞辛苦日夜赶路，只花了五天时间就赶回了北京，两宫太后中途甚至还在京郊石槽与恭亲王秘密会见过一次，议定了返京后的章程。
九月二十九日午时（11月1日12时），两宫太后的轿子到达北京德胜门。一顶轿子是东太后带着小皇帝，一顶轿子是西太后。按照筹划好的算盘，恭亲王奕带着大群王公官员前来迎接，两宫太后虽然疲倦却并不急于返回皇宫（一进宫门要见大臣就不太容易了），而是当场就由两宫太后公开向众人控诉八大臣凌辱孤儿寡母的行径。在奕派和两宫太后的配合下，很容易就使众人群情激奋，公誓要与八大臣势不两立。
与此同时，清王朝的各路军将也纳入了奕派拉拢的范围内。其中尤其以三人为主：首当其冲的是兵部侍郎胜保，陪肃顺等人一起护送咸丰帝灵柩返京的两万余名护卫兵士，几乎都是胜保的直系。胜保原本可能成为八大臣的羽翼，然而八大臣却因小失大，只因为可能不知内情的胜保想向小皇帝和皇太后上请安折子，八大臣就异常敏感地给了胜保一个下马威，并且拿他当鸡杀给猴儿看，大骂了一顿还要写认罪书，反倒把胜保生生地逼进了奕派里。其次是实力最强的曾国藩，他当时以兵部尚书衔兼两江总督，并以钦差大臣督办江南军务。肃顺曾经派自己的汉官亲信王恺运赶往祁门大营，向正与太平天国作战的曾国藩示好请盟。做为有志光大儒学的汉官，曾国藩异常反感太后理政；然而做为官场战场老姜，他却聪明地采取了坐山观虎斗的两不相帮策略。最后一位重要将领是蒙古王爷僧格林沁。这位就更不用说了，本是一个没落子弟，却被道光帝选为王爷过继子而平步青云，又是扶保咸丰帝的顾命大臣，满心满眼就只知“皇帝”二字，根本就不买八大臣的帐。
九月三十日（11月2日），两道奏章同时送到两宫太后的手里。一道出自文臣之手，由大学士贾桢与周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光联名，一道出自武将之手，作者正是直系兵马护送咸丰帝灵柩的胜保。两道奏章的内容大同小异，都是请求两宫太后垂帘听政并以近支亲王辅政的。
武将与文官都倒向了两宫太后与小皇帝，八大臣的结果可想而知。
然而，自认为在咸丰帝遗诏在手并且已制服两宫太后“女流之辈”的八大臣们自己，却对发生在不远处的一切都茫然无知。
就在两道奏章送达的当天，两宫太后急召众臣会议。辅政八大臣中已先期到达北京的载垣、端华也同时进宫。两人一见太后们竟敢召见八大臣的政敌臣子，顿时习惯成自然地当场向太后发作。结果正好被当众抓住把柄，被以大逆不道罪名抓了起来。随即两宫太后又以小皇帝的名义颁发了一道密旨给正在护送灵柩路上（密云县）的睿亲王仁寿、醇郡王奕譞，让他们立即抓拿肃顺等人。
九月三十日夜，仁寿和奕譞等到肃顺带着两个小妾安寝之后，立即带着大队人马破门而入，将肃顺当场活捉。并且顺理成章地给他加了一项“大孝期间违制寻欢”的罪名。被抓了个现行的肃顺自知死到临头，不禁破口大骂：“悔不该早治此婢（指叶赫那拉氏）！”然而再骂也没有用，他再没有翻盘的机会了。
辅政大臣被捉，毕竟是一件大事，何况他们也多年经营自成帮派。两宫太后和奕担心夜长梦多，仅仅过了六天，处理结果就出来了：载垣端华自尽，肃顺处斩。
这场政变，两宫太后和恭亲王奕取得了胜利。十月初九（11月11日），六岁的小皇帝载淳于太和殿登基，八大臣定下的“祺祥”年号被废除，“同治”年号诞生。两宫太后则得到了垂帘听政的权力。至于恭亲王奕更是炙手可热，同时兼任议政王、首席军机大臣、宗人府宗令（爱新觉罗氏族长）。奕的亲信大学士桂良（奕老丈人）、户部尚书沈光霖、户部右侍郎宝鋆同时兼任军机处大臣，鸿胪寺少卿曹毓瑛则成为军机大臣上行走。就连奕年仅六岁的女儿，都于当年十二月被西太后收为养女，封为“荣寿固伦公主”，享受皇后嫡女的待遇。
然而，两宫太后、尤其是西太后，并没有忘记奕是自己丈夫咸丰帝的最大政敌。在为了眼前政治利益厚待奕派的同时，精明并富于政治眼光的西太后已经在预防奕有朝一日成为“肃顺第二”的可能，开始为自己收服人心。肃顺等三人死后，在奕主持的王大臣会议上，辅政八大臣所剩下的五个：景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛原本是被议定为“革职发配新疆”的，这个议案却没能过得了西太后的关。她免去了此五人发配新疆的处分。除此之外，她也没有大搞株连，连内宫中原本帮着八大臣欺负寡妇太后的太监，她也只处分了十余人，还将肃顺等人家中抄得的书信及帐薄统统“公开焚毁，毋庸呈览”，为两宫太后赢得了“恩泽惠下”的名声，轻易地得到了众王公大臣对太后垂帘的心服口服，并迅速