民，自有上天降灾于他，您何必动用刑罚？”朱元璋这才悻悻然地改判沈秀流放云南。
朱元璋又下令犯罪的囚徒筑城，马皇后说：“赎罪罚役，国家至恩。但疲囚加役，恐仍不免死亡。”认为犯人已经疲惫不堪，若再服苦役只怕不免丧命。朱元璋听从了劝告，赦免了众犯人。
凡此种种，都说明了一个事实：当朱元璋以极端的方式大火力猛治家国的时候，人们只有在马皇后这里，才能找到一丝安慰，看到一些指望。
可惜的是，马皇后不是神仙，她也是一个生死病死的普通人。
洪武十八年（公元1385），马皇后卧病。八月，皇后的病情逐渐变重，群臣都请求广觅良医。而朱元璋的情绪也随着妻子的病情起伏不定，他对着各处召来的名医大发雷霆：“如果救不了皇后，我就要你们的命！”
病榻上的马皇后听说了这个消息后劝说朱元璋：“人生在世，生死有命，祷祀又有何用？至于医生，也救不了命数当死之人！何必为我而罪连诸医？”朱元璋虽然应允了妻子，但是对丈夫的冲暴性子非常了解的马皇后却仍然从此拒绝服药，坚决不给丈夫在自己死后杀戮群医的理由。
妻子不肯服药，朱元璋虽然贵为皇帝也没有办法。很快，马皇后的病情急转直下，终于到了弥留的时刻。马皇后临终时，朱元璋守在妻子的身边，问她还有什么话要说吗？马皇后说：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”就在八月丙戌这一天，五十一岁的马皇后离开了人世。九月入葬孝陵，谥“孝慈皇后”。
对于患难与共的妻子如此撒手，朱元璋十分悲痛，他不止一次当众恸哭。虽然他正在盛年，后宫又有许多嫔妃，但他从此再没有继立皇后。在他心目中，世上再没有其它女人配得上享有马秀英的地位。
对于后宫的女人孩子们来说，失去这样一位慈爱善良的皇后就更是无可挽回的损失，从此再没有人能够在易怒好杀的老皇帝面前保护他们，也再没有人能够那样真正发自内心地关爱他们了。宫人们做歌以寄托难抑的思念，歌曰：“我后圣慈，化行家邦。抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。”
也许是始终难忘夫妻之情，当十年后皇太孙朱允炆长大成人的时候，朱元璋为继承人选定的嫡妃是光禄少卿马全的女儿。在老皇帝的心目里，孙儿象自己一样娶姓马的女子为妻，应该是一件很值得安慰的事情。
永乐元年（公元1403），明成祖朱棣追尊母亲为“孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”，嘉靖十七年（公元1538），明世宗朱厚骢再次追尊马秀英为“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”。
史书多称马皇后为“千古贤后”，这样的称谓固然恰当，可是同时也多少让人觉得不是滋味。对于马氏来说，用这样的称谓恐怕既不合她的本意，而且扯上了权力意味，反而对她的品德是一种污渎。如果一定要说，那么马氏就是一个再典型不过的中国女人。看起来似乎柔弱，实际却无比坚韧，平时柔顺无争，面对人世的一切风云变幻时却有无比的勇气充分的智慧明智的判断，能够承担许多大男人都畏葸不前的艰难困苦。最典型的中国女人还往往拥有最难能可贵的善良，即使自己都吃不饱，也要省出口粮怜惜丈夫养活儿女接济别人。而马氏就是这样的一个女人。而她最与众不同的还有一点，正是这一点使无数人心服口服地称她为“千古贤后”。
——在中国皇后群里，出身贫苦的非常多，然而绝大多数在一朝登顶后都贪得无厌只知揽权享乐，从前的少少优点也往往荡然无存，显露出一副暴发户的丑恶嘴脸，对于自己出身的穷苦阶层翻脸无情。——而马氏，却将她的善良睿智克己为人从微贱时一直保持到了睥睨天下之后，并终身如此。