，封郭子兴的儿子郭天叙为“都元帅”，舅子张天祐为“右副元帅”，朱元璋为“左副元帅”，统领滁阳红巾军。朱元璋的名衔虽然最低，但他的威望才干远比另两人要高得多，军中良将精兵都只肯听从朱元璋的调遣。
不久，巢湖反元首领廖永安、俞通海率战船千艘指名归附朱元璋，滁阳红巾军从此有了水师，当年六月便渡过长江攻克太平（今当涂）。而倒霉的郭天叙张天祐却在攻打集庆（应天）时上了诈降元将陈也先的大当，被元王朝的守将福寿给砍了脑袋。
朱元璋遂帅部转攻集庆，福寿苦守多日，最终在巷战失利后自刎。自朱元璋起事以来，福寿是他所遇到唯一一个为元王朝死节的蒙将，他因此对福寿的英勇深表钦佩，予以厚葬。直到建立明王朝以后，朱元璋仍然对福寿念念不忘，直到洪武四年，仍然下令为福寿以大夫礼立庙祭祀。
十月，小明王韩林儿下令提拔朱元璋为枢密院同佥，李善长为经历。不久又升其中行中书省平章政事，李善长为左右司郎中，其亲信大将均为元帅。而郭子兴最后一个儿子郭天爵则为中书右丞。
郭天爵对自己所得的待遇以及在军中虚有其名的事实，感到愤愤不平，想了许多办法要暗害朱元璋。然而此时的郭天爵已经不再是当年那个呼风唤雨的郭少爷了。事情败露后朱元璋毫不手软地诛杀了郭天爵。虽然小张夫人和郭小姐靠着马氏的情面留在朱元璋身边妥善供养，但郭家却就此绝后了。后来郭子兴虽被追封为“滁阳王”，可是为他奉祀的却只有旧邻舍了。
与郭家父子的恩怨，看在朱元璋的得力部下眼里，恐怕很容易使他们觉得自己跟随的上司，是一个极有江湖义气、滴水之恩报以涌泉的好主子（郭家虽然绝后，但郭小姐和小张夫人得到了优待，郭天爵之死也可算是咎由自取），加上他智勇俱全又有逢凶化吉的好运气，谁都会觉得应该充分信任朱元璋，对他竭尽全力，也因此完全相信日后能够成就功名，安享富贵。
然而与郭家父子的前前后后，对于朱元璋本人来说，就是另一番滋味在心头了。想当初自己是如何全心全意地报效郭子兴？与自己对郭子兴曾有过的忠诚和功绩相比，自己的部属们还没谁能及。可那又如何？自己还不是变了么？还不是绝了郭家的后嗣，夺了郭家名份下的权力么？郭子兴在生时曾经多次想向自己下手，最后总是功亏一篑，要是他毫不顾虑地当真下了杀手，只怕郭氏兄弟最后也不会落得如斯下场。
这么一想之后，恐怕朱元璋在称帝后很容易就会得出一个结论：功臣元勋们都是有真本事的，若想要保住自己的儿孙不重蹈郭氏兄弟覆辙，唯一的办法就是把他们统统灭光。于是他顺理成章地效仿了自己祖籍沛县的老乡刘邦，不但在称帝后大封朱氏儿孙，还毫不手软地将开国元勋们一个个地消灭干净。
郭天爵死后，滁阳大军无论是名份还是在事实上，都彻底由朱元璋统辖了。在很短的时间内，他的军队先后攻克了江阴、常熟、宁国、扬州、池州、徽州等地，并采纳老儒朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，让自己打下的地盘有足够的时间休养生息，积蓄力量。接受了小明王韩林儿所封的“吴国公”爵位。
小明王韩林儿龙凤九年，朱元璋率领朱家军经过艰苦作战，付出三十五名大将阵亡、数万军士丧命的代价，击溃陈友谅的“大汉国”，丰饶的鄱阳湖平原就此成了他的势力范围。第二年（公元1364）正月，朱元璋在应天称吴王，韩林儿也只能默认。
吴王朱元璋为自己设置了下属百官（李善长为右相，徐达为左相，常遇春俞通海为平章政事）。
与此同时，和丈夫相濡以沫多年的马氏，也在她33岁这年成为“吴王妃”，她在战事颠沛中生下的长子朱标则当上了王世子。这一年，马氏已与朱元璋成婚十二年。