人的口供，这一点梅启照当然不会疏忽。回去以后，立刻传见负责主审的江宁知府和上元知县，传达了钦差张大人的意思，要他们设法劝诱张文祥，照此画供。但既不能用刑迫供就范，便只有慢慢下水磨工夫，一拖拖了个把月，尚无结果。
这时的曾国藩，请辞江督，未能如愿，已经交出了直隶总督的关防，正预备入京请训，天津教案总算已化险为夷，杀了两批凶手，也办了张光藻和刘杰充军黑龙江的罪，毛昶熙和丁日昌，亦已分别回任。大局已经无碍，加之曾国藩曾有奏疏，痛切自陈，举措失机，把张光藻和刘杰办得太重，“衾影抱愧，清夜难安”，因而亦能见谅于清议。而朝廷为了慰抚老臣，特旨赐寿，由军机处派人送来御书“勋高柱石”匾额一方，御书福、寿字各一方，以及紫铜佛像、嵌玉如意、蟒袍衣料等等。他这年是六十整寿，生日正在慈禧太后万寿后一天，两湖同乡，就在不久前要把他点翰林的匾额撤除的湖广会馆，设宴公祝。
就在他出京之前，张之万和魁玉会衔的奏折到了，说张文祥挟仇“乘间刺害总督大员，并无主使之人”，同时定拟罪名，凌迟处死。消息一传，舆论大哗，给事中刘秉厚、太常寺少卿王家璧纷纷上奏，认为审问结果，不甚明确，要求另派大臣，严究其事。
不但舆论不满，两宫太后及朝中大臣，亦无不觉得封疆大吏死得不明不白，不但有伤国体，而且此风一开，中外大员心存顾忌，会不敢放手办事，否则就可能成为马新贻第二。同时就照魁玉和张之万的奏报来说，前面说张文祥怀恨在心，又以在逃海盗龙启沄等人，指使他为同伙报仇，因而混进督署行刺，“再三质讯，矢口不移”，后面却又说：“其供无另有主使各情，尚属可信”，由“尚属”二字，可见魁玉和张之万并未追出实情，所以无论从那方面来看，这一案不能就此了结。
还要严办的宗旨是大家都同意了的，如何办法？却有不同的主张。有人以为应该撇开曾国藩，另派钦差查办；有人以为曾国藩在两江总督以外，还有大学士的身分，此案应归他主持。两宫太后召见军机，仔细商量结果，决定兼筹并顾。一方面尊重曾国藩的地位，一方面另派大员到江宁，重新开审。同时为昭大公起见，决定用明发上谕：“马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大！张文祥所供挟恨各节，暨龙启沄等指使情事，恐尚有不尽不实；若遽照魁玉等所拟，即正典刑，不足以成信谳，前已有旨，令曾国藩于抵任后，会同严讯，务得确情；着再派郑敦谨驰驿前往江宁，会同曾国藩将全案人证，详细研鞫，究出实在情形，从严惩办，以伸国法。随带司员，着一并驰驿。”
郑敦谨是刑部尚书，湖南长沙人。道光十五年乙未科的翰林，这一榜是名榜，人才济济，在咸丰初年，红极一时。郑敦谨的官运却不算太好，翰林散馆，当了刑部主事，外放以后，一直调来调去当藩司，但颇有政绩。直到同治改元，才内调为京堂，升侍郎、升尚书。
刑部尚书他是第二次做，第一次当刑部尚书在三年前，恰好西捻东窜，山西巡抚赵长龄防剿不力，带兵的藩司陈湜，是曾国荃的姻亲，本人性喜渔色，部下纪律极坏，慈禧太后得报震怒，大年三十派郑敦谨出京查办。结果按查属实，赵长龄和陈湜得了革职充军的处分，而郑敦谨铁面无私的名声，也就传了开来。
因此，上谕发抄，舆论都表示满意，期待着郑敦谨也象那次到山西查办事件一样，必能将这桩疑案办得水落石出，河清见鱼。
郑敦谨却是心情沉重，因为他是湖南人，而江宁是湘军的天下。但又不愿借词规避。他已经六十八岁，又是岁暮雨雪载途之际，如果说惮于此行，起码恤老尊贤的恭王会同情他的处境，然而他终于还是在刑部各司中挑了几名好手，驰驿出京，径赴江宁。
一路上历尽辛苦，走了二十多天才到，到的那天正是除夕，曾国藩把他接到督署去守岁，长谈竟夕。这一谈，郑敦谨才深悔此行。因为曾国藩说了实话，御外必先安内，天津教案刚刚结束，洋人不尽满意，如果再激出什么变故，那是授人以隙，倘或第二次开衅，洋人决不会象这一次似的，雷声大、雨点小，所以明知有指使的人，为保全大局，不宜追究。
曾国藩与郑敦谨不但是同乡，而且都是道光十四年湖南乡试的举人。郑敦谨春闱联捷，第二年就成了进士，曾国藩则道光十五年正科、十六年恩科，连番失利，到十八年戊戌科才得如愿以偿。所以论科名，郑敦谨虽是前辈，亦是同年，交情一向深厚，但论到公事，各有作为。郑敦谨清勤自矢，执法铮铮，张光藻和刘杰第一次解交刑部治罪，被拒绝收受，就是他的主张。谁知迫于朝命，终于还是办了罪。多少年来的规矩，或是内阁会议、或是吏部议处、或是刑部治罪，复奏时一定拟得重，留待旨意减轻，以示开恩。张光藻和刘杰原拟革职发往军台效力，已经过分，而两宫太后听了宝鋆、崇厚的话，以张、刘二人“私往顺德、密云逗留，藐玩法令”的理由，再加重罪名改为充军黑龙江。
为此，郑敦谨耿耿于怀，这时听了曾国藩意见，越觉得满怀抑郁难宣，不由