客死中土的有名教士，如利玛窦、南怀仁、汤若望的坟墓，都被盗毁，瓦德西为了报复，更为了威胁，特为派兵到易州，将有不利于西陵的举动。
世宗泰陵、仁宗昌陵、宣宗慕陵在易州的永宁山，总名西陵。这样处置的作用，是在向西安行在，提出严重警告，如果慈禧太后还想庇护懿亲，雍正、嘉庆、道光三帝，就可能有身后的惨祸。
慈禧太后再有担当，也承受不起这个“不自殒灭，祸延祖宗”的罪名。而且，洋人既能扰易州的西陵，就能扰遵化昌瑞山的东陵，那一来就更严重了！世祖孝陵、圣祖景陵、高宗裕陵、文宗定陵、穆宗惠陵之外，自己的已花了上千万银子修建的万年吉壤，亦在定陵之东的普陀峪，若为洋人侵扰，坏了风水，是件死不瞑目的事。
因此，慈禧太后一面急电奕劻、李鸿章，向“德国在京使臣，切实诘问”，一面不能不考虑加重祸首的处分。及至李鸿章的“洋兵趋向进止，均由德瓦帅调遣，瓦德西擅居仪銮殿，坚不接晤，无从共商”的复奏一到，随即便有一道“肇祸诸臣，前经降旨，分别惩处。现在京畿一带，拳匪尚未净尽，以致地方糜烂，生民涂炭，思之实堪痛恨，若不严加惩治，无以服天下之心，而释友邦之憾”的上谕发布。
这第二次惩处祸首，首当其冲的是载漪，与载勋同科，革爵，暂交宗人府圈禁，俟军务平定后，再行发往盛京，永远圈禁。怡亲王溥静及老恭王的次子贝勒载滢，亦交宗人府圈禁，载漪的胞兄载濂，着令“闭门思过”，是软禁在家。
相形之下，载澜就便宜得多了，处分是“停公俸，降一级调用”。这因为他在八月初被派为御前大臣，军机既不能不卖个情面，慈禧太后亦觉得他还有可供驱遣之处，特意加恩。
至于亲贵之外，英年的处分最轻，降二级调用；毓贤的处分最重，“发往极边，充当苦差，永不释回”，因为他“在山西巡抚任内纵容拳匪，戕害教士教民，任性妄为”之故。本来，刚毅的罪名最重，但以病故，免其置议，赵舒翘倒是颇得慈禧太后谅解的，落得一个“革职留任”的处分，仍旧当他的军机大臣。
上谕最后，还有一段声明，慈禧太后借皇帝的口说：“此事始末，惟朕深知，即如怡亲王溥静，贝勒载濂、载滢，中外诸臣迭次参奏，均未指出，即出使各国大臣电奏，亦从未提及，朕仍据实一体惩办，可见朕于诸臣处分轻重，一秉大公，毫无偏袒，当亦海内外所共谅也。”
这话是说给洋人听的，特别是希望瓦德西能听得进去。但是，慈禧太后是失望了！