连续作战后，部队减员和物资消耗较大，特别是基层指挥员和战斗骨干，有些部队还来不及调整和补充。解放区秋粮尚未到位，秋种随即开始，农忙季节，生产与支前的矛盾突出，几十万大军作战，粮秣供应和支前民工任务繁重。因此，攻占济南仍然是艰巨的任务。
人民解放军在第2年战争中，虽然夺取了国民党的许多中小城市，提高了攻坚作战能力，但没有攻占国民党军10万人以上重兵守备、坚固设防大城市的实践经验。随着战争形势胜利发展，如何夺取大城市，就成为继续发展战略进攻，加速解放战争进程的一个关键性问题，也是一个亟需解决的难题。9月，中共中央政治局会议提出人民解放军高级指挥员要确立敢打前所未有的大歼灭战的决心。即要闯过“两关”，一是一次战役消灭国民党军两三个兵团，二是攻克国民党军10万人以上守备的大城市。
当时，东北野战军包围了长春，华东野战军孤立了济南，华北军区第1兵团包围了太原。在三城当中，攻占长春的条件更具优势。长春国民党正规军2个军连同非正规军共10万人，内部中央军、地方军、正规军、非正规军矛盾尖锐，曾泽生滇系第60军在解放军的争取下正酝酿起义。长春设防虽然号称“坚冠全国”，但补给线已被完全切断，是一座孤城。东北野战军兵力、火力占有优势，仅重炮就有660余门，又有解放区人力、物力补给便利的优势。4月间，中共中央东北局和东北野战军领导人向中央军委提出“先打长春”的意见。18日，林彪、罗荣桓、高岗、陈云、李富春、刘亚楼、谭政等向毛泽东报告：东北野战军结束夏季整训后，即发动秋季攻势，首先打长春，并说：“目前只有打长春的办法为好”。朱德总司令详慎分析长春各方面条件后于6月3日致信中央军委和毛泽东：“长春还是可能打下的条件多”，也主张夺取长春。
中央军委、毛泽东审慎地研究了中共东北局和东北野战军领导人的报告，同意他们先打长春。其中一个重要的战略意图，就是可以从攻占长春作战中解决大城市攻坚的难题，这对发展东北及全国战局均有重大意义。毛泽东指出：“长春胜利将给你们尔后南下作战逐一攻克各个大城市开辟道路，各个大城市的攻克，将从长春战役取得经验”。要求林彪精心组织这次战役，直至完全胜利。
5月，东北野战军抓住战机歼灭长春国民党军一部，但未能攻占长春。据此，林彪改变决心，认为打长春“消耗必大”，“而获得解决战斗的结局，尚无把握，不宜勉强和被动的攻长春”。提议对长春实行“久困长围”，并于6月25日开始实行这个方针。
在打长春解决城市攻坚难题的意图未能实现的情况下，中央军委、毛泽东决定将解决攻克大城市难题的战略意图转向华东野战军方面。7月中旬，多次电示华东野战军准备攻克济南，指出：“如能在八、九两月攻克济南，则许(世友)、谭(震林)全军可于10月间南下配合栗(裕)、陈(士榘)，韦(国清)、吉(洛)打几个大仗，争取于冬春夺取徐州”。要求华东野战军前委据此战略意图考虑下一步行动计划。