七十八团为师的第二梯队，二十七师(欠八十一团)为纵队预备队，突破后，两师直插火车站，与北面突击的二、三纵队会师。受领任务后，二十五师七十五团召开了干部大会，各单位纷纷要求争当攻城的先锋连，经过摆擂比武，突击连被一连夺得，全连指战员深感责任重大，任务艰巨，表示坚决完成战斗任务，以最快的速度插入锦州的心脏。
七班长罗恒彬夺得了连队突击组的“帅旗”后，当场向全连表示：“我不但保证攻上城去，而且要先把红旗插到城头，就是挂了花，爬也要爬上城墙，争取战场立功、入党，请党支部在这次战斗中考验我吧！”该连研究了突击队不依赖炮火、独立作战的问题，为突破高大城垣，多次召开诸葛亮会，想出了爆破、铁钩、软梯、人梯等爬城的办法，战士们表示，无论多么因难，也要攻进城去。
夜晚利用月光，在村庄、野外，各连队多次组织战前演习，演练登城、巷战、刺杀、爆破及班、排、战斗小组战斗动作，使每个班、每个战斗小组、每个人都明确任务，掌握打法。城南城防外就是小凌河，地形开阔，没有可利用的地形地物，进攻中接近城防十分困难，纵队经过分析后，决定把冲锋出发地推到小凌河边，以减少伤亡，做到在短距离上突击，保证部队有充沛的精力攻城。
为此，动用第二梯队10个营的兵力，在女儿河至小凌河之间挖交通壕。12日黄昏后，部队悄悄地在开阔地上开始了构工，河滩地是多年的流沙积成的，下面全是鹅卵石，为了不让城内国民党军发觉，构工中尽量减少各种响声，没有喊声，没有咳嗽声，连说话声也压得很低很低。城防上的守军不时盲目向河滩进行扫射，偶尔打来几发冷炮。部队采取轮番作业，一批累了，又换一批，经过一夜苦战，挖交通沟6条，全长2300多米，将进攻出发阵地推进到了离城防仅200米的小凌河岸边，并构筑了团的指挥所、掩蔽部及全部炮兵阵地。
天亮时，城防上的国民党军发现了九纵队的行动，便用炮火轰击，又派飞机投弹炸，想摧毁交通壕，九纵队留下少数部队在阵地上加固工事，大部队转到山后隐蔽休息。纵队还要求各级指挥员要靠前指挥，攻击部队的“尖刀连”打开突破口后，团领导即跟进指挥，两个营进入突破口后，师领导跟进，两个团进入突破口后，纵队领导跟进。到13日晚，一切准备就绪，突击部队当夜进入攻击出发阵地。
八纵队在城东，为助攻方向，而城东又是国民党军防御的重点方向，兵力较强，八纵队进攻的正面宽，炮兵火力不足，全纵队仅有小口径火炮40余门，又无兄弟部队配合并肩突击，任务很艰巨。纵队领导表示，要把助攻任务当作主攻任务来完成。由二十二师六十四团担任主攻，纵队炮兵营和各师山炮支援，从瓦斯会社东北角突破，首先攻占国民党东北“剿总”锦州前进指挥所(中纺公司)，并在二十四师的配合下，歼灭务本街之守军，而后歼灭忠烈祠东南地区守军，围歼国民党军第六兵团司令部；二十三师为纵队预备队，在二十四师突破后，沿城墙向西南方向前进，占领善和街、龙江街、松花街，而后继续攻击紫明区之守军。
纵队指挥所先后位于小紫荆山下炮楼、八家子、被服厂等地。在小紫荆山下的纵队指挥所里，六十四团首长接受任务后，立即在离城墙外500米的一幢房子里召开了营、连干部大会，全团上下都想争当突击分队，经过一番争论，团决定：由一营担任主攻突击任务，二、三营为后续梯队，团迫击炮连、战防炮连和营、连的轻重火器，支援一营实施突破，会后各营抓紧进行了战斗准备。
在攻城的准备中，东北野战军集中了大型火炮591门，而国民党军只有70余门，为国民党军炮兵的8倍，形成了强大的火力突击力量。其中日九二式七○步兵炮37门，八一式、八二式、九四式迫击炮324门，日四一式七五山炮、日九四式七五山炮81门，日三八式七五野炮、九○式七五野炮87门，日九一式榴弹炮27门，十五榴炮、日九二式加农炮23门，七五高射炮12门。10月12日，炮兵纵队炮兵一团二营支援三纵队七师攻打配水池后，当晚，又接到支援二纵队实施主攻的任务。13日下午，五师吴国璋师长同炮一团黄登保团长和战车团丁铁石副团长到前沿详细察看了地形，进一步明确了突破口的位置，午夜，炮兵进入阵地构筑工事，阵地进出路只有一条，前面还有一道沟，路上和沟里都有地雷，战士们把沟填平，并顺着路的两边排雷，保证火炮顺利进入了阵地，阵地依次沿团管区围墙由东向西摆开，距守军前沿只有300多米，城内守军有所察觉，盲目进行射击，天亮时，被城内的国民党军发现了，打了一阵子追击炮，但很快锦州总攻就开始了。
为了加强攻城的突击力，东北野战军还动用了装甲分队。炮兵纵队的战车团前身是1945年12月成立的东北炮校坦克大队，1947年10月扩编为东北战车团，到1948年6月，全团共有3个营，一、二营为战车营，三营为汽车营，共1000多人。8月份在哈尔滨，东北军区炮兵司令员朱瑞向战车团下达了参加