9军(由第2纵队改称)，军长刘震，政治委员吴法宪，辖第115、第116、第117、第152师；第40军(由第3纵队改称)，军长韩先楚，政治委罗舜初，辖第118、第119、第120、第153师；第41军(由第4纵队改称)，军长吴克华，政治委员莫文骅，辖第121、第122、第123、第154师；第42军(由第5纵队改称)，军长万毅，政治委员刘兴元，辖第124、第125、第126、第155师；第43军(由第6纵队改称)，军长洪学智，政治委员赖传珠，辖第127、第128、第129、第156师；第44军(由第7纵队改称)，军长邓华，政治委员吴富善，辖第130、第131、第132、第157师；第45军(由第8纵队改称)，军长黄永胜，政治委员邱会作，辖第133、第134、第135、第158师；第46军(由第9纵队改称)，军长詹才芳，政治委员李中权，辖第136、第137、第138、第159师；第47军(由第10纵队改称)，军长梁兴初，政治委员周赤萍，辖第139、第140、第141、第160师；第48军(由第11纵队改称)，军长贺晋年，政治委员陈仁麒，辖第142、第143、第144、第161师；第49军(由第12纵队改称)，军长钟伟，政治委员袁升平，辖第145、第146、第147、第162师。野战军另辖骑兵第5师、第165师、整训第5师。全野战军共90万余人。
4月28日，中央军委命令，萧克任第四野战军参谋长，聂鹤亭任副参谋长，同时成立了第13、第14兵团部。并对第12、第13兵团及各军的领导人作了适当调整。其序列是：第12兵团，司令员兼政治委员萧劲光，第一副司令员陈伯钧、第二副司令员韩先楚，副政治委员兼政治部主任唐天际，参谋长解方，辖第40军，军长罗舜初，政治委员卓雄；第45军，军长陈伯钧(兼)，政治委员邱会作；第46军，领导人不变。第13兵团，司令员程子华，政治委员萧华，第一副司令员李天佑，第二副司令员兼参谋长彭明治，政治部主任刘道生，辖第38军，军长梁兴初，政治委员梁必业；第47军，军长曹里怀，政治委员周赤萍；第49军，军长钟伟，政治委员徐斌洲。第14兵团，司令员刘亚楼，政治委员莫文骅，第一副司令员黄永胜，第二副司令员刘震，副政治委员兼政治部主任吴法宪，辖第39军，军长刘震(兼)，政治委员吴信泉；第41军，军长吴克华，政治委员欧阳文；第42军，军长吴瑞林，政治委员刘兴元。第15兵团，司令员邓华，政治委员赖传珠，第一副司令员兼参谋长洪学智，第二副司令员贺晋年，政治部主任萧向荣，辖第43军，军长李作鹏，政治委员张池明；第44军，军长方强，政治委员吴富善；第48军，领导人不变；两广纵队(由第三野战军拨归)，司令员曾生，政治委员雷经天，辖第1、第2师。特种兵司令部由万毅任司令员，其余领导人不变。
华北军区第1、第2、第3兵团分别改称第18、第19、第20兵团。第18兵团司令员兼政治委员徐向前，副司令员兼副政治委员周士第，参谋长陈漫远，政治部主任胡耀邦，辖俘训第1、第2旅；第60军(由第1兵团第8纵队改称)，军长兼政治委员王新亭，辖第178、第179、第180师；第61军(由第13纵队改称)，军长韦杰，政治委员徐子荣，辖第181、第182、第183师；第62军(由第15纵队改称)，军长刘忠，政治委员袁子钦，辖第184、第185、第186师。第19兵团，司令员杨得志，政治委员罗瑞卿，副司令员葛晏春，参谋长耿飚，政治部主任潘自力，辖俘训第1、第2旅；第63军(由第3纵队改称)，军长郑维山，政治委员王宗槐，辖第187、第188、第189师；第64军(由第4纵队改称)，军长曾思玉，政治委员王昭，辖第190、第191、第192师；第65军(由第2兵团第8纵队改称)，军长邱尉，政治委员王道邦，辖第193、第194、第195师。第20兵团，司令员杨成武，政治委员李井泉，副司令员兼参谋长唐延杰，副政治委员李天焕，政治部主任李志民，辖俘训旅；第66军(由第l纵队改称)，军长萧新槐，政治委员王紫峰，辖第196、第198师；第67军(由第2纵队改称)，军长韩伟，政治委员旷伏兆，辖第199、第200师；第68军(由第6纵队改称)，军长文年生，政治委员向仲华，辖第202、第203、第204师。3个兵团共23．8万余人。5月3日中央军委决定周士第接替徐向前任第18兵团司令员兼政治委员，王新亭任副司令员兼副政治委员，张祖谅任第60军军长。6月初，李志民接替罗瑞卿任第19兵团政治委员。
此外，中央军委将第四野战军铁道纵队拨归军委直辖，并改称铁道兵团，司令员滕代远，副司令员吕正操，副政委兼政治部主任何伟，参谋长李寿轩，下辖第1、第2、第3、第4支队。
1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区改称西北军区，司令员贺龙，政治委员习仲勋，