清等将“整肃”消息透露给杨青田、唐用九等。中共昆明地下组织迅速疏散转移大批党员和进步分子往农村游击区，同时，调整组织领导机构。
7日，周楠离昆飞港，向华南分局作了汇报。
卢汉赴渝后，边区党委向中共中央统战部和华南分局报告说：蒋、卢间矛盾不能根除，只要我策略运用得当，当大军迫近及卢的周旁进步分子起影响作用，卢尚有向人民靠拢的一线希望。对策是：一、积极争取卢，坚决打蒋匪，扩大其矛盾。为此：1．复信或派人与卢当面说明：我们了解其处境，但愿其勿因目前感困难而改变既定之路向与原则，只要其集结兵力应变，我们决心以全力援助作战，并同意其提议，续派人商谈；2．争取其保安团部下及其周围人士，以坚定他；3．动员昆明上下层力量及舆论界、参议会，适当地争取卢，反对蒋，要求安定生活，反对蒋军入滇：二、倘卢决心靠蒋，公然或暗中向我军进攻时，我则边前进边拉，并争取其保安团起义，以此迫其向人民靠拢；三、党内克服对卢幻想、麻痹观念，乡村、城市切实准备应付恶劣局势；四、军事上积极出击。
9日，蒋系特务发动反革命“整肃”，解散省参议会；查封报馆、学校；逮捕民主人士、报馆工作人员、工人学生共400余人；随后又派特务暗杀了已于8日秘密转移潜往香港的著名民主人士杨杰。
10日，宋一痕致电华南分局并报中共中央，要求“共商对策”。
边区党委遵照中共中央电示，派郑敦于9月中旬赴昆明与宋一痕商谈。郑敦到昆明，与边区党委副书记郑伯克、昆明市委书记陈盛年对当时严峻的局势分析研究后，由郑敦先后两次会见宋一痕。向宋说明形势和党的政策，严正指出卢汉违背诺言，为蒋殉葬是自走绝路，劝其悬崖勒马，并向卢汉提出：一、停止捕人，保证被捕者生命安全，勿施刑罚，并寻机释放；二、恢复报社、学校；三、将特务名单交我，并压制特务活动；四、保证保安团不向我进攻，将滇西4个保安团调昆，在铁路线保安团应对蒋军牵制，并随时将蒋军部署行动告我；五、地方行政人员反动者撤换，恶霸武装予以改编或解散；六、我对卢辖区不反共武装及行政人员不予攻击；七、彼此设一电台，密切联系。会谈后，卢迟疑未作答复。郑伯克、郑敦即分别返回游击根据地，行前将中共中央同宋一痕约定的联络代号交陈盛年掌握。
10月
1日，中华人民共和国宣告成立。
人民解放军在衡阳、宝庆地区歼灭白崇禧集团主力，上旬解放湘南、湘西地区。14日解放华南重镇广州，继而在阳江、阳春地区追歼广州绥靖公署主任余汉谋部4万余人。19日，中共中央发出进军西南的指示。
同月，云南全省“边纵”部队在人民群众的支援下开展反“围剿”斗争。“边纵”西进部队跳出外线，挺进滇西，断敌逃缅通道。
周体仁于上、中旬先后与卢汉面晤，介绍北平和平解放情况及中国共产党的政策，卢汉表示愿率部起义。周体仁向卢转达中共中央意见，云南举行起义的最好时机是人民解放军消灭蒋系胡、白两集团军后，向云南进军时，并表示愿代卢同解放军总部联系。在此期间，卢汉指使其绥署军法处长杨振兴掌握对“九九整肃”被捕人员的审讯工作，毛人凤几次提出名单，要卢汉批准屠杀被捕人员，卢汉均推故拖延。
11月
3日，国民党政府代总统李宗仁“出巡”抵昆，卢汉得到地方耆老李根源、周钟岳的支持和群众斗争的推动，利用蒋、李矛盾，要求李对被捕人员从宽处理。在取得李宗仁“交卢主席酌情处理”的批示后，于11月底以前分批释放了全部被捕人员。
15日和30日，重庆、贵阳相继解放。21日，中国人民解放军第二野战军司令员刘伯承、政治委员邓小平向川黔滇康国民党军政人员发表四项忠告，即：国民党政府机关、政治、经济、文化、教育等工作人员，应即保护原有机关、学校、财产、用具、档案，听候接收；国民党特务人员，应即痛改前非、停止作恶；乡保人员，应即在解放军指示下，维持地方秩序，为人民解放军办差事，有功者奖，有罪者罚等。
同期，滇桂黔边纵队反“围剿”斗争取得重大胜利。在云南境内解放县城达61座，已发展扩大到10块游击根据地。云南境内“边纵”西进部队跳出外线，民兵游击队9万余人，已形成对昆明包围的态势。
由国民党陆军总部参谋长汤尧率领的陆军总部直属部队，及宪兵副司令李楚藩率领的6个宪兵团，陆续进入滇东，大批特务也撤到云南。昆明成为国民党机构和人员逃往台湾等地的空运中转站。国民党特务组织为防止卢汉起义，控制云南和昆明，进行了各种阴谋活动。
月底至12月初，卢汉通过与中共有联系的民主人士宋一痕、吴少默、刘淑清、杨克成等告知昆明地下党组织，他已决定起义，以及调集部队，准备寻机扣押蒋系军长李弥、余程万等部署，并向中共昆明市委提出6点具体要求。中共昆明市委表示欢迎和支持卢汉起义，