令在昆明整肃，很快要实行大逮捕。卢说，抓着民主人士还好办些，要是抓着共产党员就难办了。他叫龙泽汇设法通知有可能是共产党员的杨青田、唐用九、马曜和其他—些著名的民主人土，让他们立刻转移躲避。龙泽汇将省参议员、南屏剧院经理刘淑清请到卢公馆，请她尽快通知到人，马上转移。因她交际较广，而在敌人看来她的政治面貌大概属于灰色人物，特务们对她不太注意，因此托她通知较为方便。
9月9日，整肃开始，大规模地进行搜捕。下午4点多钟，特务头子徐远举、沈醉等率领大小特务数十人前去逮捕著名的民主人士杨杰将军。特务们扑了个空，杨杰事先得到通知，巳在上午飞往香港去了(后特务追到香港将其暗杀)。“九九整肃”，反动派—共捕了400多人，其中准备判处枪决的就多达两百余人。大特务头子毛人凤(国防部保密局局长)拿着这200多人的名单要求卢汉批准执行。卢汉以杀人太多，证据不足，难以服众为由，拒绝杀人。卢汉说，如果这样草率处置，我这个省主席就当不下去了，那还怎么为总统分忧呢？如此重大问题，应该慎重一些才好。毛人凤无言以对，只得快快而回。
蒋介石的阴谋是借刀杀人，嫁祸卢汉，使卢汉不能见谅于共产党和人民，从而堵死卢汉所选择的和平起义之路，其用心非常险恶。而卢汉呢，想方设法敷衍蒋介石，决不上当，所以，他采取尽量拖延的办法，无论如何也不能再开罪于人民。他派军法处长杨振兴会同沈醉对被捕人员进行逐个会审，故意拖延，并且指示杨振兴能释放的就尽量释放，只留下特务们认为“罪大”的那部份，同时不准虐待。直拖到11月，适逢“代总统”李宗仁路过昆明，卢汉利用蒋李矛盾，抓住时机，向李宗仁诉说“九九整肃”在押人员，有的是社会贤达，有的是普通职工和学生，都是无辜，请李代总统宽释，以安人心。李宗仁眼见蒋家王朝巳亡，再挣扎也无用了，不如做个顺水人情，结卢汉多留点颜面，慨然批准卢汉所请。卢汉立刻下令所有整肃被捕人员，即日一律释放。杨振兴没有体会卢汉心急火燎的心情，还一个个慢慢来。卢汉把他叫来痛加训斥说，怎么这样笨，过去拖是应付，现有尚方宝剑，还不给我通通立刻放掉！
一场刀光剑影的轩然大波，总算结束了。
蒋中正垂死挣扎
1949年的隆冬时节，中国大陆只有西南的部份地区还有待解放，伟大的中华人民共和国已经早已诞生，全国一遍欢腾，准备迎接新中国建立后的第一个春天的来临。在云南城乡，革命气氛异常活跃。城市里，“打倒国民党”、“迎接解放军”、“共产党万岁”等标语口号随时出现于大街小巷，张贴在闹市墙壁之上，今日被敌特撕掉旧的，明天新的再次贴上，在农村，“桃花开，李花开，桃李百花开哟！迎接解放大军进村寨”的歌声，在三十多万平方公里的大地上空回荡。在这种形势下，卢汉政府倾听人民呼声，停止征兵征粮，禁止国民党特务活动，拒绝国民党国防部和西南长官公署等单位移驻昆明；同时经过多方努力，终于就近在昆明得到了中共地下党组织的指导，商定了和平起义事宜。
卢汉除派代表同中共云南地下党组织保持联系外，12月3日，又派出周体仁和林毓棠(财政厅长)前往香港和广州，向中共华南局和叶剑英汇报起义准备情况，请示起义事宜。6日，华南局指示说，国民党军事指挥机关妄图迁入云南，请卢汉必须把握好时局，相机行事，不可被动。林毓棠邀请在港的龚自知共同起草了昆明起义通电初稿，于7日返回昆明向卢汉详细汇报了香港之行。与此同时，华南局送周体仁到广州向叶剑英汇报。叶告诉周，陈赓、宋任穷两将军在广西作战，很快即率部进云南，望周赴南宁与陈、宋相会。周立刻电告户汉，说“嘱事巳妥”。卢汉得电，十分宽慰，信心更足，复电周让他代表自己前往南宁欢迎陈、宋两将军早日莅昆，并接受两将军指示。起义准备，大体就绪。
在另一方面，在卢汉积极准备起义之时，蒋介石也在加紧其阴谋活动，他仍在实施以成都、西康和云南作最后垂死挣扎的计划。一方面令其嫡系胡宗南将残部向滇西转移，建立新的反共基地，另一方面召见26军军长余程万，面授机宜，任命余为兵团司令，拟将26军扩充为兵团；同时以昆明机场为中转站，运送国民党军政要员和物资，经海南岛再转运到台湾。遵照蒋介石旨意，26军和第8军同特务们密切配合，连成一气，继续干着种种罪恶勾当。
为了作起义的最后准备，卢汉同中共地下党联系后，于12月6日晚召开紧急会议，出席会议的有杨文清、马瑛、龙泽汇和佴晓清。卢汉说，时机是很紧迫的，如果我们等到解放军到达威宁、盘县一带才起义，那就太迟而没有价值了。与会者们听了这话，心中有数，起义时刻已经临近，还有什么没有准备好的马上要抓紧时间准备。会议决定调集400辆汽车，日夜兼程，将余建勋的74军和93军的陇生文师由滇西赶运到昆明，以加强昆明起义后的防守力量。这次会议，已非同寻常，从6日晚11时直开到7日凌晨6时，实实在在开了