返回云南就职之前，省主席一职由李宗黄代理，同时把军事权交给杜聿明和关麟征，密令关麟征到海防统一指挥驻越蒋军，随时准备对付敢于异动的滇军，指派何应钦坐镇河内，对卢汉威胁利诱，软硬兼施。蒋介石自信云南的军政实权已交给了自己的亲信，昆明已无后顾之忧，假若前方的卢汉和滇军有所不满的表示，就可加上各种罪名，大兴讨伐之师，把云南地方势力赖以存在的滇军一举消灭，然后就可名正言顺地将自己的亲信李宗黄那个“云南省主席”前面冠上的“代”字去掉，成为名实相符的云南最高头头。
卢汉对蒋的预谋甚为不满，既然让他当主席，为什么先让别人代一下？卢汉的本意是想军权、政权一起抓，如果只让他当光杆主席，不让掌握军队，无异是要在一定的时候，杀他卢汉的脑袋。从这里可以看出，卢汉一上台就潜伏着对蒋介石的怀疑、离异与防范。
当时卢汉的心情很复杂，他内心既不愿意背离龙云，又不敢得罪蒋介石，更不甘心云南就此拱手让给蒋介石，他陷入深深的苦痛思索之中。当时摆在卢汉面前可供选择的路似乎有两条，一条是公开打起反蒋旗帜，率领慎军回师昆明；另一条是接受蒋氏命令，放弃兵权，回滇就任新职。卢汉考虑，云南经过八年抗日，人民苦痛已深，急需休养生息，打内战不会得到人民支持，再说，从越南回滇，沿途有中央军重兵把守，自己稍有行动，必然遭致数倍于己的蒋军的围、堵、追、截，不仅使地方残破，人民遭殃，滇军自身亦有被全歼的危险。看来这条道行不通，死路一条。
当然，蒋介石是最希望卢汉与滇军走这条道。至于后者，即使卢汉愿意放弃兵权，回滇就职，但是否能实现亦尚未可知。卢汉揣度，既然委有新职，又不明示何时就任，更不说新旧职务关系，这自然只是一种搪塞敷衍、伺机待变的安排，是一个暂时笼络人心的幌子，不可太过认真的。所以，卢汉经过仔细思索，考虑再三，面对当时险恶形势，他成竹在胸，暂时委曲求全，再图日后发展，公开表示“一切服从中央，听从中央的指挥”。这样，蒋介石终于暂时找不到吃掉卢汉和滇军的借口，只有另打主意了。
李宗黄虽是云南鹤庆人，但从1927年起他就投靠蒋介石，奉蒋之命在云南“清党”，残杀无辜，两手沾满人民鲜血，被人们遍街张贴标语，将其赶出云南，因此，他在云南声名狼藉，这次被蒋召回云南，委以代省主席重任，李氏自然又要猴儿耍戏，尽量让主子欢心高兴了。
所以，李宗黄一登台就勾结云南省警备司令关麟征等，对云南人民实行法西斯统冶。他们在各机关、各厂矿、各学校和各事业单位都安插了大批特务，唆使军、警、特、宪作科犯罪，任意妄为。通过清查户口和新闻检查等反动措施，严格限制和任意干涉群众的言论与行动自由，逮捕、关押大批青年学生和各方面人士，撤换了大批中学校长，许多教职员工被解聘。在经济上也借各种名目，肆意搜刮，巧取豪夺，搞得人心惶恐，民不聊生。
蒋介石、李宗黄等人并不就此罢休，他们为了发动内战，消灭人民革命力量，正疯狂地进行各方面准备，这就不能不引起人民反对。反内战、反饥饿、争民主自由的斗争浪潮一浪高过一浪，反动派实行血腥屠杀，导致了昆明“一二·一惨案”的发生。
惨案发生之后，立刻影响全国，中国共产党和各民主党派、各人民团体、各界爱国人士都相继发表声明，支持爱国学生的斗争，全国各大中城市亦纷纷响应，惨案制造者受到举国一致的谴责，云南人民掀起驱逐李宗黄的浪潮。面对迅猛发展的形势，迫不得已，蒋介石只好忍痛割爱，舍车保帅，将李宗黄调走，以平息人们的反对情绪。
李宗黄的被驱逐，为卢汉就任省主席提供了条件。一是有成命在先，二是代主席已经垮台，蒋介石只好让卢汉宣誓就职了。但蒋介石消灭云南地方势力的计划并没有因此放弃，以李宗黄主滇的旧梦虽已破灭，消灭滇军的新阴谋又将付诸实施。
蒋介石知道，卢汉与龙云关系非同一般，虽眼前龙云对卢汉有点不满，但这是暂时的，卢汉难成自己的忠实部下。因此，如果让卢汉继续手握兵权，必然日后将会出现拥兵称雄、尾大不掉的局面，与其遗患将来，不如今日除根，来个釜底抽薪，使卢汉难成气候。在蒋眼中不除掉滇军，云南问题不算彻底解决。但如何使滇军消灭呢？蒋介石是很费了一番心思的。最后他决定将滇军主力全部调到东北战场，充当它打内战的炮灰。这是个一箭双雕的好主意。滇军打胜了，他不仅可把滇军分割开来，分而治之，而且卢汉滇军得罪了共产党，就只能死心踏地跟随他；打败了，正好借共产党解放军之手把滇军彻底解决掉。这样，入越受降的滇军两个军八个师的武装，经过改编，八个师整编为六个师，称第一集团军，由蒋介石任命他信得过而云南方面又能接受的云南人孙渡率领，于1946年初用船经海路运往东北战场。
这样，卢汉手中的兵权被剥夺了，1945年12月回昆就职时，只带回了一个警卫营。就连这个小小的警卫营蒋系势力也不肯放过，竟下令要