他的罪，孔融跟他交往应该是没有问题的，至于人家喜欢互相表扬一下，似乎也不关别人的事。
上面这四条罪状里，第一条根本已无从查证，推断起来恐怕是子虚乌有；第二条含含糊糊，似有似无；第三条可能属实，但属于小问题，批评教育即可，用不着大做文章；第四条倒是一把杀人的刀，因为它涉及伦理，这是可大可小的事，上升到朝廷律法上来判断，既可以批评教育、下不为例，也可以罚工资、扣奖金，也可以判个三年五年，甚至十年八年，但不幸的是，也可以判处死刑。
朝廷的律法就是这样，遇到模糊的东西就有模糊的处理办法，司法的量裁区间大得要命，就看你怎么认识了。
也就是说，孔融如果犯了上面所列的部分错误，处理起来既可以给他来个诫免谈话，让他以后注意；也可以直接砍他的头，让他以后想注意也没有机会了。
在郗虑看来，孔融的上述种种罪状实在罪大恶极，他建议将其判处重刑，立即诛杀（宜极重诛）。
曹操正忙着南下，没有功夫细看细审，直接替献帝做主，进行了批示：判处孔融死刑，立即执行。
建安十三年（208年）八月，孔子的第二十世孙、名动天下的大名士、朝廷九卿之一的少府卿孔融因郗虑的告发而下狱，随即被杀，死时五十五岁。
其实，曹操早就想杀孔融，因为孔融得罪他不是一天两天了。另一方面，孔融对曹操也早就心生不满，有意跟他对着干。
一个是大权在握，碍于对方的名望一忍再忍；一个是大名远扬，仗着自己人气很高无所顾忌。
曹操曾颁布过《禁酒令》，目的是节约有限的粮食，保证战争所需。孔融给曹操写信非要争论一番，他从尧舜到先贤，到他的祖上孔子，再到刘邦、樊哙、袁盎引了一大堆古人，其中不乏有名的酒鬼，说明饮酒的必要性和重要性，纯粹是想搅局。
他是大名士，曹操还不能不回答，曹操耐着性子给孔先生回了封信，阐明禁酒的现实意义，哪知孔融不让理，一连给曹操回了好几封信，语气越来越不友好（频书争之，多侮慢之辞）。
曹操与袁绍相争于官渡，孔融不出来帮忙也就算了，他还说风凉话，大谈什么和平主义，劝曹操不要兴兵。
前面提到，曹操想恢复古代的九州制，孔融马上对着干，提出要恢复古制就一块恢复，比如古制中的王畿之制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能封给别人，导致九州制泡汤，曹操的不满可想而知。
最让曹操不能容忍的是孔融也搞人身攻击，曹操娶儿媳妇孔融也不放过，要嘲讽一番。据《后汉书孔融传》记载，建安九年（204年）曹操攻下邺县后，十八岁的曹丕看上了二十三岁的甄宓，把她娶回家。孔融听说后给曹操写来一封信，却不是来贺喜的。
孔融在信里阴阳怪气，说了一句话叫“武王伐纣，以妲己赐周公”，这一句出自何典、又是何意，连饱读诗书的曹操也一头雾水。后来曹操见到孔融，当面请教这出自哪个典故，孔融回答说：“是根据当时的事情，顺手现编的（以今度之，想当然耳）。”
周公是武王的弟弟，妲己是殷纣王的爱妾，武王并没有把妲己赐给周公，所以曹操翻遍史书也找不出来这是什么典故，竟然是孔融这小子现编的，把曹操比做武王，曹丕比做周公，甄宓比做妲己。
武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕却是父子，这里面似乎隐含着曲曲折折的暧昧之意，似乎暗示着甄宓原是曹操所爱，后来给了儿子。在这件事上曹操和曹丕父子不像父子，兄弟不是兄弟。
而妲己更不是什么好女人，早已恶名远扬，用她来比甄宓，这种话也只有孔融一个人敢说。
孔融确实敢说敢干，自始自终都是一个标准的老“愤青”，他终于为此付出了惨重的代价。
跟孔融一块被杀的，还有他的妻子和子女。孔融有两个孩子，儿子九岁，女儿七岁。据《后汉书孔融传》记载，孔融被杀的消息传来，他的儿子、女儿正在玩下棋，听说父亲被害的消息，这两个孩子表现出了成人都少有的风度：一动不动，继续下棋，就好像没有这件事一样。
别人急了，说这两个傻孩子，你们的老爸都被杀了，你们还不赶快跑？这两个孩子说了一句很有名的话：“鸟巢都毁了，鸟蛋哪有不破的呢（安有巢毁而卵不破乎）？”
他们当时在别人家玩，那家人家里有肉汤，哥哥想喝，妹妹说：“有今日之祸，还能多活多久，还能知道肉味吗？”临死之前，妹妹对哥哥说：“如果死后有知，我们就能马上见到父母了，这岂不是我们所愿！”
兄妹二人从容就刑，面不改色心不跳。
也有史书记载说，曹操本不想把事做得那么绝，想免这两个孩子不死。后来听人报告说这两个孩子在家里突遭大难的情况下如何镇定自如，又说出了“安有巢毁而卵不破乎”这样的话，曹操觉得太可怕了，还是把他们杀了。
孔融被判的是“弃市”，就是在市场人多的地方公开处斩，之