连年亏损，债台高筑，产生了创业以来最严重的经营危机。到1934年6月底，申新的全部资产是6800万元，负债6300万元，光利息支出就超过500万元，后来连利息也付不起，银行不再放款，申新一至九厂都全部抵押出去了。
面对危机，荣氏兄弟一面呼吁政府给予支持，一面求助外国银行继续发放贷款，结果不但都未如愿，反而引祸上门。国民政府实业部和陈公博、宋子文等人企图趁火打劫，扬言要把申新收归国有，一举吞并申新；英商汇丰银行和不法日商相勾结，公开以低价拍卖申新七厂。在这种局面下，荣氏兄弟拼死抵抗，上海和全国各地实业界同行和社会公正舆论也声援荣氏，申新广大职工更是奋起反抗，全力支持，这样才使国民党政府和帝国主义的阴谋没有得逞，申新勉强维持了下来。但是，到1935年4月，申新各厂的负债总额超过了全部资产的总额，出现资不抵债的局面，荣氏兄弟日日忧愁，千方百计要让荣氏企业恢复元气。
幸运的转机在1936年出现了，申新各厂年终赢利高达308万元，这使得荣家两兄弟精神大振。但是没有料到，刚准备还清债务图谋大发展之时，抗日战争爆发了。
国民党在正面战场大力抗击日军，但日军有备而来，狂轰滥炸，野心勃勃，荣氏企业所在的济南、上海、无锡、武汉等城市很快便相继沦陷。厂房设备绝大部分都遭到日寇破坏、抢劫和强占，损失惨重。其中上海申新八厂和无锡茂新一厂全部被毁；申新三厂库存的棉花、棉纱、棉布、煤，连同部分厂房和机器设备，有的被日军抢走，有的被浇上柴油，放上硫磺、炸药，纵火焚烧或炸毁；茂新二厂库存的小麦、面粉、麸皮，也被洗劫一空，直接经济损失按战前币值计算为5281万元。
尽管损失惨重，沦陷区的一部分设备仍在内迁的途中，但是抗战一开始，荣氏兄弟就投入了抗日救国的伟大洪流之中。他们在一个多月内，先后捐助国民军面粉5万包和其他许多慰劳品；还把申新三厂装运棉花的船只交给荣永记轮船公司到上海接运难民回无锡，费用全部由荣氏兄弟负担；公益铁工厂奉政府之命，停止生产纺织、面粉机器，专门生产手榴弹、地雷等军需品，支援前线；还把济南茂四积存的几万包面粉和数千包小麦，用记账方式转交给第三集团军充作军粮。
1937年11月，荣德生避居武汉，全力支持他的女婿李国伟加紧生产。他们将申四、福五的生产设备通过水陆两路，运往四川、陕西。根据荣德生“报效国家社会，在荒僻创建事业”的指示，李国伟等人经过多次实地勘察，先后在重庆、成都、宝鸡、天水等地建立新厂，规模虽然不大，但开工很足，获利丰厚，为支援抗战和发展内地工业做出了贡献，也为荣氏企业清偿战前债务、恢复战后重建积累了资金。
1942年5月，汪伪政府进行“币制改革”，荣德生抓住这个新旧货币交替、黄金价格暴涨的机会，利用抗战以来企业的赢利，一举还清了战前积欠的几千万元债务。好不容易喘口气，这时候，日本人又找上门来。
日军曾提出要无锡申新三厂和茂新二厂“合作经营”，或者签订租约租用这两家工厂，荣德生都严词拒绝。日商丰田纱厂企图强行收买上海申新一厂和八厂产权，荣德生也不答应。汪伪政府的“外交部长”大汉奸褚民谊为了讨好日本侵略者，专门在国际饭店设宴招待荣德生，企图迫使他做出让步。
面对日伪势力多次威逼利诱，荣德生说：“我是中国人，决不把中国的产业卖给外国人！”他还正告大汉奸褚民谊：自己宁为玉碎，不为瓦全！荣德生眼看着日军把企业搬空、摧毁，也丝毫没有屈服之意，铁骨铮铮，为整个家族作出榜样。结果，没有一个荣氏子侄或亲属向日伪屈服，也没有一家荣氏企业愿同日商“合作”。
抗日战争胜利后，荣德生满怀喜悦的心情，立即投入到旧企业的修复和新事业的创建中。他曾真诚地希望政府能向日本索取赔款，以补偿荣家企业在战争中遭受的重大损失；并希望得到政府的扶持和借款，以便有足够的资金致力于企业的恢复和发展。
然而，残酷的现实把荣德生的理想化为泡影。蒋介石政府一意孤行，坚持独裁、卖国、内战三位一体的反动政策，四大家族官僚资本更是巧取豪夺，变本加厉地压制民族工业。荣家企业既没有得到日本的赔偿，也没有得到政府的借款，还在收回被日伪强占和搬走的设备时，多次遭到接收大员的无理刁难和公开勒索。
抗战胜利后的几年里，荣德生除了在无锡创办了天元毛麻棉纺织厂、开源机器厂等几个规模较大的新企业，修复了申新三厂，重建了茂新一厂外，原有的纺织、面粉企业几乎都没有得到新的发展。还有些毁于战争的老厂，如上海的申新八厂，始终没有恢复。战后荣家企业的规模和产量都没有达到战前的最高水平，而且逐年缩减。
在企业不断遭到惨重损失的同时，更令荣德生悲痛的是，自己和家人接连发生意外。荣氏家族的成员接连遭到劫难。1937年底，荣宗敬为了维持企业生产，曾参与以工商界人