者介入，于是就向地方法院提起讼诉。
施剑翘在接到起诉书副本后，提出答辨状。指出起诉书中未说明自首情节。在庭审中，被告的辨护律师也有同样的意见。检查官反驳说：“所谓自首，应是被告犯罪事实在未经发觉前或无人知情时，由其本人向有关侦察或审批的机关人员主动陈明、承认，方能成立。本案被告杀人于大庭广众之中，在重目睽睽之下，虽然直陈犯罪事实，但这只能说是自白，不能算自首。”孙传芳家属也写状和陈言施从滨军队纪律极坏，危害地方。孙传芳是为民除害。施剑翘预谋杀人，应从重断处。
在审理过程中，国内妇女、教育各界及一些民众团体分别发出电报、快邮等，向国民政府呼吁释放或特赦施剑翘。当时的刑法规定“杀人者处死刑、无期徒刑或十年以上有期徒刑。”地方法院审理终结后，于是从轻判处施剑翘有期徒刑十年。被告施剑翘当庭声明不服，上诉于河北高等法院。被告辨护律师指出：“检查官认为被告非自首，殊属失当。被告在刺孙之后，在场人众均纷纷逃散，被告却未离开现场，而是要别人去报告警察。警察到后，她主动交出枪支，自认犯罪。这怎么能说不是自首？况且被告散发的传单也写明：大仇已报，我即向法院自首。”说明她自首的决心是早已下定了的，她杀人后不离现场，让别人代为报警，应该说这是间接自首。试问在这种特殊场合下，被告怎样才能实现她自首的意图？
高等法院受上诉，再度开庭，传讯证人，审理终结，改判上诉人有期徒刑七年，施剑翘仍不服，再上诉到南京全国最高法院。
施剑翘到监狱服刑后，孙案应该就此了结；但是施中达仍不放弃营救姐姐，继续奔走，向上层社会政要求助。最后通过关系找到冯玉祥。冯当时是国民政府委员，在中央说话很有影响。冯对当时社会热门话题“施剑翘刺杀孙传芳”早有耳闻，惟因地位关系不便直接出面说话。此次施中达找上门来，冯也不加推却，当即应承为施解困。
冯玉祥与施剑翘的生父施从云曾在清末同时发动滦州起义，施从云遇难，国民政府已明令将施从云列为革命烈士永志纪念。因为有这一层旧友关系，再加上冯素和孙不睦，芥蒂很深，所以冯才欣然答允施中达解救施剑翘。
冯玉祥插手解救施剑翘以后，上与最高法院院长焦易堂疏通关节，下与河北省高等法院的邓哲熙院长联络友情，同时又在国民党内联合国民党元老于右任、李烈钧、张继等中央委员联名上书国民政府，营救正在服刑的施剑翘。
在冯玉祥等人的请求下，国民政府中的不少政要皆表赞同为施剑翘减刑。在国内各民间团体继续向国民政府呼吁，要求释放施剑翘的声浪日高，发往有关方面的信电与日俱增。在民众舆论的压力下，同时也是于自身利益的考虑，1936年10月14日，国民政府委员会经过反复研究，发布公告决定赦免，全文如下：
施剑翘因其父施从滨曩年为孙传芳惨害，痛切父仇，乘机行刺，并及时坦然自首，听候惩处，论其杀人行为，固属触犯刑法，而一女子发于孝思，奋力不顾，其志可哀，其情尤可原，现据各学校各民众团体纷请特赦，所有该施剑翘原判徒刑，拟请依法免其执行等语。兹据中华民国训政时期约法第六十八条之规定，宣告将原判处有期徒刑七年之施剑翘特予赦免，以示矜恤，此令。
施剑翘入狱将近一年，1936年10月15日，国民政府主席林森的特赦令下达后，河北省高等法院饬令天津地方法院遵照国民政府训令，当日宣布施剑翘赦免释放。此时，施剑翘听到这个消息，神情显得异常平静，她脱去囚服，重获自由，却并未欣喜若狂。
由国民政府直接出面干预司法，在民国时期甚为罕见。
施剑翘被赦免走出天津第三监狱的大铁门后，孙家及孙部旧属对此均表强烈不满，有的部将甚至要拉队伍和国民党拼命，最后经内部讨论，大家都感到谁也不能推翻国民政府的行政命令，只有将满腹怨恨埋在心里。孙家和支持孙家的一方后来得知是冯玉祥从中为之出力，皆对冯恨之入骨。
孙家在这场官司中花费虽巨，亦没得到圆满的解决，眼看着女凶手逍遥法外，亦奈何不得，怨愤之余，惟一的心理慰藉就是厚葬自己的老人孙传芳。最后孙家出资16万元，在孙传芳生前在北平市西山卧佛寺侧畔购置的一块茔地建造一所孙氏祠堂和孙氏墓地。这项工程由程登科会同卧佛寺主持智宽共同承办，监工修造由程的盟兄何毓华负责。经过三年多的时间，孙氏祠堂和孙氏的陵墓全部竣工。1939年3月，孙传芳及其张氏夫人、周氏夫人均妥善得以安葬。
施剑翘被放不久，抗日战争爆发，她先后辗转到长沙、重庆等地，筹措慰劳品，办从云小学，做了不少有益于国家、人民的工作。1952年她因病移居北京。病愈后又称居五台山光明寺村，并以居士身份在碧山寺修行。之后为北京市政协委员会特邀委员，1973年病逝。
原来孙、施两家恩怨，社会各界并不了解，近经双方彰明事情原委，则仁者见仁，智者见智，各有不同