对世事黑暗、社会险恶、军队腐败、人事倾轧的极大愤慨，这个在敌人的炮击枪扫面前眼睛也不会眨一眨的钢铁硬汉，这时却因满腔的愤怒与痛苦而无法自持，他不愿意被张维藩、柴建瑞之类的小人所欺侮，一时气愤难平，乃举起手中的“小八音”手枪对着自己火热的胸膛扣动了扳机。
幸亏子弹偏了一点，医生终于将何基沣的生命挽救了回来，他坚决拒绝治疗，决心一死。这时，小人柴建瑞又派了两个杀手来刺杀何基沣。卑劣的刺杀手段从反面教育了何基沣，“他要我死，我偏不死”。
伤还未好，何基沣在原一七九师副师长、好友章召富的大力帮助下，躺在担架上逃出了被柴建瑞控制的地区，由冯玉祥的长子冯洪国掩护到达开封。养伤期间，何基沣从报纸上看到了一些有关八路军抗日的简单消息。根据过去对共产党的一些了解，他决心去了解一下共产党和八路军到底是在如何抗战，决心去找他在天津南开中学读书时的老同学周恩来。
何基沣化装成商贩来到武汉，通过当年冯玉祥的秘书赖亚力先后见到了中国共产党在武汉的代表董必武和周恩来。在分别23年之后，何基沣和周恩来两位老同学做了推心置腹的长谈，周恩来认为何基沣是一个忠勇刚烈、以国家民族为己任的男子汉大丈夫，决心引导他走上真正的救国救民之路。所以，当何基沣说出“我从军20年，仗越打越糊涂，路越走越窄。今天，总算看到了一条新路，向你讨个路条，我要上延安走一遭”时，周恩来立即表示欢迎，并为之作了精心的安排。
在周恩来的巧妙安排下，何基沣以公开身份到桂林养伤休息，他的家眷也陆续到了桂林，住进叠彩山上一座古庙，庙门高挂“谢客牌”。
当大报小报都在猜测卢沟桥抗日名将将在这山清水秀之地隐居时，何基沣却已扮作商人在好友李荫南和桑积门的陪同下到了西安。在西安八路军办事处的协助下，他们顺利地在1938年初到了延安。到达的当天晚上，毛泽东就主动拜访了何基沣。“听君一席话，胜读十年书。”竟夕之谈，使何基沣的心扉被打开，心田一点一点被浇灌。
在延安一个多月的参观、访问、座谈、听课，使何基沣发生了很大的变化。他认定，只有中国共产党才是真正抗日救国的党、能够救国救民的党。他的结论是：“没有共产党，中国前途无望。”他要求留在延安，参加抗日工作。为此刘少奇和他进行了认真的谈话，认为他回到国民党部队中去继续带兵，会比在延安起的作用更大。他同意了这种意见，离开了延安，又秘密回到了桂林。
这时，蒋介石决定撤销第一集团军的建制，将七十七军和六十八军合编为第十九军团，让冯治安代理军团长兼七十七军军长，冯治安一心要何基沣重新出山，任七十七军的副军长。何基沣到了洛阳，接受了七十七军副军长的职务，并如实向冯治安谈了自己的延安之行，目的是为了让冯治安也能受点影响，为今后改造部队做准备。冯治安率军上前线作战时，特地把何基沣留下来负责军训团1000多青年军官的培训，中共中央从延安派来的十几名干部也都被何基沣安排到军训团中工作。为了培养出一批有用的人才，何基沣不再担任副军长，而以全力负责军训团的培训。他把军训团带进了桐柏山，一边训练，一边与新四军共同开展游击战争的准备。训练结束之后，他选拔了最优秀的70人组成“七七工作团”，配备最好的武器，由共产党员朱大鹏率领，进入深山，接受新四军的领导，不久编入新四军信阳纵队。
1939年1月，经我豫鄂边区特委负责人李先念决定，吸收这时担任国民党一七九师师长的何基沣为中国共产党特别党员，在朱大鹏的主持下举行了宣誓仪式。所谓特别党员，就是当年在地下工作的特殊环境之下，不编入基层支部、不过组织生活，和党组织进行单线联系的党员。
从此，何基沣秘密地为党做了大量工作，还多次为新四军提供枪支弹药和军费。用他的夫人宋晓菡的话说，是“白天当国民党，晚上做共产党”。
1940年，由于何基沣派去给新四军送款的人被国民党部队所在地的最高军事长官、第五战区司令李宗仁的宪兵抓了，李宗仁要来查实情况。由于冯治安给何基沣提前透了信，他立即将部队中可能暴露的共产党员全部转移到新四军中。不久，何基沣接到五战区长官部要他去重庆中央训练团受训的命令。他只身闯虎穴，离开了他已训练培养了几年的一七九师，到了重庆。明为受训，实为受审。
这时，蒋介石已把审查何基沣一案交给当时担任军事委员会政治部部长的陈诚处理。陈诚当年在保定军校读书时和何基沣是同学，一次陈诚因有一门课不及格而无法毕业又找不到任何人愿意帮忙时，是何基沣帮他复习，帮他押考试题，帮他补考过关，在陈诚最困难时拉了他一把，才得以毕业。可是这时的陈诚只知完成蒋介石交给的审出几个通共分子的任务，对何基沣进行了好几次变相的审讯，纠集了最能干的反共专家如张厉生、贺衷寒、段锡朋等与何基沣“讨论国共关系”，想从他的口中套出可以定罪的问题来。