考虑，对于军之“生死之道、存亡之地”（古兵法语）亦未加慎重考虑，而只有在人事上疑神疑鬼，钩心斗角，怕刘汝明、冯治安等将领有异心、不稳妥，急电召刘、冯二人到南京加以笼络，指使其发表反共拥蒋的通电。
11月5日上午，顾祝同代表蒋介石在徐州召开了一次高级军事会议，对于这一大战到底如何打，进行了具体部署。
在顾祝同召开的军事会议上，4个兵团司令邱清泉、李弥、黄百韬、孙元良和可以离开部队的军长全部到会。到会者一致认为，共军即将发动大规模进攻，但不知共军的主力和主攻方向何在。会议根据蒋介石关于坚守徐州地区的指示，认为目前几个兵团在陇海线上一字排开的布局要应付共军的进攻十分不利，决定放弃次要城市，集中兵力于徐州与蚌埠之间的津浦路两侧地区，做攻势防御，必要时，“剿总”可以移至蚌埠，但徐州仍应有一两个军进行坚守。这种部署实际上完全回到了10月29日南京国防部会议上的老方案。
根据这一方案，顾祝同作出了正式决定：徐州的守备应切实加强，认真固守；黄百韬兵团向西移动，向徐州靠近，与第三绥靖区冯治安部和第一绥靖区周岩部密切联系，确保运河两岸；邱清泉兵团集结于永城、砀山地区机动，确保徐州西部；李弥兵团集结于灵璧、泗县地区机动，确保运河与津浦线沿线地区以及与蚌埠的联系；孙元良兵团集结于蒙城地区，确保徐州西南、津浦路以西地区。第四绥靖区刘汝明部移驻临淮关，保卫蚌埠并保证徐州与蚌埠之间的联系；驻海州的第九绥靖区李延年部因距徐州较远，极容易被消灭，原打算从海上撤走，但因无船，于是决定干脆向徐州方向开进，其所属第四十四军交给黄百韬指挥。原来属于黄百韬兵团的第一零零军本来是向东去加强海州方面的防务，现在也回归原兵团建制，一道向西撤。
这样的一个部署，很明显是一个以徐州为中心的集团防御方案。顾祝同的打算是将几个兵团都放在徐州和蚌埠之间，可以利用津浦和陇海两条铁路快速地调动部队，相互支援，便于寻找机会集中兵力与我决战，避免分散被歼的下场。对于这次在顾祝同主持下做出的重要部署，却被杜聿明评为一钱不值。杜聿明认为：
自徐州到蚌埠间二百多公里的铁路两侧，摆了数十万大军，既弃置徐州既设永久工事于不守（徐州那样庞大纵深的据点工事，只留一两个军，几乎等于不守），又将各兵团摆于铁路两侧毫无既设阵地的一条长形地带，形成鼠头蛇尾、到处挨打的态势。据我了解，古今中外的战史上还找不到这样一个集中会战的战略先例。
但是，就是这个被杜聿明所否定的还算是有了一定计划的部署也并未完成，就被我军的进攻所打乱。这是因为，这一次真正具有实质性的军事会议是11月5日才召开的，顾祝同当晚回到南京，在向蒋介石报告之后，11月6日才发出正式命令。这已经太晚了，因为我华野对黄百韬兵团的进攻正是在11月6日开始的。