此，整个国家显得生气勃勃。
后三十八年，张居正死后所引发的关于官员道德与人品的争论则充斥了朝野，国家失去了现实的目标，帝国的官吏队伍分化成不同的派系。他们越来越频繁从事的工作，就是想方设法给对手贴上不道德、没有操守的“小人”标签，并尽力证明自己属于品行高洁卓越的“君子”。几乎所有的派别和人们都在忙着在这件事情上抓住对方的短处。才能与素质是否称职，再也得不到任何人关心。国家与社会生活中所需要的管理、运转与经营，变成了“君子”与“小人”的战场。朝野上下，到处弥漫着阴谋的气息。从此，大明帝国再也没有能够摆脱这种状况，且愈演愈烈，直到耗尽元气，土崩瓦解。
当时，万历皇帝很有可能相信，没有张居正，事情将会做得更好。因此，他雄心勃勃励精图治，很有干一番事业的气象。他几乎全盘否定了张居正所做的一切。他将张居正罢黜的大批庸滥官员全部官复原职，将张居正时期事实证明相当能干的一些文官武将放逐投闲。一代名将戚继光镇守蓟辽，十余年间，蒙古族骑兵在他面前从不敢轻举妄动，此时，被放逐到无事可做的广东，几年后，郁郁寡欢地死去。旷世难得的治河专家潘季驯则因为替张居正说了一些公道话，而被勒令回家，直到黄河泛滥得不可收拾时，才把这位心灰意冷的老先生又重新请出来。
而帝国的财政状况也在此期间重新陷入入不敷出的窘境。
几年之后，身心交瘁的万历皇帝才知道，旁观一代能臣治国是一回事，取代他、自己动手是另一回事。他不会承认自己眼高手低，却也相当惆怅地询问臣下：为什么我一点儿都不敢懈怠地工作，可是国家还是没有中兴的气象呢？
显然，没有人能回答得了他的问题。
这种挫折感对皇帝造成了明显的影响，万历十四年以后，他频繁地以生病为理由，不愿临朝听政。大臣们的奏疏报告越来越多地被扣留在宫中。皇帝只把那些他喜欢的奏疏批准下去。他所不喜欢的，或者尽量拖延，或者留中不发，从此没有了下文。
宫中记载显示，此时的皇帝，身体大致不错，只是相当放纵地沉溺在酒色之中。据说，这期间，皇帝每餐必酒，每酒必醉，每醉必怒，每怒必定要责罚打骂周围侍奉的人。而且不要命了似的，夜夜交欢。清算完张居正不久，皇帝就开始为自己修建陵墓。仿佛赌气似的，他在这座坟墓上一口气花掉了相当于两到三年全国财政收入的七百多万两白银。张居正时代的积蓄所剩无几矣。
若此时张居正重返人间，他可能完全认不出自己昔日的学生了。
万历十七年，一位名叫雒于仁的七品小官，上了一道著名的奏疏，直指万历皇帝酗酒、好色、贪财、尚气。此时，万历皇帝很有可能已经认定，自己的大臣和张居正是一路货色，满口仁义道德之下，隐藏着争权夺利、男盗女娼。既然大家都是如此，为什么皇帝不行？因此，他并没有把这个小官怎么样，只是将他贬为庶民。自己则酒、色、财、气一切如故，很有点儿我行我素爱谁谁的味道。
一般历史学家倾向于认为，所谓“国本之争”，最终导致了万历皇帝彻底疏远朝臣，荒怠国政。
万历皇帝挚爱郑贵妃，这种感情持续了一生。为此，他表现出明显的愿望：越过长子朱常洛，立郑贵妃所生的次子朱常洵为太子。结果，遭到群臣的激烈反对。君臣间的对抗长达十五年。这就是所谓“国本之争”。围绕这个争论，发生了著名的“妖书案”与“梃击案”，使派系活动和君臣间的离心离德变得无法收拾。在这个过程中，万历皇帝的表现就像一个陷入早恋怕被抓住的中学生：敏感、患得患失、欲盖弥彰、首鼠两端、毫无机断权谋。这些表现应该是郑贵妃将他称为“老妈妈”的主要原因。最后，万般无奈的皇帝作出了让步，这肯定使他感到沮丧并备受伤害。
为了表达自己对群臣的蔑视与愤慨，这位皇帝采取了中国历史上空前的报复措施，那就是长期消极怠工和不管不顾地聚敛财富。
在长达三十年时间里，他躲进深宫，不见群臣。一位官升内阁大学士的大臣宣称，在十五年时间里，只见过三次皇帝。他大量积压或留中臣子们的奏疏，哪怕是关于战争或灾难的紧急报告。一位大学士感慨：“一事之请，难于拔山。”——请求批准一件事情，比撼动大山还难。
万历皇帝做的最绝的事情，则是对空缺官位与官员调动、升迁不闻不问。资料显示，万历中后期，相当长时间里，皇帝就已经开始无视各级职位的空缺。最严重时，整个帝国官员的职位空缺达百分之五十以上。用今天的概念表达，就是所有政府机关工作人员缺额一半以上，而且有些中央各部门的官员空缺高达百分之七八十。其直接后果，显然是大官无法办事，小官升迁无望。于是，人们纷纷求去。
最开始，大家写了辞职报告，等他批准后才敢离开，后来见他根本不予理睬，便放下官服官印自行离去，没有人追究过问。
据说，如此一走了之的省部级干部就有至少十人以上。
而首