。结果，为人揭发，被同僚们视为衣冠禽兽，在法司判其流放充军之后，又由皇帝下令赐其自尽。帝国以孝治天下，忠臣出自孝子，不孝者必然不忠，已经成为人们普遍的信念。生活在今天的人们，很难理解另一个世界的情形。然而，在当时，这是一件绝对重大的事情。其重大的程度，我们可以在嘉靖初年的“大礼议”中，略见一斑。
张居正立即陷入尴尬之中。
一方面，守制丁忧尽孝乃人情之常。不论是为人子、为人父、为人师、为人友、为人臣，所有人伦亲情，社会利害，都要求他如此行事。否则，必将为自己所不忍，更为人所不齿，潜藏着无法预料的风险。
另一方面，张居正素以豪杰自许，认为必有非常之人，方可为非常之事，才能成非常之功。因此，处在一个非常时期，则不必拘泥于常情常理，不必顾及常人之非议，受常人小节的约束。当时，张居正可能正在准备实施意义重大的清丈田亩和整顿赋税，他显然不愿意在政局如此波诡云谲之际，离开朝廷二十七个月。那意味着前面一切努力都可能付诸东流，且同样潜藏着不可测之祸。
这时，发生了一件小事，对张居正的刺激可能不小。按照帝国惯例，内阁首辅离位三天，次辅的座位就可以由次要的位置挪到主位，人们也就可以身穿红袍向次辅道贺，视为他已经自然升为首辅。此次，张居正的去留尚未定，已经有一批人着红袍前去向次辅道贺了。颇为厚道的次辅虽然没有挪动自己的座位，却也实实在在地接受了人们的祝贺。人情恶俗浇薄的官场，着实给张居正上了一课。
从当时的情形判断，皇帝、皇太后、冯保，张居正身边的支持者，甚至包括他同朝为官的儿子，应该都是发自内心地希望他不要离开。张居正遂接受了皇帝三番五次的慰留，夺情视事，在官守制。
谁知，恰在此时，一颗巨大的彗星飞临到帝国的上空，其大如灯，颜色惨白，拖着长达数丈的不祥的大尾巴，由西南直射东北，出尾箕，越牵牛，逼向织女星座。未几，紫禁城中竟然又发火灾。天象示警，灾异横生，一时间人心大浮动，蜚短流长，谣言漫天，以至于西长安门上居然贴出了张居正谋反的传单。（以上事见《国榷》卷70，万历五年十月诸章；《明世宗实录》卷68，万历五年十月诸章）
在此期间，还发生了相当于人事部部长的吏部尚书去职事件。
这位吏部尚书在前一年张居正的门生弹劾张居正时，曾被指为是张居正植党营私的私党之一，人们也普遍认为他是张居正的亲近分子。如今，他竟然在几十位翰林院官员的要求下，带领他们一起来到张居正官邸，请求张居正作为帝王之师、帝国首辅应该以世道人心为重，给天下苍生作个好榜样，回家丁忧去。张居正义正词严地予以批驳，并在激动之中，叱责他们不执行皇帝的指示，逼迫自己，居心叵测。
随后，有两位科道官员立即上书弹劾，导致皇帝下旨，这位吏部尚书被勒令致仕——强迫退休，罪名是藐视皇帝，无人臣之礼。
这种情形，立即使人们躁动的心情激动而且愤怒起来。不少人觉得，这个张居正贪恋权位，又忸怩作态，无非是想堵住天下万世悠悠之口，实在不是个东西。于是，十月十五日吏部尚书罢官，十六日星变未弭而宫中火起，十七日出现了传单，十八、十九、二十日便有四位官员相继上书，反对夺情，弹劾张居正。他们比张居正更加义正词严地质问道：“陛下以江山社稷的缘故慰留张居正。对于江山社稷来说，最重要的是三纲五常。皇帝的老师，国家的元辅大臣，乃纲常之代表，却置纲常于不顾，难道江山社稷还能够安宁吗？”
就此，推车撞壁，再也没有回旋余地。
愤怒的张居正和与他同样愤怒的皇帝，不约而同地将此种情形看成了对自己权威的蔑视，也几乎是不约而同地决心以非常手段——廷杖，对付之。
这时的礼部尚书是一位才干素著的人物。他曾经多次反对过张居正，张居正表现出了一个大政治家应有的胸襟，并不介意，多次推重，直至使他出任高官要职。此刻，他意识到如此激烈的强硬手段势必带来深刻的后果。于是，出面找张居正斡旋。素来冷峭孤傲的张居正竟然一反常态，跪在来人面前叫道：“您饶了我，饶了我吧。”礼部尚书叹息而去。
翰林院掌院学士也汇集数十位翰林院官员，前往张居正官邸。张居正拒之门外。这位掌院学士闯入府邸，劝解张居正。张居正泪流满面，又一次跪下，举手索刀，做出自刎状，并嘶声喊道：“皇上一定要留我，先生们又坚决要驱逐我，这不是要我死吗？”他叫道：“你杀了我，杀了我吧！”事情已然无可挽回。
廷杖的结果，留下了长久的伤痛。数万官员与京师民众聚集在长安街上，目睹了血肉横飞的一幕。其中，一位胖大的受刑者被打脱的肉有手掌般大小。他的妻子遵循身体发肤，受之父母，不敢轻弃的古训，将丈夫的肉风干腊制后珍藏起来。他们受到了人们广泛的尊敬与倾慕。一位张居正的同事、当朝内阁大学士将一只玉杯、一只犀牛角杯赠送给了其中两